LongMan:一个哺乳类直系同源长链非编码RNA数据库

发布时间：2017-09-07 02:09

  本文关键词：LongMan:一个哺乳类直系同源长链非编码RNA数据库

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【摘要】：目的计算并预测13 562个GENCODE项目首期鉴定的人类长链非编码RNA在16个哺乳动物的直系同源基因,并建立数据库Long Man,为长链非编码RNA研究提供重要数据。方法使用RNAfold预测13 562个人类长链非编码RNA每个外显子的结构;使用Infernal对每个外显子进行基因组搜索,分析其在16个哺乳动物可能的同源外显子;分析每个人类长链非编码RNA是否有同源基因;分析同源长链非编码RNA中的转座子和剪切信号;构造数据库的搜索引擎和输出界面;实现数据库维护更新机制。结果 Long Man目前收录133 646个直系同源长链非编码RNA;提供序列、比对、转座子和种系特异性插缺(indel)等信息;提供多条件组合查询;提供显示与下载功能。结论 Long Man是首个大规模多种系同源长链非编码RNA数据库,对长链非编码RNA比较与功能研究具有重要价值。
【作者单位】： 南方医科大学基础医学院生物信息学教研室;南方医科大学网络中心;
【关键词】： 数据库 长链非编码RNA 同源基因
【基金】：广州市科技创新局(2012Y2-00047)
【分类号】：Q811.4
【正文快照】： X染色体失活、基因簇印迹和基因组区域的组蛋白修饰和DNA甲基化都是表观基因组修饰,但调控这些修饰的分子机制多年未能揭示。最近研究揭示,大量表观基因组修饰是由长链非编码RNA(long non-codingRNA,lnc RNA)调控的[1],它们长度大于200 bp,结构保守性高于序列保守性,包含多个

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