蛋白质结构数据库的快速搜索和多重蛋白质结构比对算法研究

发布时间：2020-10-12 02:07

　　 随着蛋白质数据库中蛋白质结构数量的快速增长,设计高效快速的蛋白质结构比对算法是一个具有挑战性且有重要意义的问题。本论文设计了一个蛋白质结构数据库的快速搜索算法和一个准确的多重结构比对算法,并搭建了相应的网络服务器mTM-align。在结构数据库的快速搜索算法中,本文重新组织了蛋白质结构数据库中的结构,并使用启发式算法,来加速搜索的速度。经测试表明,mTM-align结构数据库的快速搜索算法在速度和精度两方面都优于现今最受欢迎的结构数据库的快速搜索算法Dali Server。在多重结构比对算法中,本文基于快速的两两结构比对算法TM-align提出了mTM-align多重结构比对算法。本文在四个数据集上与五种其他多重结构比对算法进行了严格的比较和分析,得出了mTM-align多重结构比对算法优于其他五种算法的结论。网络服务器mTM-align的一个特点是提供了结构搜索和多重结构比对的联动。mTM-align服务器不仅提供搜索,并且会将搜索的结果进行多重结构比对。一般来说,服务器完成一个中等大小蛋白质结构(长度大约为300个残基)的搜索任务需要花费2-5分钟;完成10个中等大小蛋白质结构的多重比对大约需要10秒。服务器的网址为:http://yanglab.nankai.edu.cn/mTM-align/。
【学位单位】：南开大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2018
【中图分类】：Q51;Q811.4
【部分图文】：

图 2 蛋白质的二级结构（左为 α-螺旋，右为 β-折叠）结构（TertiaryStructure）：指二级结构进一步通过盘曲或折叠形成的定规律的结构，其主要依靠氨基酸之间的疏水相互作用，静电力，氢键，

蛋白质的三级结构

蛋白质的四级结构
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本文编号：2837473