基于文献挖掘的结直肠癌临床—组学关联分析方法研究与应用

发布时间：2017-05-24 00:09

  本文关键词：基于文献挖掘的结直肠癌临床—组学关联分析方法研究与应用，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：随着医疗科技的发展,大规模生物数据库的建设以及基因测序能力的大幅提升,产生了海量的生物医学数据。在积累生物实验数据的同时,也积累了大量的非结构化文献数据。对文献数据进行整合分析,从中提炼出更多的生物医学信息,有助于了解疾病发生发展的机制和过程,促进疾病的诊治。传统的手工分析和注释的方法已经难以适应快速的文献增长,国内外已经有越来越多研究者关注文献挖掘方法的研究。现有方法多是基于“共现”原则,结合自然语言处理的方法进行语义分析和语法处理,一定程度上限制“潜在”关系挖掘和待分析文章数量。且研究对象主要集中在疾病层次,目前还没有比较权威的针对一种特定的肿瘤疾病,综合现有文献数据,挖掘疾病相关临床术语与基因潜在关系的研究。因此,本论文提出一种潜在关联分析的文献挖掘方法。并针对典型肿瘤疾病结直肠癌,以促进肿瘤精准防治为目标,将方法应用到结直肠癌临床-组学关系挖掘中,并结合生物医学知识,对挖掘结果进行深入探究和分析。具体工作如下：提出一种基于MeSH主题词的文献挖掘方法,能够将复杂的关联分析转化为矢量间的数学运算,实现定量分析,同时避免“共现”原则带来的限制,为潜在关系挖掘提供一种新的思路;选取结直肠癌为研究对象,将本文提出方法应用于结直肠癌临床-组学关系挖掘。并结合组学分析工具等,对挖掘得到的结果进行分析和解释。提出MTA1-perineural invasion(嗜神经性侵袭,肿瘤恶化标志)等潜在临床-组学关系,为结直肠癌基础研究提供参考;构建结直肠癌临床-组学关联知识共享平台,提供挖掘结果的查询、下载等功能,实现数据分享与方法重用。结果表明,基于MeSH主题词的文献挖掘方法为疾病临床-组学关系挖掘提供一种新的思路,也可用于其他疾病的研究和分析中。
【关键词】：结直肠癌 文献挖掘 精准医疗 MeSH 临床-组学关系
【学位授予单位】：浙江大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：TP311.13;R735.34
【目录】：

• 致谢4-5
• 摘要5-6
• Abstract6-9
• 1 绪论9-18
• 1.1 引言9-11
• 1.2 国内外研究现状11-15
• 1.2.1 基于文献数据的遗传关联数据库11
• 1.2.2 人类疾病网络11-13
• 1.2.3 基于语义分析的基因-疾病关联研究13-14
• 1.2.4 GenoMesh基因关系挖掘14-15
• 1.3 研究目标和任务15-18
• 1.3.1 本文解决的关键问题15
• 1.3.2 研究目标与任务15-16
• 1.3.3 论文内容安排16-18
• 2 基于向量空间模型的关系挖掘方法设计与实现18-31
• 2.1 研究对象18-22
• 2.1.1 PubMed介绍18-19
• 2.1.2 E-Utility工具19-22
• 2.2 向量空间模型原理22-25
• 2.2.1 向量空间模型介绍22-23
• 2.2.2 特征项集合23-25
• 2.3 方法过程与实现25-28
• 2.4 方法评估28-29
• 2.5 本章小结29-31
• 3 结直肠癌临床-组学关系挖掘及结果分析31-47
• 3.1 数据源获取31-32
• 3.1.1 临床数据获取31-32
• 3.1.2 基因数据获取32
• 3.2 基于文献挖掘方法的临床-组学关联研究与评估32-34
• 3.2.1 基于文献数据的结直肠癌临床-组学关系挖掘32-33
• 3.2.2 方法评估过程33-34
• 3.3 挖掘结果分析34-46
• 3.3.1 组学数据分析34-39
• 3.3.2 按疾病发展过程分析39-43
• 3.3.3 结合生物医学知识的分析43-46
• 3.4 本章小结46-47
• 4 结直肠癌临床-组学知识共享平台设计与实现47-53
• 4.1 结直肠癌临床-组学知识共享平台设计47-48
• 4.2 结直肠癌临床-组学关系共享平台实现48-52
• 4.2.1 首页48-49
• 4.2.2 结直肠癌临床-组学关系查询与下载49-50
• 4.2.3 结直肠癌临床-组学关系可视化50-51
• 4.2.4 结直肠癌临床-组学关系重分析51-52
• 4.3 本章小结52-53
• 5 总结与展望53-55
• 5.1 总结53-54
• 5.2 展望54-55
• 附录55-59
• 参考文献59-62
• 作者简历62

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