棉花大丽轮枝菌和向日葵大丽轮枝菌受两种寄主诱导后的转录组分析
发布时间：2022-05-06 20:32
大丽轮枝菌（Verticillium dahliae）是一种土壤传播的植物病原真菌,通过根部侵染宿主维管束组织引发植物黄萎病。由于该病原菌具有寄主广泛、变异频繁、传播途径多样、存活时间长久的特点,常规防治方法很难对其进行有效防治,因此迫切需要对大丽轮枝菌与寄主互作的分子机制进行深入研究。本研究利用RNA-seq测序技术对棉花大丽轮枝菌和向日葵大丽轮枝菌分别受棉花和向日葵根系诱导后的基因表达情况进行分析,筛选2个大丽轮枝菌受两种寄主诱导后的差异表达基因,为解析大丽轮枝菌与寄主互作的分子机制奠定基础。1.将察氏液体培养基培养72h的棉花大丽轮枝菌和向日葵大丽轮枝菌,经转录组测序、比对分析,结果表明,583个基因只在棉花大丽轮枝菌特异表达,724个基因只在向日葵大丽轮枝菌特异表达。在察氏液体培养基中添加棉花根系诱导培养72h棉花大丽轮枝菌,与不被诱导的棉花大丽轮枝菌相比,得到了42个差异表达基因（pvalue<0.05）,其中20个基因为上调表达,22个基因为下调表达;其中6个差异表达基因表达水平差异显著（padj<0.05）。在察氏液体培养基中添加向日葵根系诱导培养72h向日葵...
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
缩略表
第一章 文献综述
1.1 棉花黄萎病及其病原真菌大丽轮枝菌概况
1.1.1 棉花黄萎病概况
1.1.2 病原真菌大丽轮枝菌生物学性状及侵染方式
1.2 大丽轮枝菌致病机制研究进展
1.2.1 机械障碍学说
1.2.2 毒素学说
1.3 大丽轮枝菌功能基因研究进展
1.4 转录组学研究进展
1.4.1 转录组学技术手段与应用
1.4.2 大丽轮枝菌转录组学研究进展
1.5 本研究的目的及意义
第二章 材料方法
2.1 供试菌株及寄主材料
2.2 使用试剂及培养基的配置
2.3 供试菌株培养方法
2.4 寄主根系的培养方法
2.5 获得两种寄主根部组织分别诱导后的大丽轮枝菌
2.6 总RNA样品的制备
2.7 Total RNA质量检测与定量
2.8 两种大丽轮枝菌cDNA文库的构建及测序
2.9 RNA-seq原始序列数据获得
2.10 RNA-seq测序原始数据错误率检查
2.11 测序原始数据过滤
2.12 Reads比对拼接
2.13 基因表达量统计
2.14 基于RNA-seq测序的整体质量评估
2.15 差异表达基因分析筛选
2.16 转录组成对比较筛选特异表达基因
2.17 差异表达基因GO及KEGG注释分析
第三章 结果分析
3.1 测序原始数据质量控制
3.2 参考序列比对分析
3.3 Reads在参考基因组上的分布
3.4 基因表达水平分析
3.5 棉花大丽轮枝菌和向日葵大丽轮枝菌差异表达基因分析
3.5.1 察氏液体培养基培养的棉花大丽轮枝菌和向日葵大丽轮枝菌转录组分析
3.5.2 棉花根系诱导的棉花大丽轮枝菌差异表达基因分析
3.5.3 向日葵根系诱导的向日葵大丽轮枝菌差异表达基因分析
3.6 棉花根系分别诱导两个大丽轮枝菌的转录组分析
3.7 向日葵根系分别诱导两个大丽轮枝菌的转录组分析
3.8 两种寄主根系分别诱导向日葵大丽轮枝菌的转录组分析
3.9 两种寄主根系分别诱导棉花大丽轮枝菌的转录组分析
3.10 讨论
第四章 全文小结
参考文献
附录1常用试剂及培养基的配置
致谢
作者简介
导师评阅表
【参考文献】：
期刊论文
[1]棉花黄萎病抗性机制与抗病育种研究进展[J]. 李亚栋,何近刚. 河北农业科学. 2011(02)
[2]棉花黄萎病研究进展浅述[J]. 杨华,蔡立旺,潘群斌,陈建平,施庆华,张萼,王海洋,陈丽萌,杨明凤,霍金泉. 江西棉花. 2006(06)
[3]土壤环境因素对棉花黄萎病菌微菌核存活的影响[J]. 杨家荣,商鸿生,高立强. 植物病理学报. 2004(02)
[4]棉花黄萎病防治策略[J]. 简桂良,卢美光,仇家山,王凤行,张洪成. 中国植保导刊. 2004(04)
[5]棉花黄萎病生物防治研究进展[J]. 马平. 河北农业科学. 2003(03)
[6]棉花黄萎病菌致萎峰蛋白氨基酸组分及其有关生化特性分析[J]. 陈旭升,陈永萱,黄骏麒. 江苏农业学报. 2000(01)
[7]苜蓿黄萎病菌与轮枝孢属近似种的比较研究[J]. 商鸿生,杨家荣,赵小明. 草业学报. 1998(04)
[8]棉花黄萎病菌株VD8外泌毒蛋白的生化特性[J]. 陈旭升,陈永萱,黄骏麒. 江苏农业学报. 1998(02)
[9]棉花黄萎病菌的研究及最新进展[J]. 刘学堂,宋晓轩,郭金城. 棉花学报. 1998(01)
[10]植物病原真菌毒素的研究现状[J]. 章元寿. 真菌学报. 1991(03)
博士论文
[1]福建桉树焦枯病菌鉴定及其诱导下桉树转录组和蛋白组学研究[D]. 陈全助.福建农林大学 2013
[2]番茄与白粉菌互作的细胞学和转录组学分析[D]. 李成伟.中国农业科学院 2007
硕士论文
[1]七种农林植物黄萎病病原鉴定及其交互感染试验[D]. 岳永亮.石河子大学 2015
本文编号：3651166
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
缩略表
第一章 文献综述
1.1 棉花黄萎病及其病原真菌大丽轮枝菌概况
1.1.1 棉花黄萎病概况
1.1.2 病原真菌大丽轮枝菌生物学性状及侵染方式
1.2 大丽轮枝菌致病机制研究进展
1.2.1 机械障碍学说
1.2.2 毒素学说
1.3 大丽轮枝菌功能基因研究进展
1.4 转录组学研究进展
1.4.1 转录组学技术手段与应用
1.4.2 大丽轮枝菌转录组学研究进展
1.5 本研究的目的及意义
第二章 材料方法
2.1 供试菌株及寄主材料
2.2 使用试剂及培养基的配置
2.3 供试菌株培养方法
2.4 寄主根系的培养方法
2.5 获得两种寄主根部组织分别诱导后的大丽轮枝菌
2.6 总RNA样品的制备
2.7 Total RNA质量检测与定量
2.8 两种大丽轮枝菌cDNA文库的构建及测序
2.9 RNA-seq原始序列数据获得
2.10 RNA-seq测序原始数据错误率检查
2.11 测序原始数据过滤
2.12 Reads比对拼接
2.13 基因表达量统计
2.14 基于RNA-seq测序的整体质量评估
2.15 差异表达基因分析筛选
2.16 转录组成对比较筛选特异表达基因
2.17 差异表达基因GO及KEGG注释分析
第三章 结果分析
3.1 测序原始数据质量控制
3.2 参考序列比对分析
3.3 Reads在参考基因组上的分布
3.4 基因表达水平分析
3.5 棉花大丽轮枝菌和向日葵大丽轮枝菌差异表达基因分析
3.5.1 察氏液体培养基培养的棉花大丽轮枝菌和向日葵大丽轮枝菌转录组分析
3.5.2 棉花根系诱导的棉花大丽轮枝菌差异表达基因分析
3.5.3 向日葵根系诱导的向日葵大丽轮枝菌差异表达基因分析
3.6 棉花根系分别诱导两个大丽轮枝菌的转录组分析
3.7 向日葵根系分别诱导两个大丽轮枝菌的转录组分析
3.8 两种寄主根系分别诱导向日葵大丽轮枝菌的转录组分析
3.9 两种寄主根系分别诱导棉花大丽轮枝菌的转录组分析
3.10 讨论
第四章 全文小结
参考文献
附录1常用试剂及培养基的配置
致谢
作者简介
导师评阅表
【参考文献】：
期刊论文
[1]棉花黄萎病抗性机制与抗病育种研究进展[J]. 李亚栋,何近刚. 河北农业科学. 2011(02)
[2]棉花黄萎病研究进展浅述[J]. 杨华,蔡立旺,潘群斌,陈建平,施庆华,张萼,王海洋,陈丽萌,杨明凤,霍金泉. 江西棉花. 2006(06)
[3]土壤环境因素对棉花黄萎病菌微菌核存活的影响[J]. 杨家荣,商鸿生,高立强. 植物病理学报. 2004(02)
[4]棉花黄萎病防治策略[J]. 简桂良,卢美光,仇家山,王凤行,张洪成. 中国植保导刊. 2004(04)
[5]棉花黄萎病生物防治研究进展[J]. 马平. 河北农业科学. 2003(03)
[6]棉花黄萎病菌致萎峰蛋白氨基酸组分及其有关生化特性分析[J]. 陈旭升,陈永萱,黄骏麒. 江苏农业学报. 2000(01)
[7]苜蓿黄萎病菌与轮枝孢属近似种的比较研究[J]. 商鸿生,杨家荣,赵小明. 草业学报. 1998(04)
[8]棉花黄萎病菌株VD8外泌毒蛋白的生化特性[J]. 陈旭升,陈永萱,黄骏麒. 江苏农业学报. 1998(02)
[9]棉花黄萎病菌的研究及最新进展[J]. 刘学堂,宋晓轩,郭金城. 棉花学报. 1998(01)
[10]植物病原真菌毒素的研究现状[J]. 章元寿. 真菌学报. 1991(03)
博士论文
[1]福建桉树焦枯病菌鉴定及其诱导下桉树转录组和蛋白组学研究[D]. 陈全助.福建农林大学 2013
[2]番茄与白粉菌互作的细胞学和转录组学分析[D]. 李成伟.中国农业科学院 2007
硕士论文
[1]七种农林植物黄萎病病原鉴定及其交互感染试验[D]. 岳永亮.石河子大学 2015
本文编号：3651166
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/dzwbhlw/3651166.html
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