GROMACS软件并行计算性能分析

发布时间：2017-10-28 14:17

  本文关键词：GROMACS软件并行计算性能分析

  更多相关文章： 分子动力学模拟 GROMACS 并行计算

【摘要】：分子动力学模拟是对微观分子原子体系在时间与空间上的运动模拟,是从微观本质上认识体系宏观性质的有力方法.针对如何提升分子动力学并行模拟性能的问题,本文以著名软件GROMACS为例,分析其在分子动力学模拟并行计算方面的实现策略,结合分子动力学模拟关键原理与测试实例,提出MPI+Open MP并行环境下计算性能的优化策略,为并行计算环境下实现分子动力学模拟的最优化计算性能提供理论和实践参考.对GPU异构并行环境下如何进行MPI、Open MP、GPU搭配选择以达到性能最优,本文亦给出了一定的理论和实例参考.
【作者单位】： 中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心;
【关键词】： 分子动力学模拟 GROMACS 并行计算
【基金】：中国科学院青年创新促进会(2016156) “一三五”规划重点培育方向专项项目(CNIC_PY_1404)
【分类号】：O313;TP319
【正文快照】： 2013年的诺贝尔化学奖授予了Martin Karplus、Michael Levitt和Arieh Warshel三位理论化学家,以肯定他们在“开发多尺度复杂化学系统模型”方面所做的贡献.他们发展了大量分子动力学(MD:MolecularDynamic)模拟基本理论和计算方法,实现了更好地通过微观相互作用研究体系的宏观

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 胡霞;;并行计算如何用于科学问题研究[J];科技资讯;2009年27期

2 李人宪,杨忠超;流场有限元分析的并行计算[J];应用力学学报;2002年02期

3 王琥,李光耀,钟志华;有限元并行计算中网格自动分区的优化[J];工程力学;2005年S1期

4 郑敏娟;贺炎;;未来的并行计算[J];中国科技信息;2007年12期

5 张军;谭俊杰;任登凤;;二维含动边界流场的并行计算[J];河海大学学报(自然科学版);2007年04期

6 曹伟;;并行计算基础和实际应用[J];辽宁师专学报(自然科学版);2008年03期

7 陈国良;孙广中;徐云;龙柏;;并行计算的一体化研究现状与发展趋势[J];科学通报;2009年08期

8 王琳;鲁晶晶;殷克功;;关于并行计算在软件发展下的研究分析[J];科技信息;2009年14期

9 刘俊莉;王楚斌;林晓锐;司徒祝坤;;并行计算实验平台的研究与实现[J];科技信息;2009年22期

10 潘沙;范晓樯;李晓宇;丁国昊;冯定华;李桦;;并行计算在高超声速流场数值模拟中的应用[J];计算机工程与科学;2009年S1期

中国重要会议论文全文数据库 前10条

1 黄宇光;;整体同步并行计算方法的现状与发展[A];信息科学与微电子技术:中国科协第三届青年学术年会论文集[C];1998年

2 罗文彩;陈小前;;并行计算的多方法优化协作[A];第二十四届中国控制会议论文集（上册）[C];2005年

3 左风丽;莫则尧;叶文华;;计算流体三维分裂格式的高效并行计算[A];中国工程物理研究院科技年报（2003）[C];2003年

4 王欣;李志山;张志远;;并行计算在弹塑性时程分析中的应用[A];信息化推动工程建设工业化——第四届工程建设计算机应用创新论坛论文集[C];2013年

5 张理涛;黄廷祝;谷同祥;左宪禹;;一种适合于分布式并行计算改进的平方共轭残差法[A];2008年全国开放式分布与并行计算机学术会议论文集(下册)[C];2008年

6 胡金初;;并行计算中的任务分配算法[A];2005年全国理论计算机科学学术年会论文集[C];2005年

7 宋庭新;李慧;;面向服务的有限元并行计算网格系统设计[A];湖北省机械工程学会设计与传动学会、武汉机械设计与传动学会2008年学术年会论文集（2）[C];2008年

8 裘懿勇;徐斌;刘晓明;;并行计算作业调度系统的架构及应用[A];第十四届中国科协年会第5分会场：绿色船舶与海洋装备创新发展及产业化论坛论文集[C];2012年

9 裘懿勇;徐斌;刘晓明;;并行计算作业调度系统的架构及应用[A];2012年MIS/S&A学术交流会议论文集[C];2012年

10 肖保国;杨顺华;邢建文;赵慧勇;;当地自适应建表方法在煤油超燃发动机并行计算中的应用[A];第十四届全国激波与激波管学术会议论文集（下册）[C];2010年

中国重要报纸全文数据库 前10条

1 轶嘉;英特尔全球首个并行计算中心落户无锡[N];人民邮电;2009年

2 曙光信息产业有限公司研发中心 温鑫;并行计算任重道远[N];中国计算机报;2007年

3 英特尔并行计算实验室研究员 TimothyMattson;并行计算:减少串行软件[N];中国计算机报;2007年

4 曙光信息产业有限公司研发中心 温鑫;并行计算软件开发概述[N];中国计算机报;2007年

5 刘霞;计算能力的提升需要一场革命[N];科技日报;2010年

6 安世亚太 雷先华;ANSYS高性能并行计算[N];中国航空报;2005年

7 张云泉;并行计算：迎接多核时代的挑战[N];计算机世界;2006年

8 本报记者 马文方;英特尔为何要牵头并行计算[N];中国计算机报;2009年

9 英特尔 赵军(Jun Zhao);PC机并行计算革命尚未成功[N];中国计算机报;2009年

10 ;Linux下的网络并行计算[N];计算机世界;2000年

中国博士学位论文全文数据库 前10条

1 张雨新;改进的MPS方法及其三维并行计算研究[D];上海交通大学;2014年

2 李维山;面向领域应用的空间域和频域分解模式并行计算[D];吉林大学;2016年

3 孙安香;数值气象预报变分同化的伴随模式并行计算[D];中国人民解放军国防科学技术大学;2002年

4 张理论;面向气象预报数值模式的高效并行计算研究[D];中国人民解放军国防科学技术大学;2002年

5 龙柏;并行计算平台上的数据索引技术研究[D];中国科学技术大学;2011年

6 管建和;电磁场有限元法解释分布式并行计算的研究[D];中国地质大学（北京）;2006年

7 刘耀儒;三维有限元并行计算及其在水利工程中的应用[D];清华大学;2003年

8 金晶;并行计算普适编程模型及系统架构研究[D];北京邮电大学;2012年

9 盛艳秀;多核异构环境下通用并行计算框架关键技术研究[D];中国海洋大学;2013年

10 张帆;过程系统优化的分布式并行计算[D];浙江大学;2002年

中国硕士学位论文全文数据库 前10条

1 张康宇;基于ASAR近海风场反演方法研究[D];浙江大学;2015年

2 胡荣华;并行计算在临近天气预报系统中的应用研究[D];华南理工大学;2015年

3 严善楷;异构系统中并行计算的动态负载均衡技术研究[D];华南理工大学;2015年

4 陈磊;基于监控信号的多信息提取识别的并行计算方法[D];南京理工大学;2015年

5 焦弘杰;CPU-GPU异构并行计算体系的设计与实现[D];江苏科技大学;2015年

6 陈从江;基于面向云服务的Python并行计算的研究[D];电子科技大学;2014年

7 唐吉卓;基于GPU平台的SVD并行计算研究与实现[D];电子科技大学;2014年

8 吴颀;GPU并行计算及其在飞行器设计中的应用[D];北京理工大学;2015年

9 李保安;基于液态食品冷冻浓缩冰晶生长机制并行计算[D];电子科技大学;2013年

10 钟承群;基于CPU/GPU异构并行计算的OTN仿真验证系统的研究与实现[D];电子科技大学;2015年

，

本文编号：1108598