福建沿岸海域软骨鱼类资源及其系统进化研究

发布时间：2020-03-21 16:35

【摘要】： 本文以2006年至2007年福建沿岸海域游泳动物调查4个航次的底拖网渔获软骨鱼类为研究对象,对该海域的软骨鱼类资源现状进行分析;对部分软骨鱼类的线粒体COI基因进行PCR扩增和测序,对所得线粒体COI基因序列进行分析,并构建系统进化树;同时采用AFLP技术对福建沿岸海域软骨鱼类进行系统进化的初步研究。主要结果如下: 1.分析了2006年至2007年福建沿岸海域游泳动物调查共4个航次的底拖网渔获物中软骨鱼类的种类组成、数量、资源密度、栖息密度及其季节变化。结果表明:4个航次共捕获软骨鱼类17种,隶属于5目9科9属,其中鲼形目最多,有9种。春、夏、秋、冬4个航次分别捕获软骨鱼类8、13、15、9种;条纹斑竹鲨、何氏鳐、光沖、奈氏沖、日本单鳍电鳐和小眼沖在4个航次均有捕获。4个航次捕获的软骨鱼类占该海域鱼类总渔获量的15.99%;平均资源密度和平均栖息密度分别为99.38 kg/km2和295.81 ind/km2,平均资源密度以夏季最高,为170.28 kg/km2,平均栖息密度则以秋季最高,为504.73 ind/km2。4个海域中,闽东近岸海域的平均资源密度最大,为200.77 kg/km2;春季和冬季,厦门近岸海域的平均资源密度最大,夏季和秋季则以闽东近岸海域的平均资源密度最大。17种软骨鱼类中,出现频率最高的是尖嘴沖,为27.08%;资源密度最大的是奈氏沖,为21.52kg/km2;条纹斑竹鲨的栖息密度最大,为86.25 ind/km2。条纹斑竹鲨的优势度指数最高,为756.52。条纹斑竹鲨和尖嘴沖是福建沿岸海域软骨鱼类的优势种。 2.通过PCR扩增获得福建沿岸海域15种软骨鱼类共74个个体的COI基因618 bp长度的同源序列,共有35种单倍型。35种单倍型的618 bp同源序列中,有267个可变位点,包括253个简约信息位点和14个单突变子,无插入和缺失位点。T、C、A、G各碱基的平均含量分别为31.8%、26.2%、25.4%和16.6%。所有种类的G含量都较低(14.7%～18.3%)。A+T含量平均值57.2%,高于G+C含量(42.8%)。第1、2、3密码子位点的A+T含量平均值分别为45.5%、57.2%和68.7%。所有位点的平均转换/颠换比值为1.4,其中第1密码子位点的转换/颠换比值最高(5.0),而第3密码子位点的转换值(52)和颠换值(43)均显著高于第1、第2密码子位点。根据Kimura双参数模型计算15种软骨鱼类74个个体的遗传距离,沖鳐类个体间平均遗传距离为0.1626,鲨类个体间平均遗传距离为0.0851,鲨类和沖鳐类间的遗传距离为0.2664;74个个体间的平均遗传距离为0.1936。对35种单倍型序列和鬼形兔银鲛(Hydrolagus lemures)的同源序列进行聚类分析,得到NJ系统树。系统树显示,同种个体聚类成一支,同属的所有种类也都聚在一起,聚类结果与传统分类体系吻合。结果表明,线粒体COI基因序列可用于所研究的几种软骨鱼类的种类鉴定和系统分类研究。 3.利用AFLP技术对福建沿岸海域14种软骨鱼类进行了分类的初步研究。利用6对选择性扩增引物(E-AAG/M-CTA,E-AGG/M-CCG,E-ACG/M-CCG,E-AGG/M-CAG,E-ACC/M-CTA,E-ACC/M-CCG),在71个个体中共扩增出241个AFLP可检测位点,其中236个为多态位点,多态位点比率为96.7%。每对引物扩增出的可检测位点数为39～44个,平均40.2个。Popgene统计结果显示种间遗传距离为0.1308～0.5720。其中奈氏沖(Dasyatis navarrae)与赤沖(Dasyatis akajei)之间的遗传距离最低(0.1308),尖头斜齿鲨(Scoliodon sorrakowah)与日本单鳍电鳐(Narke japonica)之间的遗传距离最高(0.5720)。UPGMA聚类结果显示同种个体聚在一起,表明AFLP技术可用于属以下阶元的系统分类研究。
【图文】：

置信度,中数,密码子,位点

图 3.3 COI 基因片段的 N J 树（图中数字为 N j 的置信度）Fig.3.3 The NJ tree of mitochondrial COI gene sequences豚（Sousa chinensis）和糙齿海豚（Steno bredanensis）COI 基因 G 含量分别%和 16.2%，A+T 含量分别为 58.5%、58.3%和 58.3%，黄鲷（Dentex tumifro的 G 含量为 24.3%，A+T 含量(54.7%)高于含量 G+C(45.3%)；凡纳滨对虾namei）COI 基因片段的 G 含量为 18.2%，A+T 含量为 62.6%［91］，中华绒螯蟹(ensis )COI 基因片段的 G 含量为 20.0%，A+T 含量为 62.3%［92］。中华哲水蚤icus）的 G 含量为 22.5% ，，A+T 含量为 58.3%［93］。可见 A+T 含量较高，G 含量为普遍。本研究发现在各密码子位点中，分别有 80.0%和 93.5%的碱基转换和颠换发子位点。第 3 密码子可变位点较多（204），占总可变位点（267）的 76.4%的鳐类中 88%的替代也发生在第 3 密码子[67]。可见，第 3 密码子位点变异子可变位点较少（5），仅占总可变位点（267）的 1.9%，表明第 2 密码子位密码子位点突变率差异产生的原因是 DNA 水平上受自然选择压力的影响[86]

软骨鱼类,引物组合,对部,遗传距离

40图 4.1 引物组合 E-AAG/M-CTA 对部分软骨鱼类个体的扩增图A representative gel showing amplification result of some individuals using combination E-AAG/M-CTA 14 种软骨鱼类间的遗传相似度和遗传距离据 6 种 AFLP 引物组合的检测结果，采用 Popgene 软件计算 14 种软骨鱼类之度和遗传距离, 结果显示个体间遗传距离为 0.1308～0.5720（表 4.3）。其asyatis navarrae)与赤沖(Dasyatis akajei)之间的遗传距离最低(0.1308)(Scoliodon sorrakowah)与日本单鳍电鳐(Narke japonica)之间的遗传距离0）。
【学位授予单位】：集美大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2010
【分类号】：S932.4

【参考文献】