文冠果MAPK16基因全长cDNA序列与生物信息学分析
发布时间：2022-01-01 09:38
为探明文冠果MAPK16基因的生物学特征及功能,根据文冠果de novo转录组数据搜索MAPK16基因的cDNA序列（XsMAPK16）,并对XsMAPK16基因全长cDNA序列进行生物信息学分析。结果显示,XsMAPK16基因cDNA序列包含1个长度为1 677bp的完整ORF,可编码558个氨基酸。XsMAPK16蛋白大部分区域为亲水区,由235个α螺旋、232个无规则卷曲,59个延伸链、32个β转角构成。依据2gcc.1.A同源建模法,获得1个三级结构模型,该模型从第12个氨基酸开始到第362个氨基酸结束。XsMAPK16蛋白与12种其他植物MAPK蛋白的同源性分析显示,文冠果MAPK16与甜橙MAPK的同源性最高（94.93%）。该结果将为解析文冠果抗旱的调控机制提供新的理论基础,并为文冠果的抗旱育种提供新思路。
【文章来源】：天津农业科学. 2020,26(02)
【文章页数】：5 页
【部分图文】：
XsMAPK16蛋白的疏水性/亲水性
基于蛋白质数据库，利用SOPMA软件对XsMAPK16蛋白序列进行二级结构预测，结果（图3）显示，XsMAPK16蛋白由235个ɑ螺旋、232个无规则卷曲、59个延伸链、32个β转角构成，分别占42.11%、41.58%、10.57%、5.73%，其中ɑ螺旋和无规则卷曲所占比例分别位列第1、2位，可以推测文冠果XsMAPK16蛋白二级结构的结构元件是以ɑ级螺旋和无规则卷曲的形式存在，而β旋转角和延伸链散布在整个蛋白质中。2.5 XsMAPK16蛋白序列的三级结构
利用同源建模法，将XsMAPK16蛋白质序列提交至SWISS-MODEL，根据2gcc.1.A同源建模法，得到1个三级结构模型（图4），该模型从第12个氨基酸开始到第362个氨基酸结束，主要由ɑ氨螺旋、无规则卷曲、延伸链和β旋转角组成，与二级结构预测结果基本一致。2.6 XsMAPK16蛋白序列与其他植物MAPK蛋白序列的同源性比较
【参考文献】：
期刊论文
[1]木薯促分裂原激活蛋白激酶MeMAPK2基因的克隆和功能分析[J]. 潘月云,朱寿松,张银东,陈银华. 分子植物育种. 2019(04)
[2]文冠果FAD2的序列与功能分析[J]. 赵娜,张媛,李秋琦,李茹芳,郭惠红. 北京林业大学学报. 2015(02)
[3]植物MAPK C族基因的研究进展[J]. 朱斌,梁颖. 生物技术通报. 2012(11)
本文编号：3562107
【文章来源】：天津农业科学. 2020,26(02)
【文章页数】：5 页
【部分图文】：
XsMAPK16蛋白的疏水性/亲水性
基于蛋白质数据库，利用SOPMA软件对XsMAPK16蛋白序列进行二级结构预测，结果（图3）显示，XsMAPK16蛋白由235个ɑ螺旋、232个无规则卷曲、59个延伸链、32个β转角构成，分别占42.11%、41.58%、10.57%、5.73%，其中ɑ螺旋和无规则卷曲所占比例分别位列第1、2位，可以推测文冠果XsMAPK16蛋白二级结构的结构元件是以ɑ级螺旋和无规则卷曲的形式存在，而β旋转角和延伸链散布在整个蛋白质中。2.5 XsMAPK16蛋白序列的三级结构
利用同源建模法，将XsMAPK16蛋白质序列提交至SWISS-MODEL，根据2gcc.1.A同源建模法，得到1个三级结构模型（图4），该模型从第12个氨基酸开始到第362个氨基酸结束，主要由ɑ氨螺旋、无规则卷曲、延伸链和β旋转角组成，与二级结构预测结果基本一致。2.6 XsMAPK16蛋白序列与其他植物MAPK蛋白序列的同源性比较
【参考文献】：
期刊论文
[1]木薯促分裂原激活蛋白激酶MeMAPK2基因的克隆和功能分析[J]. 潘月云,朱寿松,张银东,陈银华. 分子植物育种. 2019(04)
[2]文冠果FAD2的序列与功能分析[J]. 赵娜,张媛,李秋琦,李茹芳,郭惠红. 北京林业大学学报. 2015(02)
[3]植物MAPK C族基因的研究进展[J]. 朱斌,梁颖. 生物技术通报. 2012(11)
本文编号：3562107
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/sousuoyinqinglunwen/3562107.html
