侵染新疆阿克苏枣树的枣黄化斑驳相关病毒分子特性及RT-PCR检测
发布时间：2021-04-08 14:31
枣树是新疆阿克苏地区的重要经济林木果树,近些年,在该地区枣园中发现大量枣树表现类似病毒病的花叶和斑驳症状,为明确引起该病害的病原病毒种类,本研究采用小RNA（s RNA）和RNA深度测序技术与常规RT-PCR扩增技术相结合,从新疆阿克苏地区收集的发病枣树样品中鉴定到一种Emaravirus属病毒,即枣黄化斑驳相关病毒（jujube yellow mottle-associated virus,JYMa V）,分析了该病毒的分子特性,并建立了该病毒的RT-PCR检测技术,研究结果对深入了解该病毒分子特性及枣病毒病防控具有指导意义。具体结果如下:1.采用s RNA测序及RT-PCR扩增产物测序获得了来源于一株灰枣的病毒分离物JYMa V-HZ基因组序列,包含6条负义单链RNA,RNA1-6大小分别7060nt、2221 nt、1228nt、1493 nt、1241 nt和941 nt,每条RNA的互补链包含一个开放阅读框（ORF）。与已报道的该病毒分离物JYMa V-SY编码蛋白相似性为91.2-97.3%。RNA-seq测序从样品AKS-6和AKS-15分别获得了该病毒的RNA 1-5及...
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：74 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
EMARaV基因组结构及编码蛋白（SusannevonBargenetal.,2019）
侵染新疆阿克苏枣树的枣黄化斑驳相关病毒分子特性及RT-PCR检测11ABCB图2.1：用于sRNA和RNA测序枣叶片症状特点A.sRNA测序灰枣样品（编号：HZ）症状图；B.RNA-seq测序酸枣植株（编号：AKS-6）症状图；C.RNA-seq测序骏枣植株（编号：AKS-15）症状图Fig.2.1SymptomsonleavesofjujubesamplesusedforsRNA-andRNA-seqanalyzesA.Huizaoleaves(ID:HZ)usedforsRNAsequencing;B.Suanzaoleaves(ID:AKS-6)usedforRNA-seqsequencing;C.Junzaoleaves(ID:AKS-15)usedforRNA-seqsequencing2.2研究方法2.2.1小RNA测序以及RNA-seq测序及数据分析sRNA的cDNA文库的生成和测序及RNA-seq测序都是由百迈客公司BiomarkerBiologyTechnologyLtd.Company（Beijing,China）进行。小RNA深度测序首先要获得和纯化宿主总RNA，并检测RNA样品的纯度、浓度和完整性，检测合格后分别在smallRNA（sRNA)5’和3’端连接RNA接头，利用反转录酶合成相应sRNA的cDNA，PCR扩增，利用PAGE胶电泳筛选目标片段，切胶回收得到的片段即为将sRNA文库。文库构建完成后对文库的浓度进CAB
侵染新疆阿克苏枣树的枣黄化斑驳相关病毒分子特性及RT-PCR检测19Bbpbp接序列所匹配到RLBV的RNA1链位点（图2.2A），设计了6对特异引物（表2.1），用于对JYMaV-HZ基因组RNA1链分片段扩增（图2.2B）。用SeqMan软件将扩增到的片段拼接成完整的RNA1链，RNA大小为7160bp。图2.2sRNA测序从样品HZ中获得的contig在JYMaV基因组RNA1上的分布和所设引物对应位点（A）及RT-PCR扩增产物电泳图（B）Fig.2.2ThedistributionofcontigobtainedfromsRNAsequencingsampleHZonJYMaVgenomicRNA1andthecorrespondingsitesofprimers(A)andagarosegelelectrophoresisoftheRT-PCRofthefragmentinRNA1(B)bpbpbpAbp
【参考文献】：
期刊论文
[1]布尼亚病毒目新分类概述[J]. 唐霜,沈姝,史君明,方耀辉,王华林,胡志红,邓菲. 生物多样性. 2018(09)
[2]枣锈病的防治办法[J]. 庄丽娟. 现代园艺. 2016(17)
[3]利用深度测序技术发掘植物病毒资源[J]. 钱亚娟,徐毅,周琦,周雪平. 中国科学:生命科学. 2014(04)
[4]云南水稻条纹病毒RNA3的分子变异及遗传多样性分析[J]. 龙亚芹,王万东,李凡,杨文娟,陈海如. 西南农业学报. 2011(02)
[5]枣锈病发生原因及防治技术[J]. 姚锐君. 山西林业. 2010(02)
[6]枣缩果病的发生与防治[J]. 张连英. 河北林业. 2005(06)
[7]枣疯病研究进展及防治措施[J]. 潘青华. 北京农业科学. 2002(03)
[8]枣树“三大病害”的防治技术[J]. 刘书晓. 中国农村小康科技. 2001(06)
本文编号：3125732
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：74 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
EMARaV基因组结构及编码蛋白（SusannevonBargenetal.,2019）
侵染新疆阿克苏枣树的枣黄化斑驳相关病毒分子特性及RT-PCR检测11ABCB图2.1：用于sRNA和RNA测序枣叶片症状特点A.sRNA测序灰枣样品（编号：HZ）症状图；B.RNA-seq测序酸枣植株（编号：AKS-6）症状图；C.RNA-seq测序骏枣植株（编号：AKS-15）症状图Fig.2.1SymptomsonleavesofjujubesamplesusedforsRNA-andRNA-seqanalyzesA.Huizaoleaves(ID:HZ)usedforsRNAsequencing;B.Suanzaoleaves(ID:AKS-6)usedforRNA-seqsequencing;C.Junzaoleaves(ID:AKS-15)usedforRNA-seqsequencing2.2研究方法2.2.1小RNA测序以及RNA-seq测序及数据分析sRNA的cDNA文库的生成和测序及RNA-seq测序都是由百迈客公司BiomarkerBiologyTechnologyLtd.Company（Beijing,China）进行。小RNA深度测序首先要获得和纯化宿主总RNA，并检测RNA样品的纯度、浓度和完整性，检测合格后分别在smallRNA（sRNA)5’和3’端连接RNA接头，利用反转录酶合成相应sRNA的cDNA，PCR扩增，利用PAGE胶电泳筛选目标片段，切胶回收得到的片段即为将sRNA文库。文库构建完成后对文库的浓度进CAB
侵染新疆阿克苏枣树的枣黄化斑驳相关病毒分子特性及RT-PCR检测19Bbpbp接序列所匹配到RLBV的RNA1链位点（图2.2A），设计了6对特异引物（表2.1），用于对JYMaV-HZ基因组RNA1链分片段扩增（图2.2B）。用SeqMan软件将扩增到的片段拼接成完整的RNA1链，RNA大小为7160bp。图2.2sRNA测序从样品HZ中获得的contig在JYMaV基因组RNA1上的分布和所设引物对应位点（A）及RT-PCR扩增产物电泳图（B）Fig.2.2ThedistributionofcontigobtainedfromsRNAsequencingsampleHZonJYMaVgenomicRNA1andthecorrespondingsitesofprimers(A)andagarosegelelectrophoresisoftheRT-PCRofthefragmentinRNA1(B)bpbpbpAbp
【参考文献】：
期刊论文
[1]布尼亚病毒目新分类概述[J]. 唐霜,沈姝,史君明,方耀辉,王华林,胡志红,邓菲. 生物多样性. 2018(09)
[2]枣锈病的防治办法[J]. 庄丽娟. 现代园艺. 2016(17)
[3]利用深度测序技术发掘植物病毒资源[J]. 钱亚娟,徐毅,周琦,周雪平. 中国科学:生命科学. 2014(04)
[4]云南水稻条纹病毒RNA3的分子变异及遗传多样性分析[J]. 龙亚芹,王万东,李凡,杨文娟,陈海如. 西南农业学报. 2011(02)
[5]枣锈病发生原因及防治技术[J]. 姚锐君. 山西林业. 2010(02)
[6]枣缩果病的发生与防治[J]. 张连英. 河北林业. 2005(06)
[7]枣疯病研究进展及防治措施[J]. 潘青华. 北京农业科学. 2002(03)
[8]枣树“三大病害”的防治技术[J]. 刘书晓. 中国农村小康科技. 2001(06)
本文编号：3125732
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