遗传算法模拟生物多序列比对之交叉算子优化

发布时间：2017-10-28 02:21

  本文关键词：遗传算法模拟生物多序列比对之交叉算子优化

  更多相关文章： 多序列比对 遗传算法 交叉算子 后处理 计算效率

【摘要】：为优化生物多序列比对问题,降低计算难度,提高计算效率,采用遗传算法模拟多序列比对,构造了四种简单的交叉算子及三种后处理方式,分析交叉算子和交叉后处理方式对多序列比对结果的影响。通过实验比较,结果表明多行横向交叉的计算效果最好,后处理方式cross4to2能有效缩短计算时间,二者相结合能很大提高遗传算法的计算效率,从而达到优化多序列比对的目的.
【作者单位】： 海南师范大学数学与统计学院;
【关键词】： 多序列比对 遗传算法 交叉算子 后处理 计算效率
【基金】：海南省自然科学基金项目(20151003) 国家自然科学基金项目(71361008) 海南省重点项目(ZDXM20130080)
【分类号】：Q811.4;TP18
【正文快照】： 多重序列比对(multiple sequence alignment,MSA)问题是生物信息学中一个尚未解决的问题,它是一个NP组合优化问题,想要找到复杂性为多项式的精确算法是不可能的[1],因此,求得多重序列比对问题的近似解具有实际意义.遗传算法(GA)借用了生物遗传学的观点,通过选择、交叉、变异等

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 张敏,方伟武,张俊华,迟忠先;一种新的迭代渐进多序列比对算法[J];计算机工程与应用;2005年02期

2 赵英杰;王正志;;基于结构信息的RNA多序列比对[J];生物医学工程研究;2009年01期

3 邹权;郭茂祖;韩英鹏;李文滨;;多序列比对算法的研究进展[J];生物信息学;2010年04期

4 高峰;李防震;王s，

本文编号：1106253