MYO7A和MYO15A基因在云南地区汉族和彝族耳聋人群中的变异和突变谱初探
发布时间：2021-04-09 14:31
目的:耳聋是严重影响人类生活质量、造成残疾的常见感觉神经性疾病。由遗传因素所致的耳聋约占50%左右,但是由于遗传性耳聋异质性较高,且对于外显子数目较多的常见致病耳聋基因如MYO7A和MYO15A基因来说,传统一代测序对此类致聋基因的检测通量低且鉴定致病突变的能力有限,高通量测序技术的出现很好的弥补了传统测序技术的不足。我们对收集到的云南部分地区耳聋人群的样本进行目标区域捕获联合高通量测序,并利用生物信息学对测序结果进行分析和统计,初步对MYO7A和MYO15A基因的变异和突变频谱进行绘制,以期填补云南地区对MYO7A和MYO15A基因的研究空白,并对云南地区遗传性耳聋的防控提供一定的数据参考。方法:对耳聋患者外周血基因组DNA进行目标区域捕获和高通量测序,以124个遗传性耳聋相关致病基因的所有外显子及每个外显子两侧各延伸100bp作为目标区域,利用生物信息学分析,查找MYO7A和MYO15A变异和突变位点,并对出现的位点进行统计分析绘制云南地区耳聋患者MYO7A和MYO15A基因的变异和突变谱。结果:我们共收集了116例云南部分地区耳聋患者的样本,包括汉族43例和彝族73例。43例汉族...
【文章来源】：昆明理工大学云南省
【文章页数】：92 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
a：芯片捕获联合高通量测序实验流程图
台或生物安全柜，并进行紫外消毒。2.3.2 基因组 DNA 样品检测使用 Qubit 荧光计对所提取的样品 DNA 进行定量检测，操作步骤如下：1.打开电源后，在显示屏上选择 Sample，就进入了样品检测的界面。2.在样品槽中插入样品，并按下 Read，测定完成后，结果会显示在屏幕上（测定过程大约需要 3 秒钟）。3.将测完的样品从样品槽中取出，测下一个样品时，插入下一个样品后选择Read Next Sample，即可得到后一样品的浓度。4.重复上述步骤，测定所有样品的浓度并记录。所提取的 DNA 样本总量>0.5ug，OD260/OD280 的比值在 1.6-1.8 之间的 A 类和 B 类样本可以用来建库，建库的 DNA 样本质量标准如图 2.3.2.a。若提取的 DNA浓度和纯度达不到质量标准的样本应重新提取 DNA，符合建库测序要求的 DNA样本放置于冰箱-20℃层保存。
昆明理工大学硕士生毕业论文23图 2.3.3.2.a: 罗氏 NimbleGen 基因芯片目标区域捕获流程图2.3.3.3 库检使用 Qubit 2.0 荧光计对构建好的测序 DNA 文库初步进行定量，测序 DNA文库插入片段大小的检测使用的是安捷伦生物芯片分析系统，若插入片段大小满足预期要求，则使用 qPCR 的方法准确对文库的有效浓度进行定量，这样就强有力的保证了测序文库的质量达到上机测序的要求。2.3.3.4 上机测序上述库检合格的测序 DNA 文库上 Illumina HiSeq 4000 系统测序，测序类型是 PE150 即 Pair end 150 bp，指的是高通量双端测序，每端读长为 150bp。这种小片段文库构建成功后，新一代测序平台以 insert DNA 即插入片段作为直接测序单位,并对每条 insert DNA 的两端同时进行测序，由于 insert DNA 的长度分布和接头序列已知
【参考文献】：
期刊论文
[1]MYO15A基因突变在非综合征型聋中的研究进展[J]. 任晓菲,朱姝,朱宝生,李云龙. 听力学及言语疾病杂志. 2017(04)
[2]常染色体隐性遗传性耳聋[J]. 王秋菊,袁永一. 听力学及言语疾病杂志. 2016(04)
[3]遗传性耳聋的基本概念（1）[J]. 王秋菊,纵亮. 听力学及言语疾病杂志. 2015(06)
[4]云南地区非综合征性聋患儿GJB2、SLC26A4和线粒体DNA12S rRNA基因突变分析[J]. 马静,林垦,高映勤,陈泉东,周丽娟,张铁松. 中国耳鼻咽喉头颈外科. 2015(02)
[5]云南省573名非综合征型聋学生SLC26A4基因IVS7-2A>G和2168 A>G的检测分析[J]. 华映坤,马恒,刘德胜,郑永钦,鲁俊,吕超绍,撒亚莲,严新民. 听力学及言语疾病杂志. 2014(05)
[6]新一代测序技术在遗传性耳聋基因研究及诊断中的应用[J]. 袁慧军,卢宇. 遗传. 2014(11)
[7]目标序列捕获及平行测序在临床耳聋基因诊断中的应用[J]. 苏钰,汤文学,代志瑶,高雪,王国建,黄莎莎,康东洋,林曦,戴朴. 中华耳科学杂志. 2014(01)
[8]云南省白族、彝族遗传性非综合症性耳聋人群GJB2基因突变研究[J]. 余咏梅,焦扬,顾娟,张瀛. 昆明医学院学报. 2010(06)
[9]基因芯片技术在非综合征性耳聋快速基因诊断中的应用研究[J]. 王国建,戴朴,韩东一,李彩霞,张地,韩冰,康东洋,张昕. 中华耳科学杂志. 2008(01)
[10]中国聋病防治现状[J]. 韩东一. 中华耳科学杂志. 2007(04)
博士论文
[1]非综合征型遗传性听力损失家系致病基因定位克隆研究[D]. 袁虎.中国人民解放军军医进修学院 2006
本文编号：3127794
【文章来源】：昆明理工大学云南省
【文章页数】：92 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
a：芯片捕获联合高通量测序实验流程图
台或生物安全柜，并进行紫外消毒。2.3.2 基因组 DNA 样品检测使用 Qubit 荧光计对所提取的样品 DNA 进行定量检测，操作步骤如下：1.打开电源后，在显示屏上选择 Sample，就进入了样品检测的界面。2.在样品槽中插入样品，并按下 Read，测定完成后，结果会显示在屏幕上（测定过程大约需要 3 秒钟）。3.将测完的样品从样品槽中取出，测下一个样品时，插入下一个样品后选择Read Next Sample，即可得到后一样品的浓度。4.重复上述步骤，测定所有样品的浓度并记录。所提取的 DNA 样本总量>0.5ug，OD260/OD280 的比值在 1.6-1.8 之间的 A 类和 B 类样本可以用来建库，建库的 DNA 样本质量标准如图 2.3.2.a。若提取的 DNA浓度和纯度达不到质量标准的样本应重新提取 DNA，符合建库测序要求的 DNA样本放置于冰箱-20℃层保存。
昆明理工大学硕士生毕业论文23图 2.3.3.2.a: 罗氏 NimbleGen 基因芯片目标区域捕获流程图2.3.3.3 库检使用 Qubit 2.0 荧光计对构建好的测序 DNA 文库初步进行定量，测序 DNA文库插入片段大小的检测使用的是安捷伦生物芯片分析系统，若插入片段大小满足预期要求，则使用 qPCR 的方法准确对文库的有效浓度进行定量，这样就强有力的保证了测序文库的质量达到上机测序的要求。2.3.3.4 上机测序上述库检合格的测序 DNA 文库上 Illumina HiSeq 4000 系统测序，测序类型是 PE150 即 Pair end 150 bp，指的是高通量双端测序，每端读长为 150bp。这种小片段文库构建成功后，新一代测序平台以 insert DNA 即插入片段作为直接测序单位,并对每条 insert DNA 的两端同时进行测序，由于 insert DNA 的长度分布和接头序列已知
【参考文献】：
期刊论文
[1]MYO15A基因突变在非综合征型聋中的研究进展[J]. 任晓菲,朱姝,朱宝生,李云龙. 听力学及言语疾病杂志. 2017(04)
[2]常染色体隐性遗传性耳聋[J]. 王秋菊,袁永一. 听力学及言语疾病杂志. 2016(04)
[3]遗传性耳聋的基本概念（1）[J]. 王秋菊,纵亮. 听力学及言语疾病杂志. 2015(06)
[4]云南地区非综合征性聋患儿GJB2、SLC26A4和线粒体DNA12S rRNA基因突变分析[J]. 马静,林垦,高映勤,陈泉东,周丽娟,张铁松. 中国耳鼻咽喉头颈外科. 2015(02)
[5]云南省573名非综合征型聋学生SLC26A4基因IVS7-2A>G和2168 A>G的检测分析[J]. 华映坤,马恒,刘德胜,郑永钦,鲁俊,吕超绍,撒亚莲,严新民. 听力学及言语疾病杂志. 2014(05)
[6]新一代测序技术在遗传性耳聋基因研究及诊断中的应用[J]. 袁慧军,卢宇. 遗传. 2014(11)
[7]目标序列捕获及平行测序在临床耳聋基因诊断中的应用[J]. 苏钰,汤文学,代志瑶,高雪,王国建,黄莎莎,康东洋,林曦,戴朴. 中华耳科学杂志. 2014(01)
[8]云南省白族、彝族遗传性非综合症性耳聋人群GJB2基因突变研究[J]. 余咏梅,焦扬,顾娟,张瀛. 昆明医学院学报. 2010(06)
[9]基因芯片技术在非综合征性耳聋快速基因诊断中的应用研究[J]. 王国建,戴朴,韩东一,李彩霞,张地,韩冰,康东洋,张昕. 中华耳科学杂志. 2008(01)
[10]中国聋病防治现状[J]. 韩东一. 中华耳科学杂志. 2007(04)
博士论文
[1]非综合征型遗传性听力损失家系致病基因定位克隆研究[D]. 袁虎.中国人民解放军军医进修学院 2006
本文编号：3127794
本文链接：https://www.wllwen.com/linchuangyixuelunwen/3127794.html
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