Effects of Intrinsic and Extrinsic Noises on Transposons Kin
发布时间：2021-10-27 01:52
噪声（或波动）现象在各种生物系统中普遍存在,从种群水平到分子水平的生物系统。噪声在耦合极限环振子模型的中被广泛的研究。例如,种群系统（如捕食者-猎物模型）、可兴奋细胞（如神经元模型）和细胞内信号系统（如钙振荡模型）。转座因子是能够改变其在基因组中位置的DNA序列。在真核细胞中,TES在基因组功能和进化中起着至关重要的作用。TES对宿主基因组的编辑操作分为两类:一类是“复制粘贴”,另一类是“剪切粘贴”。一些转座子（如自主长穿插的核元素,LINES）编码执行切除功能的酶,而另一些转座子是寄生的（如非自主短穿插的核元素,SINES）,依赖于常规TES产生的酶。虽然噪声在各种生物系统中普遍存在,但生化系统的绝对浓度鲁棒性（ACR）稳定状态可以防止系统成分的大浓度变化。本文基于LINES与SINES相互作用的最小模型,分别研究了内噪声和外噪声对系统的影响。通过数值模拟研究了内、外噪声对转座子动力学ACR稳态的影响,研究发现,ACR稳态周围的捕食者-食饵类振荡是由内噪声或外噪声引起的:（ⅰ）在相同的噪声强度下,内噪声引起的振荡幅度大于外噪声引起的振荡幅度。随着噪声强度的增加,系统概率分布的峰值由第...
【文章来源】：华中师范大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：178 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图１．１两种自主或“非自主”的转座元件
希茫裕希遥粒蹋牐模桑樱樱牛遥裕粒裕桑希危崳姡墸崳?图３．３具有不同反馈的突变序列中ＳＣｓ，ＴＣｓ和ＤＣｓ的时间进程。初始参数??取为?ＮＯ?（０）?＝１．０，?Ｎ１?（０）?＝１．０，?Ｎ２?（０）?＝１．０，并且ａ＝０．２８６，ｐ＝０．４３２，ａ２＝??０．３，?Ｐ２＝?０．３。突变导致Ｐ＝?０．５１２，?ａ＝?０．５，?ｐ＝?０．６９７３。最后一个突变是上排ａ＝?１．１，??底行Ｐ＝?１．１。所有参数均以ｈｒ－１测量。??３．２．１突变过程和肿瘤开始??由式（１）－（３）可知，四种反馈情况下的突变过程如图３所示。我们考虑可以增??加净生长速率ａ或Ｐ的突变，并且突变可以给出对细胞２，３选择优势。选择相同的??初始参数集Ｎ０?（０）?＝?１．０，?Ｎ１?（０）?＝?１．０，?Ｎ２?（０）?＝?１＿０，并且ａ＝０．２８６，?ｐ＝０．４３２，??ａ２＝?０．３，?Ｐ２＝?０．３与四种反馈情况一起选择。随着时间的推移，除了最后一个突??变，其中ａ＝ｌ．ｌ，ｐ＝０．６９７?（图３的上排）或ａ＝０．５，ｐ＝ｌ．ｌ?（底部），所有四个??反馈中的过程都采用相同的突变序列。图３）。以上两种情况表示最后的突变??可以引起极大的选择性优势
ＤＯＣＴＯＲＡＬ?ＤＩＳＳＥＲＴＡＴＩＯＮ??０．２?且ｐ＝０．４３２。?（ｅ－ｈ）?ａ＝０．２?且ａ２＝０．３。所有参数均以?ｈｒ－１?测量。??图３．５四种不同反馈下，净增长率对Ｆａｎｏ因子涨落影响的差异性。（ａ－ｃ〇ａ２??＝０．２，ｐ＝?０．４３２〇?（ｄ，ｅ）ａ＝?０．２?和ａ２?＝?０．３。所有参数均以?ｈｒ－１?表示。??３．２．３?Ｆａｎｏ?Ｆａｃｔｏ上的范德华式循环??以上理论结果表明，隐窝中ＳＣ的数量总是很少，除了具有较大净增长率ａ??的ＳＬ和ＳＳ反馈（图４?（ｃ，ｄ））之外，这与正常结肠隐窝中的实验数据一致。??由于ＳＣｓ数量较少，用Ｌａｎｇｅｖｉｎ方法研究了稳定状态下种群相对较高的涨落，??这些涨落可以用Ｆａｎｏ因子来表征。具有作为ａ的函数的四个反馈的ＳＣｓ，ＴＣｓ和??ＤＣｓ的Ｆａｎｏ因子顺序地由图５?（ａ－ｃ）示出。固定净增长率为ｐ?（ｐ＝０．４３２），很??明显，ＳＬ和ＳＳ反馈的三个Ｆａｎｏ因子（Ｆ０，?ＦＩ，?Ｆ２）与ＬＬ和ＬＳ反馈有很大不??同。随着ａ的増加
本文编号：3460634
【文章来源】：华中师范大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：178 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图１．１两种自主或“非自主”的转座元件
希茫裕希遥粒蹋牐模桑樱樱牛遥裕粒裕桑希危崳姡墸崳?图３．３具有不同反馈的突变序列中ＳＣｓ，ＴＣｓ和ＤＣｓ的时间进程。初始参数??取为?ＮＯ?（０）?＝１．０，?Ｎ１?（０）?＝１．０，?Ｎ２?（０）?＝１．０，并且ａ＝０．２８６，ｐ＝０．４３２，ａ２＝??０．３，?Ｐ２＝?０．３。突变导致Ｐ＝?０．５１２，?ａ＝?０．５，?ｐ＝?０．６９７３。最后一个突变是上排ａ＝?１．１，??底行Ｐ＝?１．１。所有参数均以ｈｒ－１测量。??３．２．１突变过程和肿瘤开始??由式（１）－（３）可知，四种反馈情况下的突变过程如图３所示。我们考虑可以增??加净生长速率ａ或Ｐ的突变，并且突变可以给出对细胞２，３选择优势。选择相同的??初始参数集Ｎ０?（０）?＝?１．０，?Ｎ１?（０）?＝?１．０，?Ｎ２?（０）?＝?１＿０，并且ａ＝０．２８６，?ｐ＝０．４３２，??ａ２＝?０．３，?Ｐ２＝?０．３与四种反馈情况一起选择。随着时间的推移，除了最后一个突??变，其中ａ＝ｌ．ｌ，ｐ＝０．６９７?（图３的上排）或ａ＝０．５，ｐ＝ｌ．ｌ?（底部），所有四个??反馈中的过程都采用相同的突变序列。图３）。以上两种情况表示最后的突变??可以引起极大的选择性优势
ＤＯＣＴＯＲＡＬ?ＤＩＳＳＥＲＴＡＴＩＯＮ??０．２?且ｐ＝０．４３２。?（ｅ－ｈ）?ａ＝０．２?且ａ２＝０．３。所有参数均以?ｈｒ－１?测量。??图３．５四种不同反馈下，净增长率对Ｆａｎｏ因子涨落影响的差异性。（ａ－ｃ〇ａ２??＝０．２，ｐ＝?０．４３２〇?（ｄ，ｅ）ａ＝?０．２?和ａ２?＝?０．３。所有参数均以?ｈｒ－１?表示。??３．２．３?Ｆａｎｏ?Ｆａｃｔｏ上的范德华式循环??以上理论结果表明，隐窝中ＳＣ的数量总是很少，除了具有较大净增长率ａ??的ＳＬ和ＳＳ反馈（图４?（ｃ，ｄ））之外，这与正常结肠隐窝中的实验数据一致。??由于ＳＣｓ数量较少，用Ｌａｎｇｅｖｉｎ方法研究了稳定状态下种群相对较高的涨落，??这些涨落可以用Ｆａｎｏ因子来表征。具有作为ａ的函数的四个反馈的ＳＣｓ，ＴＣｓ和??ＤＣｓ的Ｆａｎｏ因子顺序地由图５?（ａ－ｃ）示出。固定净增长率为ｐ?（ｐ＝０．４３２），很??明显，ＳＬ和ＳＳ反馈的三个Ｆａｎｏ因子（Ｆ０，?ＦＩ，?Ｆ２）与ＬＬ和ＬＳ反馈有很大不??同。随着ａ的増加
本文编号：3460634
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