高通量测序技术在非小细胞肺癌基因检测中的应用研究

发布时间：2023-02-10 18:17

　　原发性肺癌是我国发病率及死亡率增长最快的恶性肿瘤之一,在男性患病率高居恶性肿瘤第一位,女性中排名的第二位。肺癌发病率最为常见的是非小细胞肺腺癌,部分基因的突变会导致肺癌的产生,如在部分患者中能检测到EGFR、BRAF、KARS等等基因发生突变。在现阶段临床可通过定量即时聚合酶链锁反应(Quantitative real time polymerase chain reaction,Q-PCR)、非放射性原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization,Fish)、多重引物PCR(multiplex PCR)等方式对患者进行相关位点的基因突变检测,这些技术存在一次只能检测一个基因或检测成本高等问题。二代高通量测序方法(Next Generation Sequence,NGS),可有效的实现不同基因和不同药物作用位点的一次性检出。本实验室设计了一个含284个肺癌相关基因的探针,用于临床肺癌样本基因组DNA经过酶切打断后获得DNA文库的杂交捕获测序,进行非小细胞肺癌基因突变的临床检测。在本研究存在4个优点:1)建库起始量降低至100ng;2)使用酶切建库发替...

【文章页数】：88 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
第一章 绪论
    1.1 非小细胞肺癌现状
        1.1.1 非小细胞肺癌现状
        1.1.2 非小细胞肺癌的机制与靶向药物
        1.1.3 非小细胞肺癌的诊断方法
    1.2 技术介绍
        1.2.1 第一代测序技术
        1.2.2 第二代测序技术
        1.2.3 第三代测序技术
        1.2.4 Arms-PCR检测技术介绍
        1.2.5 IHC检测技术介绍
    1.3 研究目的和意义
第二章 材料与方法
    2.1 研究材料及试剂设备
        2.1.1 试剂
        2.1.2 主要设备
        2.1.3 实验样本
    2.2 实验方法
        2.2.1 临床FFPE样本的DNA及RNA提取
        2.2.2 NGS文库构建、测序及分析
        2.2.3 数据处理及分析
        2.2.4 Sanger测序测序验证
        2.2.5 ArmsPCR荧光法检测
        2.2.6 ALK融合基因检测
第三章 结果与分析
    3.1 肺癌探针设计及性能检测
        3.1.1 肺癌探针设计
        3.1.2 YH细胞系对探针进行准确性及稳定性评价
        3.1.3 BGISEQ-500与HISEQ-4000平台检测比较
        3.1.4 建库方法灵敏度检测
    3.2 NGS在肺癌FFPE临床样本的检测
        3.2.1 实验
        3.2.2 测序
        3.2.3 分析
        3.2.4 临床用药突变基因的验证
        3.2.5 变异检测
第四章 讨论与总结
    4.1 技术的优缺点
    4.2 总结与展望
参考文献
攻读硕士学位期间取得的研究成果
致谢
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本文编号：3739672