一种心源性猝死相关基因重测序研究方法的建立
发布时间：2021-04-15 08:10
目前,心源性猝死的临床检测方法主要是对家族史、个人史进行筛查,同时进行体格及心电图检查及超声心动图等检查,但存在检出率低,针对性不强等缺点。近年来,心源性猝死相关基因研究成果使心源性猝死基因筛查成为可能,因此通过早期基因筛查来规避心源性猝死发生显得尤为重要。本研究的目的是建立基因重测序技术,并利用该技术对心源性猝死相关遗传病进行基因突变筛查。利用Agilent SureSelect目标基因捕获技术,设计88个基因的1727个外显子区域特异性探针,通过与基因组DNA文库进行杂交,将目标基因组区域的DNA片段进行富集,然后通过Illumina MiniSeq测序仪对其进行测序,以生物信息分析为研究手段发现目标基因中存在的突变,根据ACMG规则对变异位点进行临床意义分类,确定致病突变和疑似致病突变位点,并通过Sanger测序法对突变位点进行验证。本研究设计合成的目标基因特异性捕获探针可有效地捕获并富集基因组DNA的目标靶片段,通过梯度筛选测序深度,确定最佳测序深度为200×左右。本研究以4名心率失常患者和一个房颤家系中的8名家族成员为研究对象,利用本研究建立的基因重测序技术从12名受检者中检...
【文章来源】：华南理工大学广东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：68 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２－１生物信息分析流程图??Ｆｉｇｕｒｅ?２－１?Ｆｌｏｗ?ｃｈａｒｔ?ｏｆ?ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ?ａｎａｌｙｓｉｓ??２０??
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图：３－ｌａ＞。我们从得分最贏的２０个ｃｌｕｓｔｅｒ中，每个ｃｌｕｓｔｅｒ选择ｐ植邏小的十个最佳ｔｅｒｍ，??■后连接与Ｋａｐｐａ相似度高于０．３的ｔｅｒｍ。点代表ｃｌｕｓｔｅｒ的ｉｄ，点之间的连线越宽，相似性??越高（见图３＿ｌｂ）??■?ＭＣＯＤＥ１?严、＾??■?ＭＣＯＤＥ２?赢??ＩＩ?＾??ａ）?ｂ）??图３－２蛋白相互作用网络分析??Ｔａｂｌｅ?３－２?Ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ｐｒｏｔｅｉｎ?ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ?ｎｅｔｗｏｒｋ??对于猝死芯片基因列表，我们从ＢｉｏＧｒｉｄ数据库提取蛋白质物理间相互作用关系，连??接相互作用的蛋白形成蛋白质互作网络，见图３－２ａ？在ＰＰＩ网络中连接的蛋白质，可能通??过相互作用来执行各种相关的生命过程，包括生物信号传递、墓因表达调节、能量和物??质代谢及细胞周期调控等。紧密连接的三个蛋白小网络在图３－２ｂ突出显示，导致同一??类型疾病的基因间往往紧密连接，ＭＣＯＤ１子网络包含心肌病相关的基因，ＭＣＯＤＥ２小??网络包含长ＱＴ综合征相关的大部分基囡，ＭＣＯＤＥ３小网络包含致心律失常性右心室心??肌病的相关基因＿。??３．１．２实验流程的建立??我们建髮—套从基因组ＤＮＡ提取到上机测序的实验流程，用于对心源性猝死相关核??心基因区域进行测序。首先从全血提取ＤＮＡ
【参考文献】：
期刊论文
[1]住院患者心源性猝死发生的影响因素研究[J]. 张宇. 心血管康复医学杂志. 2017(03)
[2]遗传变异分类标准与指南[J]. 王秋菊,沈亦平,邬玲仟,陈少科,陈子江,方向东,傅松滨,龚瑶琴,黄国英,黄国宁,黄荷凤,黄山,郝晓柯,冀小平,李红,梁波,廖灿,乔杰,苏海翔,魏军,王磊,王树玉,王晓红,邢清和,徐湘民,袁慧军,杨正林,周从容,周文浩,曾勇,张学军,黄涛生,郑茜,秦胜营,于世辉,关静,王洪阳,王大勇,赵立东,王慧君,孔令印,宣黎明,冒燕,祝轶君,徐君玲,王剑青,王莉,赵婷,秦一丁,夏滢颖,樊丽霞,赵丁丁,邱浩,贺林. 中国科学:生命科学. 2017(06)
[3]SCN5A基因L812Q突变体细胞模型的建立与细胞定位[J]. 倪磊,许德晖,刘利英,王爱英,汪鲁敏. 山西医科大学学报. 2016(07)
[4]马方综合征分子遗传学研究进展[J]. 李宝珠,舒晓蓉,陈仁华,王景峰. 中国当代医药. 2016(12)
[5]短QT综合征诊断与治疗[J]. 洪葵. 中国实用内科杂志. 2013(01)
[6]遗传性心律失常的用药策略[J]. 王福军,罗亚雄. 江苏实用心电学杂志. 2012(04)
[7]致心律失常性右室心肌病的临床诊断特点[J]. 黄军章,符春晖. 中国临床新医学. 2012(07)
[8]致心律失常性右室心肌病[J]. 卢慧玲. 实用儿科临床杂志. 2011(13)
[9]遗传性心律失常的研究进展[J]. 杨新春. 中国继续医学教育. 2010(05)
[10]不同基因及突变类型对长QT综合征临床表型的影响[J]. 李翠兰. 心血管病学进展. 2010(01)
硕士论文
[1]KCNE2功能获得性突变与家族性房颤的关系[D]. 夏敏.同济大学 2005
本文编号：3138963
【文章来源】：华南理工大学广东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：68 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２－１生物信息分析流程图??Ｆｉｇｕｒｅ?２－１?Ｆｌｏｗ?ｃｈａｒｔ?ｏｆ?ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ?ａｎａｌｙｓｉｓ??２０??
?第三犟结果与分析???第三章结果与分析??３．１方法学建立??３．１．１核心基因的收集和捕获芯片设计??使用ＨＧＭＤ数据库和ＮＩＨ的Ｇｅｎｅｔｉｃｓ?Ｈｏｍｅ?Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ数据库查找心源性猝死相关遗??传性心血管病的主要致病基囡，收集８８个关键基因整理成与基因对应的猝死相关疾病，??见表３－１。采用Ａｇｉｌｅｎｔ?ＳｕｒｅＳｅｌｅｃｔ捕获技术对８８个基因的Ｉ７２７个无簠叠的外显子区域，??共设计了?２００９条捕获探针形成捕获芯片，目标区域大小为３３４６４４ｂｐ。??Ｉ?，?．?！??Ｇ０：００６００４８：心肌Ｈ媒??
图：３－ｌａ＞。我们从得分最贏的２０个ｃｌｕｓｔｅｒ中，每个ｃｌｕｓｔｅｒ选择ｐ植邏小的十个最佳ｔｅｒｍ，??■后连接与Ｋａｐｐａ相似度高于０．３的ｔｅｒｍ。点代表ｃｌｕｓｔｅｒ的ｉｄ，点之间的连线越宽，相似性??越高（见图３＿ｌｂ）??■?ＭＣＯＤＥ１?严、＾??■?ＭＣＯＤＥ２?赢??ＩＩ?＾??ａ）?ｂ）??图３－２蛋白相互作用网络分析??Ｔａｂｌｅ?３－２?Ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ｐｒｏｔｅｉｎ?ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ?ｎｅｔｗｏｒｋ??对于猝死芯片基因列表，我们从ＢｉｏＧｒｉｄ数据库提取蛋白质物理间相互作用关系，连??接相互作用的蛋白形成蛋白质互作网络，见图３－２ａ？在ＰＰＩ网络中连接的蛋白质，可能通??过相互作用来执行各种相关的生命过程，包括生物信号传递、墓因表达调节、能量和物??质代谢及细胞周期调控等。紧密连接的三个蛋白小网络在图３－２ｂ突出显示，导致同一??类型疾病的基因间往往紧密连接，ＭＣＯＤ１子网络包含心肌病相关的基因，ＭＣＯＤＥ２小??网络包含长ＱＴ综合征相关的大部分基囡，ＭＣＯＤＥ３小网络包含致心律失常性右心室心??肌病的相关基因＿。??３．１．２实验流程的建立??我们建髮—套从基因组ＤＮＡ提取到上机测序的实验流程，用于对心源性猝死相关核??心基因区域进行测序。首先从全血提取ＤＮＡ
【参考文献】：
期刊论文
[1]住院患者心源性猝死发生的影响因素研究[J]. 张宇. 心血管康复医学杂志. 2017(03)
[2]遗传变异分类标准与指南[J]. 王秋菊,沈亦平,邬玲仟,陈少科,陈子江,方向东,傅松滨,龚瑶琴,黄国英,黄国宁,黄荷凤,黄山,郝晓柯,冀小平,李红,梁波,廖灿,乔杰,苏海翔,魏军,王磊,王树玉,王晓红,邢清和,徐湘民,袁慧军,杨正林,周从容,周文浩,曾勇,张学军,黄涛生,郑茜,秦胜营,于世辉,关静,王洪阳,王大勇,赵立东,王慧君,孔令印,宣黎明,冒燕,祝轶君,徐君玲,王剑青,王莉,赵婷,秦一丁,夏滢颖,樊丽霞,赵丁丁,邱浩,贺林. 中国科学:生命科学. 2017(06)
[3]SCN5A基因L812Q突变体细胞模型的建立与细胞定位[J]. 倪磊,许德晖,刘利英,王爱英,汪鲁敏. 山西医科大学学报. 2016(07)
[4]马方综合征分子遗传学研究进展[J]. 李宝珠,舒晓蓉,陈仁华,王景峰. 中国当代医药. 2016(12)
[5]短QT综合征诊断与治疗[J]. 洪葵. 中国实用内科杂志. 2013(01)
[6]遗传性心律失常的用药策略[J]. 王福军,罗亚雄. 江苏实用心电学杂志. 2012(04)
[7]致心律失常性右室心肌病的临床诊断特点[J]. 黄军章,符春晖. 中国临床新医学. 2012(07)
[8]致心律失常性右室心肌病[J]. 卢慧玲. 实用儿科临床杂志. 2011(13)
[9]遗传性心律失常的研究进展[J]. 杨新春. 中国继续医学教育. 2010(05)
[10]不同基因及突变类型对长QT综合征临床表型的影响[J]. 李翠兰. 心血管病学进展. 2010(01)
硕士论文
[1]KCNE2功能获得性突变与家族性房颤的关系[D]. 夏敏.同济大学 2005
本文编号：3138963
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