SLC2A9、SLC22A12、SLC17A1和GCKR基因多态性分子诊断技术的建立与应用
发布时间：2020-10-23 23:21
目的建立SLC2A9(rs3733591、rs3733589、rs1014290、rs3756231、rs2276961)、SLC22A12(rs7932775、rs559946)、SLC17A1(rs1183201)和GCKR(rs780093、rs780094、rs6744393)基因的11个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点的常规化快速分子诊断技术,并验证其在兰州地区汉族人群中的痛风易感性。方法通过在线引物设计软件Primer-BLAST设计上述11个SNP位点的PCR扩增引物,建立其聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)-高分辨熔解(high resolution melting,HRM)检测体系,并用Sanger直接测序法验证该体系。然后对398例临床痛风标本进行11个SNP位点的基因分型,以NCBI库中千人基因组计划的中国北京汉族(Han Chinese in Beijing,CHB)和中国南方汉族(Southern Han Chinese,CHS)人群共211例为对照组,进行病例对照研究,验证其在兰州地区汉族人群中的痛风易感性。结果(1)自建的PCR-HRM检测方法经测序验证,能准确基因分型11个SNP位点。(2)病例对照研究统计学结果显示:1)痛风易感性分析:11个SNP中有5个位点,即rs3733591、rs3733589、rs1014290、rs3756231和rs7932775,其基因型频率和等位基因频率在痛风组和对照组间存在统计学差异(P0.05)。2)痛风患病风险的二元Logestic回归分析:(1)rs3733591:与野生TT基因型相比,纯合突变CC基因型增加痛风发病风险;在显性(CC+CT vs TT)和隐性(CC vs TT+CT)遗传模型下,痛风发病风险均增加。(2)rs3733589:与野生GG基因型相比,纯合突变AA基因型降低发病风险;在显性(AA+AG vs GG)和隐性(AA vs GG+AG)遗传模型下,痛风发病风险均降低。(3)rs1014290:与野生AA基因型相比,纯合突变GG基因型降低痛风发病风险;在隐性遗传模型(GG vs AA+AG)下,痛风发病风险降低。(4)rs3756231:与野生AA基因型相比,纯合突变GG基因型降低痛风发病风险;在隐性遗传模型(GG vs AA+AG)下,痛风发病风险降低。(5)rs7932775:与野生TT基因型相比,纯合突变CC和杂合突变CT基因型均增加痛风发病风险;在显性遗传模型(CC+CT vs TT)下,痛风发病风险增加。3)单倍型分析:(1)SLC2A9基因rs3733591、rs3733589、rs1014290、rs3756231和rs2276961位点组成的单倍型CGAAT和TAAGC增加痛风的患病风险。(2)SLC22A12基因rs7932775和rs55994位点组成的CC单倍型增加痛风发病风险。4)痛风组高甘油三酯(triglyceride,TG)分层分析:发现11个SNP位点的基因型频率和等位基因频率在高TG组和TG正常组间均无统计学差异(P0.05)。结论建立的11个SNP位点的PCR-HRM分子诊断技术准确完成了398例痛风临床标本的基因分型,可用于快速、准确的临床常规化检测;SLC2A9(rs3733591、rs3733589、rs1014290和rs3756231)和SLC22A12(rs7932775)基因与兰州地区汉族人群的痛风易感性相关。
【学位单位】：兰州大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2018
【中图分类】：R589.7;R440
【部分图文】：
痛风是一种多基因遗传病，其发生和发展受环境因素和遗传因素的共同作用，其中遗传因素起重要的作用。早期的研究发现，磷酸核糖焦磷酸合成酶（phosphoribosyl pyrophosphate synthetase 1，PRPS1）和次黄嘌呤/鸟嘌呤磷酸核糖转移酶（hypoxanthine phosphoribosyltransferase 1，HPRT1）等基因稀有单基因突变会影响嘌呤合成代谢，进而引起高尿酸血症和痛风[18]。PRPS1 及 HPRT1 是嘌呤从头合成和补救途径的重要催化酶，其中 PRPS1 超活性和 HPRT1 功能缺失可引起 X 染色体连锁的嘌呤代谢疾病，临床上表现为高尿酸血症和痛风[21]。近年来的多个全基因组关联分析（genome-wide association studies，GWAS）研究[18, 22-25]，确认了近 40 个影响尿酸水平和痛风发生的易感基因位点，共能解释不到 10%的尿酸水平变化。其中一些易感基因在人群中具有人种异质性，如图1-2[18]。这些研究主要集中于编码尿酸转运体的基因，其中 SLC2A9 和 ABCG2 是与高尿酸血症和痛风有关的主要基因，可解释 3-4%的尿酸水平变化，其次是SLC22A12 和 SLC17A1 等其余尿酸转运体基因，与糖类、脂类代谢相关的 GCKR基因也是痛风易感基因。
共能解释不到 10%的尿酸水平变化。其中一些易感基因在人群中具有人种异质性，如图1-2[18]。这些研究主要集中于编码尿酸转运体的基因，其中 SLC2A9 和 ABCG2 是与高尿酸血症和痛风有关的主要基因，可解释 3-4%的尿酸水平变化，其次是SLC22A12 和 SLC17A1 等其余尿酸转运体基因，与糖类、脂类代谢相关的 GCKR基因也是痛风易感基因。图 1-1 尿酸水平的影响因素[18]
SLC2A9、SLC22A12、SLC17A1、和州大学硕士研究生学位论文 基因多态性分子诊断技术的建立与琼脂糖凝胶 100V、15min 电泳，得到了单一、清晰、位置合适的电泳条带泳如图 3-2 所示，其中 rs780093 扩增片段为 83bp，其余 SNP 位点均在 100-间。在电泳图中：M 代表 50bp DNA Marker（从上到下依次为 500bp、40300bp、200bp、150bp、100bp、50bp），1 泳带为 rs7932775 位点 PCR 产物（1292-3 泳带为 rs559946 位点 PCR 产物（118bp）、4-5 泳带为 rs780094 位点 P物（133bp）、6-7 泳带为 rs2276961 位点 PCR 产物（118bp）、8-9 泳带为 rs7位点 PCR 产物（83bp）、10-11 泳带为 rs3733591 位点 PCR 产物（145bp）、泳带为 rs3733589 位点 PCR 产物（154bp）、14 泳带为 rs1183201 位点 PCR（142bp）、15 泳带为 rs1014290 位点 PCR 产物(133bp)、16 泳带为 rs37562点 PCR 产物（106bp)、17 泳带为 rs6744393 位点 PCR 产物（104bp）。
【相似文献】
本文编号：2853686
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【学位年份】：2018
【中图分类】：R589.7;R440
【部分图文】：
痛风是一种多基因遗传病，其发生和发展受环境因素和遗传因素的共同作用，其中遗传因素起重要的作用。早期的研究发现，磷酸核糖焦磷酸合成酶（phosphoribosyl pyrophosphate synthetase 1，PRPS1）和次黄嘌呤/鸟嘌呤磷酸核糖转移酶（hypoxanthine phosphoribosyltransferase 1，HPRT1）等基因稀有单基因突变会影响嘌呤合成代谢，进而引起高尿酸血症和痛风[18]。PRPS1 及 HPRT1 是嘌呤从头合成和补救途径的重要催化酶，其中 PRPS1 超活性和 HPRT1 功能缺失可引起 X 染色体连锁的嘌呤代谢疾病，临床上表现为高尿酸血症和痛风[21]。近年来的多个全基因组关联分析（genome-wide association studies，GWAS）研究[18, 22-25]，确认了近 40 个影响尿酸水平和痛风发生的易感基因位点，共能解释不到 10%的尿酸水平变化。其中一些易感基因在人群中具有人种异质性，如图1-2[18]。这些研究主要集中于编码尿酸转运体的基因，其中 SLC2A9 和 ABCG2 是与高尿酸血症和痛风有关的主要基因，可解释 3-4%的尿酸水平变化，其次是SLC22A12 和 SLC17A1 等其余尿酸转运体基因，与糖类、脂类代谢相关的 GCKR基因也是痛风易感基因。
共能解释不到 10%的尿酸水平变化。其中一些易感基因在人群中具有人种异质性，如图1-2[18]。这些研究主要集中于编码尿酸转运体的基因，其中 SLC2A9 和 ABCG2 是与高尿酸血症和痛风有关的主要基因，可解释 3-4%的尿酸水平变化，其次是SLC22A12 和 SLC17A1 等其余尿酸转运体基因，与糖类、脂类代谢相关的 GCKR基因也是痛风易感基因。图 1-1 尿酸水平的影响因素[18]
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本文编号：2853686
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