癌症通路相关成分预测方法研究及通路可视化实现

发布时间：2021-04-25 18:08

　　癌症等复杂疾病一直都是严重危害人类身体健康的重要因素。随着人类后基因组时代的开启和发展,大量高通量测序技术被不断研发出来,使得生物医学的研究逐渐摆脱了传统研究方法的制约。在此基础上,依赖于大数据的研究方法也被提出,加快了生物医学领域对癌症等各种复杂疾病的研究进程,其研究方式逐渐从单基因分析向寻找在细胞过程中失调的基因或生物通路转变。生物通路在人类生命活动中发挥了重要的作用,其微小的变化在一定程度上可能引起某种癌症的发生。生物通路分析已经成为目前癌症研究的重要方向,目前常用的癌症通路识别技术主要分为两大类:基于基因富集分析和基于网络的通路识别方法,这两类方法分别根据通路的基因功能和网络结构来寻找癌症和通路之间的关联关系。生物通路扩展也是一类重要的癌症通路分析方法,主要通过在人类基因网络中研究与通路密切相关的基因来寻找新兴的可能的致病基因,这对于探究癌症发生机制、寻找药物靶点和癌症早期预测具有非常重要的意义。在此基础上,本课题提出了一种基于网络扩展技术的癌症通路相关成分预测方法,首先构建了乳腺癌数据下的基因共表达网络作为算法的全局网络,并从全局和局部两个角度分析其拓扑性,然后将筛选出的与当... 

【文章来源】：哈尔滨工业大学黑龙江省 211工程院校 985工程院校

【文章页数】：67 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第1章 绪论
    1.1 课题背景及研究的目的和意义
    1.2 国内外研究现状
        1.2.1 癌症通路相关成分预测的研究现状
        1.2.2 生物通路可视化方法的研究现状
    1.3 本文主要研究内容和组织结构
第2章 癌症相关通路筛选
    2.1 引言
    2.2 癌症通路相关数据和蛋白网络
        2.2.1 癌症数据集
        2.2.2 通路数据集
        2.2.3 蛋白网络
        2.2.4 数据选取
    2.3 基于GSEA的癌症相关通路筛选
        2.3.1 GSEA
        2.3.2 癌症相关通路筛选及结果
    2.4 本章小结
第3章 癌症通路相关成分预测
    3.1 引言
    3.2 基于网络扩展技术的癌症通路相关成分预测
        3.2.1 加权网络构建和分析
        3.2.2 种子网络抽取
        3.2.3 基于网络扩展技术的癌症通路相关成分预测
    3.3 实验结果和分析
        3.3.1 加权网络构建及结果分析
        3.3.2 癌症通路相关成分预测结果分析
    3.4 本章小结
第4章 生物通路可视化系统
    4.1 引言
    4.2 系统设计与实现
        4.2.1 系统功能设计
        4.2.2 系统实现说明
    4.3 关键技术说明
    4.4 数据库设计
    4.5 详细功能描述
        4.5.1 检索模块
        4.5.2 信息展示模块
        4.5.3 通路网络可视化模块
    4.6 本章小结
结论
参考文献
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]2015年中国恶性肿瘤流行情况分析[J]. 郑荣寿,孙可欣,张思维,曾红梅,邹小农,陈茹,顾秀瑛,魏文强,赫捷.  中华肿瘤杂志. 2019 (01)
[2]结直肠腺癌KRAS基因突变的检测及其临床意义[J]. 徐晨,刘亚岚,黄洁,何德明,侯英勇,纪元,侯君,卢韶华,许建芳,胡沁,石园,赵丽君,谭云山.  中华病理学杂志. 2012 (10)
[3]基因表达谱富集分析方法研究进展[J]. 曹文君,李运明,陈长生.  生物技术通讯. 2008(06)

硕士论文
[1]基于高通量组学数据的癌症驱动基因和信号通路识别[D]. 杨武.安徽大学 2016
[2]前列腺癌去势抵抗转化相关miRNA及其调控网络的整合分析[D]. 王苏贵.苏州大学 2013



本文编号：3159846