人类基因表达和调控模式发现与综合知识库构建

发布时间：2021-06-08 18:37

　　测序和基因组学产生的海量数据促成了生物信息学这门交叉学科的诞生,它的最终目的就是利用这些数据分析和解释各种生理活动,而基因表达和调控的研究是这门学科的重要内容。生物体中的新陈代谢和信号通路,疾病在基因层次的致病机理和对药物治疗的反馈等都和基因表达与调控密切相关。所以,对基因表达与调控的研究将会极大地帮助其他方面的研究。本文的主要内容如下:为了全面的评估人类基因表达,我们搜集和筛选了600个人类微阵列数据集,并从4个维度对数据进行提取和分类:1)在细胞、组织或者和器官层次的表达数据;2)在胎儿、青年和老年生长阶段的表达数据;3)在疾病和健康状态下的表达数据;4)在不同化学处理下的时间序列表达数据。对于提取的数据,我们应用了2个统计方法来评估基因的表达,用户可以在这两个方法上设置不同的阈值,来得到特异性表达的基因和看家基因。在生物体中,一般都是由一组基因来执行某种功能。根据一组基因在不同条件下表达水平,可以发掘基因的表达模式或者所处条件的相似性。针对我们收集的表达数据,我们提供了一组常见的双向聚类算法,用户可以根据自己的需求,选择不同的数据集,算法和参数来展开研究。最后,我们还开发了一个基... 

【文章来源】：天津大学天津市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：59 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
第一章 绪论
    1.1 研究背景与意义
    1.2 国内外研究现状
    1.3 本文的主要工作
    1.4 本文的章节安排
第二章 基因表达相关概念和技术
    2.1 基因表达和调控
    2.2 基因表达的组织层次
    2.3 微阵列技术
        2.3.1 微阵列技术概念
        2.3.2 常用微阵列数据库
        2.3.3 微阵列数据格式
    2.4 高通量数据质量控制
第三章 基因表达数据统计分析
    3.1 实验数据
        3.1.1 数据基本信息
        3.1.2 数据预处理
    3.2 统计分析方法
        3.2.1 余弦法
        3.2.2 信息熵
    3.3 基因表达分析
        3.3.1 人体器官基因表达
        3.3.2 人脑内各组织基因表达
        3.3.3 人体腺体基因表达
        3.3.4 不同生长阶段组织中基因表达
        3.3.5 两个方法参数对比
第四章 基因表达数据双向聚类
    4.1 相关算法介绍
        4.1.1 均值平方残差最小化
        4.1.2 贝叶斯双向聚类
        4.1.3 因子分析双向聚类
    4.2 实验结果分析与评估
        4.2.1 结果评估方法
        4.2.2 实验结果分析
第五章 平台设计与实现
    5.1 平台概述
    5.2 平台设计
        5.2.1 平台结构设计
        5.2.2 平台数据库设计
        5.2.3 平台功能设计
    5.3 平台实现
        5.3.1 平台实现技术
        5.3.2 平台运行环境
        5.3.3 案例分析
第六章 总结与展望
    6.1 论文总结
    6.2 工作展望
参考文献
发表论文和参加科研情况说明
致谢



本文编号：3218983