ABCG2基因多态性PCR-HRM分子诊断技术的建立与应用

发布时间：2020-07-29 19:04

【摘要】：目的建立ABCG2基因13个单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)位点(rs3114018、r3114020、rs2231146、rs2231164、rs2725252、rs55976258、rs12641369、rs34455506、rs1448784、rs10011796、rs2725244、rs34472643、rs3114015)检测的分子诊断技术,并验证ABCG2基因多态性在中国兰州地区原发性痛风人群中的遗传易感性。方法应用Primer-BLAST软件设计ABCG2基因13个SNP位点的特异引物,建立临床常规化的PCR-HRM分子诊断检测体系。以Sanger测序法为金标准对所建方法学进行验证,评价其灵敏度、特异性、重复性和再现性。通过检测398例原发性痛风患者临床标本评价其临床适用性。以千人基因组数据库中的中国人群基因型数据为对照进行病例对照分析,验证其在中国兰州地区原发性痛风人群中的易感性。采用卡方检验和二项Logistic回归分析进行统计学处理,评价ABCG2基因多态性的痛风易感性,采用连锁不平衡(Linkage Disequilibrium,LD)和单体型分析评价单体型的痛风易感性。结果(1)经测序验证,自建的PCR-HRM检测体系能对ABCG2基因的13个SNP位点准确分型,并成功基因分型398份病例组标本。性能评价结果显示所建方法在本次13个SNP基因型检测中的灵敏度和特异性均达100%。所有SNP位点的两种纯合型相应的熔解曲线T_m值的变异系数(CV)均小于1%,且两种基因型的T_m值差异均具有统计学意义(P0.05),具有较好的重复性和再现性。(2)对除rs1448784位点外达到Hardy-Weinberg遗传平衡的12个SNP进行病例对照分析,发现有11个SNP位点的基因型频率和等位基因频率分布存在统计学差异(P0.05),分别是rs2231164、rs34455506、rs34472643、rs2231146、rs12641369、rs2725252、rs3114018、rs2725244、rs3114020、rs10011796和rs55976258。(3)对病例组按甘油三酯(Triglyceride,TG)分层分析,发现痛风患者11个SNP位点的基因型频率和等位基因频率在高TG组和正常TG组间无统计学差异(P0.05)。(4)在四种遗传模型下进行发病风险回归分析,发现在显性模型和隐性模型下12个SNP位点的野生型均可增加痛风的患病风险,纯合突变型均可降低痛风患病风险;在加性模型下,除rs34455506和rs34472643外,其他SNP位点的野生型均可增加痛风患病风险;在共显性模型下以野生型为参照,rs2231164的AA、rs34455506的CT、rs34472643的AG、rs2231146的AG/GG、rs12641369的AG/AA、rs2725252的GT/TT、rs3114018的AC/AA、rs2725244的AG/AA、rs3114020的CT/TT、rs10011796的CT/CC以及rs55976258的CT/TT基因型均可降低痛风的发病风险。(5)LD分析结果表明ABCG2基因的rs34455506和rs34472643、rs2725244和rs3114020之间D'和r~2值均"g0.8,存在强LD关系。(6)由11个SNP(rs2231164、rs34455506、rs34472643、rs2231146、rs12641369、rs2725252、rs3114018、rs2725244、rs3114020、rs10011796和rs55976258)构建的单体型“ACGAAGAATCC”和“ATAGAGAATCT”可增加痛风患病风险。结论本研究建立的ABCG2基因13个SNP位点的PCR-HRM分子诊断方法灵敏度高、特异性好,具有较好的重复性和再现性,可用于临床常规化基因分型。ABCG2基因多态性与中国兰州地区原发性痛风的易感性相关。
【学位授予单位】：兰州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R589.7;R440
【图文】：

诓慰贾捣段纰凇１?3.1 痛风患者临床资料的统计描述3.2 提取基因组 DNA 质量的鉴定用 1%浓度的琼脂糖凝胶电泳对提取的基因组 DNA 进行完整性验证。如图3.1 所示，电泳结果表现为一条背景清晰的单一明亮条带，证明基因组 DNA 的完整性较好。图中“M”指 100-600 bp 的 DNAmarker，从上到下依次为 600、500、400、300、200、100 bp。对所有核酸标本进行浓度和纯度检测，结果 DNA 浓度项目（单位） ±SD 参考值范围性别男（例）女（例）38018——年龄（岁） 43.60±14.10 —FBG (mmol /L) 5.36±1.21 3.60-6.10SUA (μmol /L) 485.69±121.25 0.00-420.00TC (mmol /L) 7.96±4.42 2.30-5.80TG (mmol /L) 2.29±1.59 0.45-1.80LDL-C (mmol /L) 2.72±0.84 1.20-3.30HDL-C (mmol /L) 1.05±0.342 0.70-2.20BUN (mmol /L) 5.34±2.10 1.80-8.00Scr (μmol /L) 88.77±28.49 12.00-133.20白细胞计数( ×109/L) 7.32±2.30 4.00-10.00

图 3.2 13 个 SNP 位点 PCR 产物特异性验证结果3.3.2 PCR-HRM 检测体系的建立在优化后的 PCR-HRM 检测体系下，ABCG2 基因的 13 个 SNP 位点均能准确进行基因分型，如图 3.3 所示。对于 rs34472643 G>A 和 rs3114015 G>C，根据

3个SNP位点PCR-HRM分型图

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本文编号：2774368