[Co(phen) 2 hpip] 3+ 与DNA的相互作用及C 2 Al 4 异构体间动力学转变过程的理论研究
发布时间:2021-01-26 11:01
本论文主要分为两个部分。第一部分里是在研究生期间通过分子力学模拟的方法计算了[Co(phen)2hpip]3+与正常及剪式错配序列DNA的相互作用。第二部分则研究了C2A14异构体间动力学转变过程的一些理论研究。在第一部分工作里,我们在本课题组以前工作的基础上,研究错配DNA的识别和修复问题,通过研究具有[M(phen)2L]n+形式的配合物插入并堆积到DNA双螺旋碱基对中,识别和修复错配DNA。本文重点研究了含Co配合物,配体为hpip在水溶液中与正常及错配DNA的相互作用和修复机理。本课题组之前已经就[Co(phen)2hpip]3+结构Ⅰ和结构Ⅱ型配合物在真空中、以及结构Ⅱ型在水溶液环境中与正常及错配DNA相互作用进行过研究和报道。本文中则主要计算结构Ⅰ型[Co(phen)2hpip]3+配合物在水溶液环境中与正常及错配DNA的相互作用。第一部分创新点如下:1、本文的模拟结果显示,[Co(phen)2hpip]3+对征常及剪式错配DNA都具有识别作用,识别过程体现了识别位点的特异性、异构体选择性和大小沟的选择性,对正常序列DNA的识别过程还体现了手性选择性。配合物与正常DNA的相...
【文章来源】:山西大学山西省
【文章页数】:57 页
【学位级别】:硕士
【文章目录】:
中文摘要
ABSTRACT
第一章 综述
1.1 DNA的分子结构
1.1.1 正常DNA的结构
1.1.2 错配DNA的结构
1.1.3 错配识别模型
1.1.3.1 能量识别
1.1.3.2 碱基滑移
1.1.3.3 “夹-推-拉”模型
1.2 DNA探针研究背景
1.2.1 大环芳香配合物DNA探针
1.2.2 天然小分子DNA探针
1.2.3 寡聚酰胺序列DNA探针
1.2.4 核酸链DNA探针
1.2.5 基于吲哚的化合物DNA探针
1.3 金属配合物与DNA相互作用的方式
1.3.1 非共价结合
1.3.2 共价结合
1.3.3 剪切作用
1.3.4 其它作用方式
1.4 分子力学理论简介
1.5 本文开展的工作
第二章 [Co(phen)2hpip]3+与DNA相互作用的分子力学研究
2.1 概述
2.2 计算模型和方法
2.2.1 金属配合物的模型
2.2.2 正常及错配DNA的模型
2.2.3 计算方法
2hpip]3+与正常及错配DNA相互作用模拟结果"> 2.3 [Co(phen)2hpip]3+与正常及错配DNA相互作用模拟结果
2.4 结果分析与讨论
2.4.1 结果分析
2.4.2 讨论
2.4.2.1 相互作用后的精细结果
2.4.2.2 相互作用的选抒性和特异性
2.4.2.3 详细的能量分析
2.4.3 对剪式错配DNA的修复
2.4.3.1 基于能量的思考
2.4.3.2 结构分析
2.4.4 水溶液环境与真空环境模拟的对比
2.5 小结
2Al4异构体的动力学异构化过程研究">第三章 C2Al4异构体的动力学异构化过程研究
3.1 研究背景
3.1.1 平面碳化学简介
3.1.2 平面碳化学的不足及近期进展
3.1.3 本章拟开展工作及意义
3.2 研究方法
3.3 结果与讨论
3.3.1 均方根偏差分析
3.3.2 体系势能变化分析
3.4 小结
第四章 总结和展望
参考文献
攻读学位期间取得的研究成果
致谢
【参考文献】:
期刊论文
[1]基于平面四配位碳单元CAl2Si2夹心组装的理论研究[J]. 贺海鹏,杨利明,丁益宏. 高等学校化学学报. 2009(12)
[2]M@B9 and M@B10 molecular wheels containing planar nona-and deca-coordinate heavy group 11, 12, and 13 metals (M=Ag, Au, Cd, Hg, In, Tl)[J]. MIAO ChangQing, GUO JinChang & LI SiDian Institute of Materials Sciences and Department of Chemistry, Xinzhou Teachers’ University, Xinzhou 034000, China. Science in China(Series B:Chemistry). 2009(07)
[3]Planar or quasi-planar octa-and ennea-coordinate aluminum and gallium in boron rings[J]. GUO JinChang1, YAO WenZhi1, LI Zhuo2 and LI SiDian1 1 Institute of Materials Science and Department of Chemistry, Xinzhou Teachers’ University, Xinzhou 034000, China; 2 International School of Software, Wuhan University, Wuhan 430079, China. Science in China(Series B:Chemistry). 2009(05)
[4]手性配合物D,L-[Co(phen)2hpip]3+识别DNA序列及从构型上修复错配序列DNA的分子力学模拟[J]. 吴艳波,张翠萍,杨频. 中国科学(B辑 化学). 2005(05)
[5]DNA光复活作用机理研究中的模型化合物[J]. 晏利琴,宋钦华,郭庆祥. 有机化学. 2002(12)
[6]错配核酸识别修复的研究进展[J]. 陈绘丽,杨频. 化学进展. 2002(04)
[7]错配核酸的研究进展[J]. 陈绘丽,杨频. 化学进展. 2002(02)
[8]DNA错配修复的分子机制[J]. 何云,庄志雄. 卫生毒理学杂志. 2001(04)
[9]DNA光复活作用机理的研究进展[J]. 宋钦华,郭庆祥. 化学进展. 2001(06)
[10]生物医学中DNA的结构、构象、作用机制及其生物功能的研究进展[J]. 计亮年,张黔玲,刘劲刚. 中国科学(B辑 化学). 2001(03)
本文编号:3000995
【文章来源】:山西大学山西省
【文章页数】:57 页
【学位级别】:硕士
【文章目录】:
中文摘要
ABSTRACT
第一章 综述
1.1 DNA的分子结构
1.1.1 正常DNA的结构
1.1.2 错配DNA的结构
1.1.3 错配识别模型
1.1.3.1 能量识别
1.1.3.2 碱基滑移
1.1.3.3 “夹-推-拉”模型
1.2 DNA探针研究背景
1.2.1 大环芳香配合物DNA探针
1.2.2 天然小分子DNA探针
1.2.3 寡聚酰胺序列DNA探针
1.2.4 核酸链DNA探针
1.2.5 基于吲哚的化合物DNA探针
1.3 金属配合物与DNA相互作用的方式
1.3.1 非共价结合
1.3.2 共价结合
1.3.3 剪切作用
1.3.4 其它作用方式
1.4 分子力学理论简介
1.5 本文开展的工作
第二章 [Co(phen)2hpip]3+与DNA相互作用的分子力学研究
2.1 概述
2.2 计算模型和方法
2.2.1 金属配合物的模型
2.2.2 正常及错配DNA的模型
2.2.3 计算方法
2hpip]3+与正常及错配DNA相互作用模拟结果"> 2.3 [Co(phen)2hpip]3+与正常及错配DNA相互作用模拟结果
2.4 结果分析与讨论
2.4.1 结果分析
2.4.2 讨论
2.4.2.1 相互作用后的精细结果
2.4.2.2 相互作用的选抒性和特异性
2.4.2.3 详细的能量分析
2.4.3 对剪式错配DNA的修复
2.4.3.1 基于能量的思考
2.4.3.2 结构分析
2.4.4 水溶液环境与真空环境模拟的对比
2.5 小结
2Al4异构体的动力学异构化过程研究">第三章 C2Al4异构体的动力学异构化过程研究
3.1 研究背景
3.1.1 平面碳化学简介
3.1.2 平面碳化学的不足及近期进展
3.1.3 本章拟开展工作及意义
3.2 研究方法
3.3 结果与讨论
3.3.1 均方根偏差分析
3.3.2 体系势能变化分析
3.4 小结
第四章 总结和展望
参考文献
攻读学位期间取得的研究成果
致谢
【参考文献】:
期刊论文
[1]基于平面四配位碳单元CAl2Si2夹心组装的理论研究[J]. 贺海鹏,杨利明,丁益宏. 高等学校化学学报. 2009(12)
[2]M@B9 and M@B10 molecular wheels containing planar nona-and deca-coordinate heavy group 11, 12, and 13 metals (M=Ag, Au, Cd, Hg, In, Tl)[J]. MIAO ChangQing, GUO JinChang & LI SiDian Institute of Materials Sciences and Department of Chemistry, Xinzhou Teachers’ University, Xinzhou 034000, China. Science in China(Series B:Chemistry). 2009(07)
[3]Planar or quasi-planar octa-and ennea-coordinate aluminum and gallium in boron rings[J]. GUO JinChang1, YAO WenZhi1, LI Zhuo2 and LI SiDian1 1 Institute of Materials Science and Department of Chemistry, Xinzhou Teachers’ University, Xinzhou 034000, China; 2 International School of Software, Wuhan University, Wuhan 430079, China. Science in China(Series B:Chemistry). 2009(05)
[4]手性配合物D,L-[Co(phen)2hpip]3+识别DNA序列及从构型上修复错配序列DNA的分子力学模拟[J]. 吴艳波,张翠萍,杨频. 中国科学(B辑 化学). 2005(05)
[5]DNA光复活作用机理研究中的模型化合物[J]. 晏利琴,宋钦华,郭庆祥. 有机化学. 2002(12)
[6]错配核酸识别修复的研究进展[J]. 陈绘丽,杨频. 化学进展. 2002(04)
[7]错配核酸的研究进展[J]. 陈绘丽,杨频. 化学进展. 2002(02)
[8]DNA错配修复的分子机制[J]. 何云,庄志雄. 卫生毒理学杂志. 2001(04)
[9]DNA光复活作用机理的研究进展[J]. 宋钦华,郭庆祥. 化学进展. 2001(06)
[10]生物医学中DNA的结构、构象、作用机制及其生物功能的研究进展[J]. 计亮年,张黔玲,刘劲刚. 中国科学(B辑 化学). 2001(03)
本文编号:3000995
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