计算机模拟方法研究生物大分子折叠机制
发布时间：2022-01-25 17:08
蛋白质分子正确折叠是行使其功能的先决条件,错误折叠会导致聚集,从而诱发严重的疾病,如阿尔茨海默病。研究蛋白质分子折叠驱动力、结构和动力学对阐明其折叠机制具有重要作用。另外,在一些生物大分子折叠过程中,关环现象普遍存在。本论文中,我们研究了非天然态疏水作用对蛋白质分子折叠行为的影响以及溶剂性质和链刚性强度对半刚性高分子链关环动力学的影响。主要内容如下:（1）实验研究表明,天然小蛋白Fyn SH3 domain折叠为两态的,而其变异体A39V/N53P/V55L Fyn SH3 domain折叠需经过一个低含量的错误折叠中间体（～2.0%）。为了阐明其折叠机制差异的物理起源,我们采用基于功能态结构的db模型以及在该模型基础上增加序列具体的非天然态疏水作用的模型（db+MJhφ）,对比地研究了Fyn SH3 domain及其变异体的折叠机制。通过db模型,Fyn SH3domain及其变异体的折叠都为两态。采用db+MJhφ模型,Fyn SH3 domain折叠为两态的,而A39V/N53P/V55L Fyn SH3 domain折叠经过一个错误折叠中间态。由于错误折叠中间体含量很低,不足以...
【文章来源】：西北大学陕西省 211工程院校
【文章页数】：75 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
能量漏斗模型示意图
如图 1-2所示。其折叠速率可以表示为 = 由能垒高度； 为指前系数，通常被当作有效的扩动限制产生的内部摩擦[17,18]。实验研究表明，对于部摩擦效应非常有限[19]。早期，Baker 组收集了一速率，发现许多小蛋白的折叠速率与其功能态拓RCO）之间存在重要的相关性[20]，表明协同折叠的扑结构决定。鉴于许多小蛋白折叠自由能图景为漏结构决定，基于功能态结构的模型（Gō）能够有效些实验研究发现，有些蛋白质分子折叠的过程中存native interaction，即该作用不存在于功能态结构中误折叠，从而产生复杂的折叠自由能图景[22]。对于的 Gō 模型不能有效地识别其折叠机制。
西北大学硕士学位论文蛋白折叠拟实验除了可以节省大量的人力、物力，缩短实验实验结果。另外，它还可以实现实验上不易达到的，由于受其时间的限制，很难观察到折叠过程，因些实验上无法探测到的信息。通过模拟捕捉到蛋白结果提出合理的解释。计算机模拟和实验结果相互简洁的理论，对未来的实验和模拟提供指导。因此相成的（图 1-3）。
本文编号：3608922
【文章来源】：西北大学陕西省 211工程院校
【文章页数】：75 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
能量漏斗模型示意图
如图 1-2所示。其折叠速率可以表示为 = 由能垒高度； 为指前系数，通常被当作有效的扩动限制产生的内部摩擦[17,18]。实验研究表明，对于部摩擦效应非常有限[19]。早期，Baker 组收集了一速率，发现许多小蛋白的折叠速率与其功能态拓RCO）之间存在重要的相关性[20]，表明协同折叠的扑结构决定。鉴于许多小蛋白折叠自由能图景为漏结构决定，基于功能态结构的模型（Gō）能够有效些实验研究发现，有些蛋白质分子折叠的过程中存native interaction，即该作用不存在于功能态结构中误折叠，从而产生复杂的折叠自由能图景[22]。对于的 Gō 模型不能有效地识别其折叠机制。
西北大学硕士学位论文蛋白折叠拟实验除了可以节省大量的人力、物力，缩短实验实验结果。另外，它还可以实现实验上不易达到的，由于受其时间的限制，很难观察到折叠过程，因些实验上无法探测到的信息。通过模拟捕捉到蛋白结果提出合理的解释。计算机模拟和实验结果相互简洁的理论，对未来的实验和模拟提供指导。因此相成的（图 1-3）。
本文编号：3608922
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