我国部分地区孢子丝菌群体遗传学分析及分子诊断
发布时间：2022-02-08 20:21
背景:孢子丝菌复合体是全球分布的双相真菌,主要包含6个亲缘种,其中球形孢子丝菌、申克孢子丝菌以及巴西孢子丝菌为主要的临床致病菌。不同的种在地域分布、致病力、传播途径等方面均存在一定的差异。孢子丝菌通过侵袭皮肤、皮下组织及附近淋巴系统,导致人类和其他动物的慢性感染,引起孢子丝菌病,其临床表现多样,严重程度不一。孢子丝菌病的临床诊断主要通过真菌培养及组织病理学检查。目前,一些基于核酸扩增技术的分子生物学方法逐渐应用于孢子丝菌病的诊断,但仍存在耗时长、灵敏度低、操作复杂等缺点。研究表明,孢子丝菌病的发病率逐年上升,引起众多研究学者的关注。我国东北地区是孢子丝菌病的高发地区,几乎全部由球形孢子丝菌引起。球形孢子丝菌遗传差异小,常规方法难以进行种内区分,其群体遗传结构尚未阐明。为了解析我国球形孢子丝菌的遗传多态性,弥补孢子丝菌临床快速诊断方面的不足,本研究拟采用具有高分辨能力的微卫星长度多态性分型技术对我国球形孢子丝菌群体遗传结构进行分析,并建立孢子丝菌实时荧光PCR检测方法,希望为孢子丝菌流行病学监控及快速诊断提供有力的工具。方法:1、球形孢子丝菌群体遗传学分析（1）收集来自中国不同地区的球形...
【文章来源】：吉林大学吉林省211工程院校985工程院校教育部直属院校
【文章页数】：104 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
PubMed中检索“孢子丝菌”及“孢子丝菌病”每年发表文献数量与孢子丝菌历史中的重要发现
1.1.1 孢子丝菌孢子丝菌在环境中腐生或者培养温度为 25℃时，表现为菌丝相，由 1-2μ的分隔菌丝组成，分生孢子梗从菌丝侧呈锐角长出。顶端分生孢子成簇分布，呈花朵样，孢子或围绕菌丝排列，称“套袖状菌丝”[11]。暗色的分生孢子是区分病性孢子丝菌与其他非致病性的孢子丝菌的依据[9]。在燕麦培养基或马铃薯葡萄糖琼脂培养基上，菌落初期为丝状且光滑，随后出现褶皱，初为白色或奶油色[12几天后变成棕色或黑色，或开始即形成暗色菌落[13]。孢子丝菌在人、动物组织内，或在 35℃营养丰富的培养基中，可以形成出芽酵母细胞，圆或者椭圆形，直径通常 2-6μm，窄端可延伸，形成雪茄样出芽细胞。酵母相菌落表面光滑，呈黄褐色或奶油色[14]。孢子丝菌在 35~37°C 下，生长明显受到抑制，40℃时所有菌株都不生长[6]。孢子丝菌可以利用葡萄糖、果糖、甘露糖和纤维二糖[15-16]，蔗糖，阿拉伯糖，棉子糖和核糖醇的利用存在一定的种变异性[6,15]。不同的生长温度以及糖同化情况是鉴别不同种孢子丝菌的依据（图 1.2）[6]。
孢子丝菌基因分型及群体遗传结构的研究仍有很多未知之处。尤其是对不同菌株在地域分布、致病力、临床表型等方面的差异形成的原因，尚未能进行较好的阐述。微卫星长度多态性分型（microsatellite length polymorphism，MLP）作为具有较高分辨率的分子分型方法，广泛应用于念珠菌属、曲霉属以及多种地方性真菌病病原菌的鉴定[108]。微卫星标记（Microsatellite），也称为短串联重复序列（short tandem DNArepeats，STRs）或简单重复序列（simple sequence repeats，SSR），广泛分布在真核生物基因组中。位于非编码区的 STRs，由于受到适应性压力较小，具有较高的可变性，因此更有利于基因分型。不同的 STRs 重复次数可达 5-50 次不等，而不同的重复单元产生了片段大小长度不等的等位基因。用标记引物进行 PCR 后，根据毛细管电泳的迁移率计算扩增产物的大小。由于STRs 比 SNPs 具有更高的突变性及不稳定性，与 MLST 相比，MLP 具有更高的多态性以及分辨力（图 1.3）[109-112]。因此，将 MLP 应用于孢子丝菌基因分型及遗传多样性的研究，可能会有新的发现。
【参考文献】：
期刊论文
[1]实时荧光定量PCR技术的理论研究及其医学应用[J]. 刘小荣,张笠,王勇平. 中国组织工程研究与临床康复. 2010(02)
[2]申克孢子丝菌基因差异、致病力与孢子丝菌病临床型别的关系[J]. 孔祥明,林俊萍,王雅坤,陈洪铎. 中华皮肤科杂志. 2005(06)
[3]Characterization of Sporothrix schenckii by random amplification of polymorphic DNA assay[J]. 刘晓明,廉翠红,金礼吉,安利佳,杨国玲,林熙然. Chinese Medical Journal. 2003(02)
[4]申克孢子丝菌随机扩增DNA多态性研究[J]. 廉翠红,金礼吉,刘晓明,安利佳,杨国玲,林熙然. 中华皮肤科杂志. 2001(05)
[5]申克孢子丝菌的随机扩增DNA指纹分型[J]. 涂可正,曹煜,温海,喻茂娟,姚志荣,李志刚,柴建华,廖万清. 贵阳医学院学报. 2001(03)
[6]黑龙江省肇东地区孢子丝菌病流行病学调查[J]. 李鹤玉,宋军,张岩,芦玉娟,赵晓洋,闫哈一,谢珍珍,杨敬源,韩志丽,韦南,苏克刚,杨恭慧. 中华皮肤科杂志. 1995(06)
博士论文
[1]中国不同地区球形孢子丝菌临床分离株的扩增片段长度多态性分析及表型特征研究[D]. 赵莉佩.吉林大学 2017
硕士论文
[1]新疆申克孢子丝菌PCR-RAPD基因分型研究[D]. 张萍.新疆医科大学 2010
[2]吉林省孢子丝菌病流行病学调查分析[D]. 包宝龙.吉林大学 2008
[3]利用核糖体基因进行孢子丝菌种内分型及一株播散型孢子丝菌的基因鉴定[D]. 张振颖.大连医科大学 2005
本文编号：3615687
【文章来源】：吉林大学吉林省211工程院校985工程院校教育部直属院校
【文章页数】：104 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
PubMed中检索“孢子丝菌”及“孢子丝菌病”每年发表文献数量与孢子丝菌历史中的重要发现
1.1.1 孢子丝菌孢子丝菌在环境中腐生或者培养温度为 25℃时，表现为菌丝相，由 1-2μ的分隔菌丝组成，分生孢子梗从菌丝侧呈锐角长出。顶端分生孢子成簇分布，呈花朵样，孢子或围绕菌丝排列，称“套袖状菌丝”[11]。暗色的分生孢子是区分病性孢子丝菌与其他非致病性的孢子丝菌的依据[9]。在燕麦培养基或马铃薯葡萄糖琼脂培养基上，菌落初期为丝状且光滑，随后出现褶皱，初为白色或奶油色[12几天后变成棕色或黑色，或开始即形成暗色菌落[13]。孢子丝菌在人、动物组织内，或在 35℃营养丰富的培养基中，可以形成出芽酵母细胞，圆或者椭圆形，直径通常 2-6μm，窄端可延伸，形成雪茄样出芽细胞。酵母相菌落表面光滑，呈黄褐色或奶油色[14]。孢子丝菌在 35~37°C 下，生长明显受到抑制，40℃时所有菌株都不生长[6]。孢子丝菌可以利用葡萄糖、果糖、甘露糖和纤维二糖[15-16]，蔗糖，阿拉伯糖，棉子糖和核糖醇的利用存在一定的种变异性[6,15]。不同的生长温度以及糖同化情况是鉴别不同种孢子丝菌的依据（图 1.2）[6]。
孢子丝菌基因分型及群体遗传结构的研究仍有很多未知之处。尤其是对不同菌株在地域分布、致病力、临床表型等方面的差异形成的原因，尚未能进行较好的阐述。微卫星长度多态性分型（microsatellite length polymorphism，MLP）作为具有较高分辨率的分子分型方法，广泛应用于念珠菌属、曲霉属以及多种地方性真菌病病原菌的鉴定[108]。微卫星标记（Microsatellite），也称为短串联重复序列（short tandem DNArepeats，STRs）或简单重复序列（simple sequence repeats，SSR），广泛分布在真核生物基因组中。位于非编码区的 STRs，由于受到适应性压力较小，具有较高的可变性，因此更有利于基因分型。不同的 STRs 重复次数可达 5-50 次不等，而不同的重复单元产生了片段大小长度不等的等位基因。用标记引物进行 PCR 后，根据毛细管电泳的迁移率计算扩增产物的大小。由于STRs 比 SNPs 具有更高的突变性及不稳定性，与 MLST 相比，MLP 具有更高的多态性以及分辨力（图 1.3）[109-112]。因此，将 MLP 应用于孢子丝菌基因分型及遗传多样性的研究，可能会有新的发现。
【参考文献】：
期刊论文
[1]实时荧光定量PCR技术的理论研究及其医学应用[J]. 刘小荣,张笠,王勇平. 中国组织工程研究与临床康复. 2010(02)
[2]申克孢子丝菌基因差异、致病力与孢子丝菌病临床型别的关系[J]. 孔祥明,林俊萍,王雅坤,陈洪铎. 中华皮肤科杂志. 2005(06)
[3]Characterization of Sporothrix schenckii by random amplification of polymorphic DNA assay[J]. 刘晓明,廉翠红,金礼吉,安利佳,杨国玲,林熙然. Chinese Medical Journal. 2003(02)
[4]申克孢子丝菌随机扩增DNA多态性研究[J]. 廉翠红,金礼吉,刘晓明,安利佳,杨国玲,林熙然. 中华皮肤科杂志. 2001(05)
[5]申克孢子丝菌的随机扩增DNA指纹分型[J]. 涂可正,曹煜,温海,喻茂娟,姚志荣,李志刚,柴建华,廖万清. 贵阳医学院学报. 2001(03)
[6]黑龙江省肇东地区孢子丝菌病流行病学调查[J]. 李鹤玉,宋军,张岩,芦玉娟,赵晓洋,闫哈一,谢珍珍,杨敬源,韩志丽,韦南,苏克刚,杨恭慧. 中华皮肤科杂志. 1995(06)
博士论文
[1]中国不同地区球形孢子丝菌临床分离株的扩增片段长度多态性分析及表型特征研究[D]. 赵莉佩.吉林大学 2017
硕士论文
[1]新疆申克孢子丝菌PCR-RAPD基因分型研究[D]. 张萍.新疆医科大学 2010
[2]吉林省孢子丝菌病流行病学调查分析[D]. 包宝龙.吉林大学 2008
[3]利用核糖体基因进行孢子丝菌种内分型及一株播散型孢子丝菌的基因鉴定[D]. 张振颖.大连医科大学 2005
本文编号：3615687
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