HLA基因家族型别推断的新方法与银屑病相关型别鉴定

发布时间：2021-10-20 17:18

　　MHC是主要组织相容性复合体,其编码的分子参与抗原呈递、制约细胞间相互识别以及诱导免疫反应,人类的MHC通常称为HLA基因。银屑病是一种免疫介导的遗传性皮肤疾病,患病周期较长,容易复发,有些病人可能终生不会痊愈。该病症的主要发病人群为青壮年,而且患病之后对于患者的身体健康和精神状况影响比较大。由于HLA的型别可以遗传,因此可以通过对HLA的研究来判断银屑病的相关基因型。Sanger测序技术对HLA基因家族分型是目前最准确、解析度最高的方法,但是测序成本过高、且通量很低;与此相比,基于区域捕获的二代测序可以实现其高通量分型,再结合适当的生物信息学分析和统计学算法可以实现其精确分型,是一种理想的技术手段,但是此技术对统计方法要求很高,不同方法的推断速度和准确性差异很大。本实验通过开发一种基于二代测序技术的HLA分型新算法,利用测序read深度及一种迭代算法依次对两条同源染色体上的单倍型准确分型。利用国际千人组基因计划中随机抽取的100个人的Sanger测序HLA分型的结果作为“金标准”,判断新方法的准确性,并与polysolver软件比较。结果表明,新算法可以对HLA区域的基因进行较为准确... 

【文章来源】：黑龙江八一农垦大学黑龙江省

【文章页数】：58 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
英文缩写表
摘要
Abstract
1.文献综述
    1.1 .HLA简介
    1.2 .HLA分型技术
        1.2.1 .利用生物学实验进行分型
        1.2.2 .基于PCR结合Sanger测序技术的分型
        1.2.3 .基于二代测序技术的分型
        1.2.4 .各种分型方法的比较
    1.3 .银屑病与HLA
        1.3.1 .银屑病介绍
        1.3.2 .HLA与银屑病的关系
    1.4 .研究的目的及意义
2.材料与方法
    2.1 .材料
        2.1.1 .实验所用数据
        2.1.2 .实验设备
        2.1.3 .调试及运行环境配置
    2.2 .实验方法
        2.2.1 .实验数据处理
        2.2.2 .Polysolver软件算法分析
        2.2.3 .数据库构建
        2.2.4 .序列比对及构建关系矩阵
        2.2.5 .分型算法构建
    2.3 .算法实现
    2.4 .算法优化及测试
    2.5 .技术路线
3.结果与分析
    3.1 .新算法介绍
    3.2 .使用代码实现新算法
        3.2.1 .数据库构建
        3.2.2 .初步提取HLA数据
        3.2.3 .与严格过滤序列比对
        3.2.4 .精确比对
        3.2.5 .生成关系矩阵
        3.2.6 .迭代算法主体部分
    3.3 .各算法分型结果比较
        3.3.1 .Polysolver分型
        3.3.2 .优化算法分型
        3.3.3 .新算法确定
    3.4 .新算法测试
        3.4.1 .HLA-A测试结果比较分析
        3.4.2 .HLA-B测试结果比较分析
        3.4.3 .HLA-C测试结果比较分析
        3.4.4 .小结
4.讨论
5.结论
参考文献
致谢
个人简历


【参考文献】：
期刊论文
[1]寻常型银屑病疾病活动与相关因子的相关性研究[J]. 王立红.  中国继续医学教育. 2018(04)
[2]郭艳幸平衡理论在银屑病性关节炎防治中的应用[J]. 王敬威,王振亚,高山,朱小磊,孙乾坤.  中国中医骨伤科杂志. 2018(01)
[3]基于二代测序技术的HLA基因分型进展[J]. 邹森,洪坤学.  检验医学与临床. 2017(01)
[4]一种新的HLA分型方法的介绍[J]. 张瑞丽,杜国栋,杨玉梅,李一佳.  生物医学工程与临床. 2017(01)
[5]中医药对银屑病T细胞相关免疫学作用机制的研究进展[J]. 梅沉成,李玲玲,张云璧,霍春波,曾亚军,张润田,陈广山.  中华中医药杂志. 2016(10)
[6]人类白细胞抗原与银屑病相关性研究进展[J]. 唐利利,范星,杨森.  国际皮肤性病学杂志. 2016 (03)
[7]新疆地区银屑病伴发代谢综合征的患病率调查[J]. 冯燕艳,刘俊伶,普雄明.  中国麻风皮肤病杂志. 2016(03)
[8]NGS在HLA基因分型中的应用[J]. 邹义洲,郭靖.  中国输血杂志. 2015(10)
[9]银屑病的流行病学与危险因素[J]. 张建中.  实用医院临床杂志. 2013(01)
[10]红皮病型银屑病120例临床分析[J]. 姚树兰,朱红,刘梅,孙玉鲁,杨振海,何春涤.  中国皮肤性病学杂志. 2011(10)

博士论文
[1]HLA-Ⅱ基因多态性与兰州地区幽门螺杆菌感染关联研究及Meta分析[D]. 王竞秋.甘肃农业大学 2015

硕士论文
[1]寻常型银屑病及关节型银屑病患者红细胞分布宽度的变化及意义[D]. 姜莹.吉林大学 2017
[2]无线体域网中基于人体移动性的链路可靠性分析[D]. 崔健.北京邮电大学 2016
[3]HLA-A33分子的体外表达及鉴定[D]. 王健.山东农业大学 2011



本文编号：3447298