基于串联质谱的肽段与修饰鉴定的质量控制算法研究与应用

发布时间：2021-06-09 02:24

　　蛋白质是细胞结构的重要构成物质,也是细胞内各项功能的直接执行者。蛋白质组学的主要任务是定性和定量地鉴定某生物体组织或细胞内的全部蛋白质,并进一步对这些蛋白质的亚细胞定位、相互作用与翻译后修饰进行系统分析。蛋白质翻译后修饰在真核生物细胞内广泛存在,对蛋白质结构和功能有重要影响。磷酸化修饰在信号转导、代谢、增殖与分化等重要细胞进程中发挥着重要作用,是目前蛋白质组学研究最广泛的修饰类型之一。串联质谱技术的快速发展,为蛋白质组学研究提供了良好的技术平台。其中鸟枪法蛋白质组学策略以肽段为核心,可实现肽段、蛋白质及其翻译后修饰的高通量快速鉴定,是目前蛋白质组学研究最主要的技术手段。蛋白质序列数据库搜索是串联质谱数据解析最主要的策略。然而受质谱数据复杂性影响,数据库搜索鉴定结果中会存在相当比例的错误匹配。因此采用合理策略对数据库搜索结果进行质量控制已成为数据解析的必要环节。正伪库搜索是目前质量控制领域应用最广泛的策略,可以估计不同来源质谱数据肽段鉴定的准确性。然而随着蛋白质组学数据规模的不断提升,现有质量控制算法开始面临更多的挑战:1.在肽段质控层面,多种数据搜索引擎被应用于大规模串联质谱数据分析。... 

【文章来源】：中国人民解放军军事科学院北京市

【文章页数】：136 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

鸟枪法蛋白质组学研究策略[6]

图 2 基于串联质谱的蛋白质组信息学分析流程与主要研究内容2.2 基于蛋白质序列的数据库搜索策略蛋白质序列数据库搜索策略由数据预处理、蛋白质序列库配置、数据库搜索以及匹配结果的质量控制组成。常见的数据库搜索引擎包括商业软件 Mascot[26]、

法可以支持任何搜索引擎的鉴定结果，满足大规模蛋白质组学数据要（图 1-1）；最后针对同一数据集不同搜索引擎的鉴定结果，构建合质控模式，提升肽段水平鉴定的灵敏度。本章工作是整个质量控，为后续翻译后修饰及蛋白质水平质控算法开发提供了平台支撑。


本文编号：3219721