标签SNPs选择及重构算法研究

发布时间：2017-08-12 19:37

  本文关键词：标签SNPs选择及重构算法研究

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【摘要】：研究复杂疾病与SNP之间的相关性是生物信息学最为重要的任务之一,然而基因分型的巨大花费却限制了其发展及应用。因此,选择部分有代表性的SNP(即标签SNP选择问题)进行研究,从而降低研究所需费用就显得十分必要。近年来,已有一些算法被提出用于解决该问题,但是大多数方法在预测精度及标签选择数目等指标方面仍未能达到实际应用的需求。据此,设计了一种前向矩阵法用于标签SNP的选择,并用改进的PSO算法对非标签SNP进行预测。最后通过大量数据集上的实验表明了算法与常用方法相比可选择更少的标签,同时可获得更高的预测精度,即在性能方面有了明显的提升,更适合于标签SNP选择问题的研究。
【作者单位】： 西京学院控制工程学院;武警工程大学电子技术系;
【关键词】： 单核苷酸多态性 标签 粒子群算法
【基金】：陕西省教育厅科研计划(15JK2187) 西京学院科研基金(XJ140115) 武警工程大学基础研究基金(WJY201518)
【分类号】：Q811.4;TP18
【正文快照】： 1引言单核苷酸多态性SNP(Single Nucleotide Pol-ymorphism)已被广泛地用于致病基因定位的研究,其被认为是生物信息学最为重要的任务之一[1]。然而到目前为止,研究者已在人类染色体中发现了上千万个SNP,虽然近些年基因分型技术发展十分迅速,但是测试所有研究对象如此大规模的S

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