生物医学本体支持的元数据异质性研究与标准化应用

发布时间：2024-02-26 19:41

　　背景:数据已经成为生物医学发展的重要驱动力,实现数据到知识转化的一个关键环节在于增强数据的机器可理解性。通用数据元素(common data element,CDE)的使用是提高机器对元数据理解的重要手段。随着生物医学领域可共享的数据越来越多,纳入到通用数据元素库中的数据元素也在迅速增长,探讨如何提升通用数据元素的质量对于促进数据的整合和共享具有重要的意义。方法:一方面,本研究根据ISO/IEC 11179标准建立了具有语义支持的CDE表示模型,并在模型的基础上,构建了可共享的、可重用的和具有语义支持的通用数据元素库。在本部分研究中,首先根据《国民体质与健康数据库》初步确定了库中的数据条,通过复用caDSR中的CDE以及新建方式形成CDE数据集;然后基于模型实现了CDE的OWL表示,并且借助于语义网工具实现了 CDE的质量检查;最后利用图数据库来存储文件,并提供SPARQL复杂查询功能。另一方面,本研究进行了生物医学领域元数据之间异质性的研究,建立了元数据之间可兼容性自动化的预测模型。在本部分研究中,首先从国际上使用广泛的公共数据库NCI caDSR中,选取了与临床试验关联度较高的流行...

【文章页数】：62 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图２－１通用数据元素库构建方法??Ｆｉｇ．?２－１?Ｍｅｔｈｏｄ?ｏｆ?ＣＤＥ?ｄａｔａｂａｓｅ?ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ??

加强了国内项０的数据与国际上其他数据库之间互操作的能力。??２．２材料和方法??通用数据元素库的构建方法如图２－１所示。首先在ＩＳ０／ＩＥＣ?１１１７９的基础上，??构建了?ＣＤＥ的具有语义支持的通用表示模型；在模型的基础上，以《国民体质与??健康数据库》中的调查数据项为参考，利....

图２－２语义模型??Ｆｉｇ．?２－２?Ｓｅｍａｎｔｉｃ?Ｍｏｄｅｌ??

?是复用的ＣＤＩＳＣ?ＭＭＳ中的。所有的类和关系都有唯一的ＩＲＩ，以满足ＦＡＩＲ准则中??的可查询要素。最后的语义模型可视化图如

图2-3OWL结果文件在Pro峪ge中的截图展示

使用Ｐｒｏｔ６ｇ６?５．０中的ＨｅｒｍｉＴ推理机对ＯＷＬ结果文件进行推理，结果如图２－４??所示。左边图（Ａ）为本体推理前的结构，右边图（Ｂ）为推理后的等级结构，由图??２－４可以看出，推理前后的结构一致，说明本体内部一致性良好。??．▼?？ｏｗｌ：Ｔｈｉｎ。?＾￣＃＂ｏｗＴ：Ｔ....

图2一5底层数据库已加载的RDF资源浏览界面

２．３．６?ＳＰＡＲＱＬ查询实例??以下是一个具体的查询实例，选择ＳＰＡＲＱＬ节点??“ｈｔｔｐ：／／ｐｕｒｌ．ｂｍｉｃｃ．ｃｎ／ｏｎｔｏｌｏｇｙ／ＣＤＥＯｖ２”，查询图中所有描述对象是“饮酒??（Ａｌｃｏｈｏｌ）?”的数据元素。以下是具体的ＳＰＡＲＱＬ查询语句：??ＰＲＥＦＩＸ....

本文编号：3911759