灰飞虱及扶桑绵粉蚧lncRNA预测及其差异表达分析

发布时间:2021-03-11 06:51
  长链非编码 RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)是一类长度大于 200 nt的非编码RNA,具有重要的调控作用。近年来,从转录组数据中发现lncRNA的计算流程日趋成熟,越来越多的1ncRNA被发现和鉴定。本研究采用前期建立的生物信息学分析流程,根据1ncRNA特点,分别以灰飞虱(Laoddelphax striatellusFallen)及扶桑绵粉蚧(Phenacoccus solenopsis Tinsley)基因组为参考,预测得到灰飞虱和扶桑绵粉蚧的lncRNA基因;分析了两种昆虫的lncRNA基因的特点,比较了其在不同组织中的表达情况;利用实时荧光定量PCR对灰飞虱带毒和不带毒样本进行了差异表达验证。主要研究结果如下:1.LncRNA的挖掘以及在灰飞虱带毒组织中的表达分析实验共采用38个灰飞虱转录组,其中包括实验室之前测定并报道的4个灰飞虱转录组和从NCBISRA数据库下载的34个灰飞虱转录组,包括感染与未感染水稻条纹病毒(rice stripe virus,RSV)的不同灰飞虱组织、感染与未感染沃尔巴克氏体的灰飞虱、不同温度处理的样本。据lncRNA... 

【文章来源】:浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】:58 页

【学位级别】:硕士

【部分图文】:

灰飞虱及扶桑绵粉蚧lncRNA预测及其差异表达分析


图2.1灰飞虱IneRNA特征分析??Figure?2.1?The?characters?of?IncRNAs?in?SBPH??(A)每个IneRNA、蛋白编码基因的转录本对应的外显子数量;(B)lncRNA、??

灰飞虱,聚类分析,检测结果


'z?Z'、Z??图2.2未感染和感染病毒灰飞虱组织的IncKNA表达聚类分析??Figure?2.2.?Cluster?analysis?of?IncRNA?expression?in?viruliferous?and?non-??viruliferous?

质量分布图,测序,错误率,样品


?300??Position?along?reads??图3.2样品RRA89062测序错误率分布图??Figure?3.2?Sample?RRA89062?sequencing?error?rate?distribution??25??

【参考文献】:
期刊论文
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[4]昆虫长链非编码RNA的研究进展[J]. 肖花美,李美珍,李飞.  应用昆虫学报. 2017 (01)
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[8]中国水稻条纹叶枯病研究进展[J]. 周益军,李硕,程兆榜,周彤,范永坚.  江苏农业学报. 2012(05)
[9]扶桑绵粉蚧部分行为学的初步研究[J]. 魏婷,刘慧,欧高财,肖铁光,黄玲,陈常铭.  作物研究. 2010(04)
[10]实时荧光定量PCR的发展和数据分析[J]. 纪冬,辛绍杰.  生物技术通讯. 2009(04)

博士论文
[1]五种昆虫非编码RNA基因发现及miR-14的功能研究[D]. 肖花美.南京农业大学 2015

硕士论文
[1]扶桑绵粉蚧脂质合成相关基因的特性和功能研究[D]. 李晓龙.浙江农林大学 2016



本文编号:3076050

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