基于全基因组序列系统分类Kosakonia属的细菌

发布时间：2017-09-26 04:19

  本文关键词：基于全基因组序列系统分类Kosakonia属的细菌

  更多相关文章： Kosakonia Enterobacter 基因组学 固氮 植物促生细菌

【摘要】：Kosakonia属是最近从肠杆菌科肠杆菌属划分出来的新属。除了典型种K.cowanii菌株来源于人体,其他种菌株都来源于植物,多数菌株促进植物的生长,而菌株K. radicincitans YD4可能是植物病原菌。目前属内部分成员的分类地位不明。本研究拟用分类基因组学方法理清Kosakonia属成员的分类地位。本研究用PacBio SMRT技术测定了Kosakonia属5个种典型菌株(K. cowanii DSM 18146T、K. oryzae O1a51T、K. arachidis DSM 25165T、E. oryziphilus LMG 26429T和E. oryzendophyticus LMG 26432T)的全基因组序列,拼接组装出完成图。本研究用最新的OrthoANI (Orthologous Average Nucleotide Identity)和MiSI (Microbial Species Identifier)方法计算了11个菌株(K. cowanii DSM 18146T、K. oryzae Ola51T、K. arachidis DSM 25165T、E. oryziphilus LMG 26429T, E. oryzendophyticus LMG 26432T、K. radicincitans DSM 16656T、K. radicincitans UMEnt01/12, K. radicincitans YD4、Kosakonia sacchari SP1T、Kosakonia oryzae KO348 和 Enterobacter sp. R4-368)基因组间的相似度,表明K. oryzae Ola51T该属于K. radicincitans种,菌株KO348不属于K. oryzae种,KO348与菌株R4-368可能代表一个与K. sacchari亲缘关系最近的新种。E. oryziphilus与K. arachidis最亲近。对Kosakonia属与近缘属Enterobacter, Citrobacter和Cronobacter属菌株的16S rRNA基因和核心基因组编码氨基酸序列的系统发育分析显示11个菌株是单系的,可能属于同一个属；11个菌株分成4个系统发育群。受限于典型菌株全基因组序列数量不足,本研究还没能确定Kosakonia近缘属Enterobacter, Citrobacter和Cronobacter属间ANI和POCP (percentage of conserved proteins)的分界值,没能确定目前Kosakonia属中4个系统发育群的归属。K. cowanii在GC组成和基因组相似度上与Kosakonia属的其他成员差异较大。对Kosakonia属11个成员的促植物生长和植物致病相关基因进行分析,发现它们都有促植物生长的潜能或让植物致病的风险,它们的基因型表现出与系统发育关系的相关性。K. cowanii不是固氮菌,在基因型上与Kosakonia属的其他成员有明显差别。本研究为系统研究Kosakonia属细菌的进化和遗传学提供了5个典型菌株完整的基因组序列,理清了Kosakonia属多数成员的分类地位。
【关键词】：Kosakonia Enterobacter 基因组学 固氮 植物促生细菌
【学位授予单位】：浙江大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S432.4
【目录】：

• 致谢6-10
• 摘要10-12
• Abstract12-14
• 第一章 肠杆菌科固氮菌的研究现状及植物内生细菌的比较基因组学(综述)14-27
• 1.1 肠杆菌科固氮菌的研究现状14-16
• 1.2 细菌系统分类方法学进展16-19
• 1.3 植物内生细菌的比较基因组学19-27
• 第二章 基于全基因组序列系统分类Kosakonia属细菌27-64
• 2.1 研究背景和目的27-29
• 2.2 材料和方法29-34
• 2.2.1 菌株29
• 2.2.2 基因组DNA的提取29-30
• 2.2.3 基因组DNA的测序30
• 2.2.4 基因组分析30-32
• 2.2.5 泛基因组学分析32-33
• 2.2.5.1 准备输入文件32
• 2.2.5.2 安装附加程序32
• 2.2.5.3 运行PGAP32-33
• 2.2.6 16S rRNA基因的系统发育分析33
• 2.2.7 核心基因组编码氨基酸序列的系统发育分析33-34
• 2.2.8 16S rRNA基因序列相似度的计算34
• 2.2.9 OrthANI值的计算34
• 2.2.10 POCP值的计算34
• 2.3 结果与讨论34-63
• 2.3.1 Kosakonia属菌株全基因组测序概况34-43
• 2.3.2 Kosakonia属菌株的系统分类43-52
• 2.3.2.1 Kosakonia,Enterobacter,Citrobacter和Cronobacter属菌株16S rRNA基因的系统发育分析47-50
• 2.3.2.2 Kosakonia,Enterobacter,Citrobacter和Cronobacter属菌株核心基因组编码氨基酸序列的系统发育分析50-52
• 2.3.3 Kosakonia属内种间菌株基因组相似度分析52-58
• 2.3.3.1 Kosakonia属近缘属Enterobacter,Citrobacter和Cronobacter属间基因组相似度分析52-56
• 2.3.3.2 Kosakonia属内种间菌株基因组相似度分析56-58
• 2.3.4 Kosakonia属细菌促植物生长和植物致病相关基因分析58-63
• 2.4 结论63-64
• 参考文献64-72

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 ;我国首次完成益生乳酸菌全基因组序列测定[J];中国牧业通讯;2008年12期

2 ;蚂蚁全基因组序列图成功绘制[J];广东农业科学;2010年09期

3 陈瑜;;首个甲虫全基因组序列问世[J];农药市场信息;2008年10期

4 河川;;我国首个乳酸菌全基因组序列测定完成[J];食品科技;2008年07期

5 ;牡蛎全基因组序列图谱绘制完成[J];东北农业大学学报;2010年08期

6 ;朱瀗全基因组序列图谱绘制完成[J];中国家禽;2011年08期

7 ;世界首例蒙古族人全基因组序列图谱绘制完成[J];科技传播;2012年01期

8 谢芝勋;唐小飞;董建宝;刘加波;庞耀珊;邓显文;谢志勤;;三株新城疫广西分离株全基因组序列的测定与分析[J];Virologica Sinica;2006年03期

9 林燕清;朱礼倩;陶洁;孙宏进;孟祥升;王建业;朱国强;;牛病毒性腹泻病毒基因2型代表株全基因组序列分析[J];中国预防兽医学报;2011年01期

10 ;我国绘制完成世界首个鹅全基因组序列图谱[J];广东农业科学;2011年11期

中国重要会议论文全文数据库 前10条

1 朱明;刘薇;陈金顶;;三株特殊猪乙脑病毒全基因组序列研究[A];2012年鄂粤微生物学学术年会——湖北省暨武汉微生物学会成立六十年庆祝大会论文集[C];2012年

2 魏雪涛;李银;刘宇卓;张敬峰;;一株鹅源副粘病毒分离株全基因组序列的克隆与序列分析[A];中国畜牧兽医学会家畜传染病学分会第七届全国会员代表大会暨第十三次学术研讨会论文集（下册）[C];2009年

3 朱向东;王永山;欧阳伟;潘群兴;毕振威;李月华;范红结;王笑梅;;传染性法氏囊病病毒自然重配株全基因组序列分析[A];中国畜牧兽医学会家畜传染病学分会第八届全国会员代表大会暨第十五次学术研讨会论文集[C];2013年

4 杨汉春;黄芳芳;郭鑫;高云;李华;陈声;;猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)BJ—4株全基因组序列测定[A];第四届中国畜牧兽医青年科技工作者学术研讨会论文集[C];2001年

5 宋振辉;郭万柱;;猪传染性胃肠炎病毒的分离鉴定及全基因组序列分析[A];中国畜牧兽医学会2008年学术年会暨第六届全国畜牧兽医青年科技工作者学术研讨会论文集[C];2008年

6 王伟伟;刘秀梵;;四株鸽源NDV的生物学特性鉴定及其全基因组序列分析[A];中国畜牧兽医学会禽病学分会第十四次学术研讨会论文集[C];2008年

7 李潭清;宋勤叶;左玉柱;李俊格;;PCV2河北株的分离鉴定及其全基因组序列分析[A];京津冀畜牧兽医科技创新交流会暨新思想、新观点、新方法论坛论文集[C];2008年

8 宋勤叶;马增军;左玉柱;李潭清;李俊格;;PCV2河北株的分离鉴定及其全基因组序列分析[A];中国畜牧兽医学会动物传染病学分会第十二次学术研讨会论文集[C];2007年

9 佘利旋;贾坤;李守军;;犬流感病毒的分离鉴定与全基因组序列测定[A];中国畜牧兽医学会畜牧兽医生物技术学分会暨中国免疫学会兽医免疫分会第八次学术研讨会论文集[C];2010年

10 于晓庆;兰玉菲;王红艳;竺晓平;李向东;;马铃薯X病毒山东费县分离物的全基因组序列测定及分析[A];中国植物病理学会2007年学术年会论文集[C];2007年

中国重要报纸全文数据库 前10条

1 记者 李慧;首个鲤鱼全基因组序列图谱完成[N];光明日报;2014年

2 水科;鲤鱼全基因组序列图谱绘制完成[N];中国渔业报;2014年

3 通讯员 王静思　记者 刘传书;朱瀗全基因组序列图谱绘制完成[N];科技日报;2011年

4 记者 鸣琦　实习生 刘露;朱瀗全基因组序列图谱绘制完成[N];陕西日报;2011年

5 陈瑜;首个甲虫全基因组序列问世[N];科技日报;2008年

6 记者 高平;我国绘制完成首个蒙古族人全基因组序列图谱[N];光明日报;2011年

7 记者 于嘉 张云龙;我国绘制完成世界首个蒙古族人全基因组序列图谱[N];人民日报;2011年

8 记者 于嘉 张云龙;首个蒙古族人全基因组序列图谱绘成[N];新华每日电讯;2011年

9 于嘉　张云龙;我国绘制世界首个蒙古族人全基因组序列图谱[N];西部时报;2011年

10 记者 仇逸;上海完成甲感病毒全基因组序列测定[N];新华每日电讯;2009年

中国博士学位论文全文数据库 前2条

1 刘丽娜;基于全基因组序列分析筛选猪链球菌2型保护性抗原及其实验验证[D];第三军医大学;2008年

2 陈建飞;猪流行性腹泻病毒全基因组序列分析及感染性cDNA克隆的构建[D];中国农业科学院;2012年

中国硕士学位论文全文数据库 前10条

1 徐晓蒙;基于Ion Torrent平台测序数据的微生物全基因组序列组装及分析方法[D];安徽医科大学;2015年

2 杨倩;黑蜂王台病毒中国JL1株的分离鉴定及全基因组序列分析[D];吉林农业大学;2015年

3 聂玉霞;鸭甲肝病毒3型QZ1401株全基因组序列分析及部分毒力研究[D];山东农业大学;2014年

4 孔凡惠;中国小麦花叶病毒全基因组序列分析及CP、CRP蛋白的原核表达和抗血清制备[D];山东农业大学;2015年

5 赵黎明;番茄褪绿病毒的分子鉴定、全基因组序列分析及检测技术的建立[D];山东农业大学;2015年

6 田光玲;江西猪群中1型和2型猪细环病毒流行病学调查及全基因扩增、序列分析[D];江西农业大学;2015年

7 李媛媛;基于全基因组序列系统分类Kosakonia属的细菌[D];浙江大学;2016年

8 王长松;猪嵴病毒全基因组序列分析及荧光定量PCR检测方法的建立[D];上海交通大学;2013年

9 孔聪聪;三株传染性喉气管炎病毒全基因组序列测定及分析[D];中国农业科学院;2013年

10 叶剑波;上海近郊某地区犬Torque Teno virus感染率调查及全基因组序列分析[D];上海交通大学;2011年

，

本文编号：921448