噬菌体中anti-tracrRNA的预测

发布时间：2021-02-26 01:01

　　自然界中,宿主与寄生生物之间的竞争一直存在。宿主必须不断进化出新的抵抗寄生生物的机制以避免灭绝。反过来,寄生生物会进化出新机制来抵抗这些防御措施。这种生存之战在细菌-噬菌体共同进化动力学中得以体现,其中细菌会进化出先天性免疫系统和适应性免疫的规律成簇间隔短回文重复序列（CRISPR-Cas）系统。CRISPR-Cas防御的特点是利用CRISPR RNA（crRNA）对入侵遗传元件进行序列特异性靶向并降解。与此同时,噬菌体会编码抵抗CRISPR-Cas系统的抗CRISPR蛋白（Acr）来入侵细菌。由于Acr蛋白的独特作用机制,其可以被应用于构建转录抑制系统,以及作为基因编辑的特异性抑制剂来提高基因治疗的安全性。II类型的CRISPR-Cas9系统凭借其高效、快速、简便、高特异性等特点被广泛应用于基因治疗,疾病模型的构建,临床诊断和生物大反应器等。CRISPR-Cas9系统主要包括三个核心组分,其中反式激活crRNA（tracrRNA）具有保守的促进crRNA成熟和间隔序列整合的功能,这对于CRISPR-Cas9系统的功能发挥具有重要作用。目前针对抗CRISPR系统仅鉴定到Acr蛋白,基于... 

【文章来源】：沈阳化工大学辽宁省

【文章页数】：59 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

CRISPR-Cas9系统的示意图

沈阳化工大学硕士学位论文 第三章 结果与讨论第三章 结果与讨论3.1 细菌基因组中 tracrRNA 序列的确定3.1.1 六种细菌基因组的获取我们首先输入 Genbank 号（II-A：酿脓链球菌 M1 476（AP012491.2），变形链球菌 UA159（NC_004350.2）和无害李斯特菌 Clip11262（NC_003212）；II-B：弗朗西斯氏菌 novicida U112（NC_008601.1）；II-C：空肠弯曲杆菌 NCTC 11168（NC_002163.1）和脑膜炎奈瑟球菌 Z2491（NC_003116.1）），保存序列的 fasta 文件或者单击 fasta 来查看序列，具体操作以酿脓链球菌 M1 476 为例（图 3-1）。

学硕士学位论文 第形链球菌UA159GTTGGAATCATTCGAAACAACACAGCAAGTTAAAATAAGGCAGTGATTTAATCCAGTCCGTACACAACTTGAAAAAGTGCGCACCGATTCGGTGCTTT李斯特菌lip11262ATTGTTAGTATTCAAAATAACATAGCAAGTTAAAATAAGGCTTTGTCCGTTCAACTTTTAATTAAGTAGCGCTGTTTCGGCGCTTT西斯氏菌icida U112ATCTAAAATTATAAATGTACCAAATAATTAATGCTCTGTAATCATTTAAAATTTTGAACGGACCTCTGTTTGACACGTCTGAATAACTAAAAA弯曲杆菌TC 11168AAGAAATTTAAAAAGGGACTAAAATAAAGAGTTTGCGGGACTCTGCGGGTACAATCCCCTAAAACCGCTTTT炎奈瑟球菌Z2491ACATATTGTCGCACTGCGAAATGAGAACCGTTGCTACAATAAGGCCGTCTAAGATGTGCCGCAACGCTCTGCCCCTTAAAGCTTCTGCTTTAAGGGGCA


本文编号：3051841