经典基因的转录表达与人类大脑皮层体积相关

发布时间：2021-01-18 14:54

　　目的:作为一个常用的脑影像结构指标,大脑皮层体积（cerebral cortical volume,CCV）已被证实与多种行为学及神经精神类疾病存在重要关系。本文旨在探索寻找影响CCV脑区差异性的保守基因模块,并对这些基因模块进行基因集富集分析、细胞类型-特异性表达分析（cell type-specific expression analysis,CSEA）及时间特异性表达分析,深入了解这些基因模块的特点及其影响CCV脑区差异性的可能机制。材料与方法:本研究分为三部分,其中发现部分利用艾伦脑图谱（Allen Human Brain Atlas,AHBA）提供的6名捐献者的脑基因表达数据及脑影像数据。首先根据差异稳定性（differential stability,DS）指标对AHBA提供的20736个基因进行筛选降维,鉴于差异稳定性反映基因的脑区差异性表达模式在人群中的稳定性,且DS高的基因更具有脑组织特异性及脑功能重要性,因此我们仅保留DS位于前50%的基因（10370）。然后利用加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network anal... 

【文章来源】：天津医科大学天津市 211工程院校

【文章页数】：65 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

数据的生成及处理流程

げ隳郧??ME 在 6 个捐献脑之间具有较高的一致性（见图2B）。表 3 则展示每个一致性模块的相应颜色标签以及该模块内的基因数目。鉴于使用 50%筛选高 DS 基因的做法过于武断，我们也选择 40%和 60%的阈值来验证结果的稳定性及可靠性。尽管使用 40%阈值（n = 38）和 60%阈值（n= 55）聚类得出的模块数与使用 50%阈值（n = 43）得出的模块数不相同，但是这些不同阈值聚类得出的模块的基因之间有显著重合（见图 3）。这表明使用WGCNA 对基因进行聚类分析的结果稳定，受 DS 筛选阈值的影响较小。

14图 3 使用不同阈值筛选高 DS 的基因构建模块。使用 40%和 60%的阈值与使用50%阈值构建的模块之间的基因显著重合。图中颜色条代表 Fisher 精确检验的–log (P) ，如果–log (P)＞50，则–log (P)=50。


本文编号：2985143