甘薯基因组NBS-LRR类抗病家族基因挖掘与分析

发布时间：2022-07-15 17:09

　　NBS-LRR类基因家族是植物抗病R基因（Resistance gene）数量最多的一类,具有NBS （Nucleotide-binding site）和LRR （Leucine-leucine-repeat）结构域。甘薯（Ipomoea batatas）栽培种基因组已完成测序,但尚未注释,本研究对甘薯基因组序列进行外显子预测,得到甘薯染色体组全基因组蛋白序列,在此基础上进一步对NBS-LRR家族基因鉴定和分析表明,甘薯基因组中含有379个NBS-LRR家族基因,占全基因组基因总数的0.212%,其中N型亚家族120个,NL型103个, CNL型133个, TNL型22个, PN型1个。所有染色体上均有NBS-LRR家族基因分布,但数量明显不同,其中有60.9%的NBS-LRR基因序列呈簇状分布。NBS-LRR基因序列有15个保守结构域,在N端较为保守。研究结果为甘薯进一步开展NBS-LRR家族基因的功能研究和抗性育种提供了参考。 

【文章页数】：13 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 甘薯全基因组序列
    1.2 snap基因注释
    1.3 含NB-ARC结构域基因预测
    1.4 NBS关联的保守结构域分析分类
    1.5 甘薯NBS-LRR基因染色体定位
    1.6 甘薯CNL、TNL、RPW8亚家族motif分析
    1.7 甘薯CNL、TNL、RPW8亚家族进化树构建
2 结果与分析
    2.1 甘薯基因组中含有NB-ARC结构域的基因鉴别及其分类
    2.2 甘薯NBS-LRR家族基因在染色体上的分布
    2.3 甘薯NBS-LRR家族基因CNL、TNL亚家族motif分析
    2.4 CNL、TNL亚家族NB-ARC结构域保守性分析
    2.5 甘薯CNL、TNL、RPW8亚家族系统进化树分析
3 讨论
4 结论


【参考文献】：
期刊论文
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博士论文
[1]棉花抗黄萎病基因筛选及NBS-LRR类抗病基因GbaNA1功能研究[D]. 李楠洋.中国农业科学院 2017



本文编号：3662485