福建地区草莓病毒的分子检测和SPaV全基因组序列的获得

发布时间：2022-12-22 00:58

　　草莓是经济价值较高的浆果作物。目前我国是世界上草莓栽培面积最大、产量最高的国家。我国草莓病毒病发生普遍,生产上亦无有效的防治方法,草莓病毒病的发生严重影响了我国草莓产业的发展。福建省各地均有草莓种植,但对于草莓病毒病的种类、地理分布及发病程度尚缺乏全面系统的研究,为此,我们选取了 4种在我国发生较为广泛且危害严重的草莓病毒（SMoV、SMYEV、SVBV和SCV）以及在我国尚未报道的5种病毒（SPaV、SCrV-3、SCrV-4、BPYV和SPV1）作为研究对象,利用RT-PCR和高通量测序技术检测各病毒在福建省草莓主栽区的发生情况,结果表明,在待测草莓样品中共检出 SMoV、SMYEV、SVBV、SPaV、SCrV-3、SCrV-4 共 6 种病毒,SMoV的检出率为19.3%（18/93）,其中检出SMoV的样品分别来自福州、漳州、三明和南平,各地检出率分别为福州69.2%（9/13）、漳州 40%（4/10）、三明 20%（2/10）和南平 30%（3/10）。SMYEV的检出率为3.2%（3/93）,其中检出SMYEV的样品来自宁德,SMYEV在宁德的检出率为15%（3/20）... 

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【学位级别】：硕士

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摘要
ABSTRACT
第一章 前言
    1 草莓病毒病
        1.1 草莓病毒病的地理分布
        1.2 草莓病毒病的危害和症状
        1.3 主要的草莓病毒
        1.4 国内草莓病毒主要种类特性的研究现状
            1.4.1 草莓轻型黄边病毒(SMYEV)
            1.4.2 草莓皱缩病毒(SCV)
            1.4.3 草莓镶脉病毒(SVBV)
            1.4.4 草莓斑驳病毒(SMoV)
        1.5 非国内草莓病毒主要种类特性的研究现状
            1.5.1 草莓轻型黄边伴随病毒(SMYEaV)
            1.5.2 草莓潜隐环斑病毒(SLRSV)
        1.6 五种国内尚未报道的草莓病毒
    2 草莓病毒病的检测方法
        2.1 指示植物检测
        2.2 血清学检测法
        2.3 分子生物学检测法
    3 高通量测序技术
        3.1 高通量测序技术原理
            3.1.1 Solexa测序技术
            3.1.2 SOLiD测序技术
            3.1.3 454测序技术
        3.2 高通量技术的应用
            3.2.1 高通量技术在DNA甲基化分析的应用
            3.2.2 高通量技术在DNA水平上的应用
            3.2.3 高通量技术在基因和转录组表达调控的应用
            3.2.4 高通量技术在植物病毒检测上的应用
    4 草莓病毒病的防控方法
        4.1 选育抗性草莓品种
        4.2 培育无病毒苗木
        4.3 应用转基因技术获得抗病毒植株
    5 本项目的目的和意义
第二章 三种病毒(SCrV-3、SCrV-4和SPaV)在我国的首次报道和SPaV全基因组序列测定
    1 材料和方法
        1.1 材料
            1.1.1 供试植物
            1.1.2 供试菌株及载体
            1.1.3 主要仪器和试剂
        1.2 方法
            1.2.1 草莓病叶样本总RNA的提取
            1.2.2 反转录和各基因cDNA第一条链的合成
            1.2.3 病毒基因片段的PCR扩增
            1.2.4 PCR反应产物的电泳检测
            1.2.5 PCR产物的回收
            1.2.6 胶回收产物与克隆载体的连接
            1.2.7 连接产物的转化
            1.2.8 筛选阳性克隆
            1.2.9 Small RNA提取
            1.2.10 NGS数据分析
            1.2.11 RT-PCR和RACE获取目的病毒基因组全序列
            1.2.12 数据分析
    2 结果与分析
        2.1 SCrV-3和SCrV-4在我国的首次报道
        2.2 SPaV在我国的首次报道
        2.3 SPaV的全基因组序列
    3 讨论
第三章 草莓病毒病在福建省的发生和分布情况
    1 材料和方法
        1.1 材料
        1.2 方法
            1.2.1 总RNA提取
            1.2.2 RT-PCR检测和各基因cDNA第一条链的合成
            1.2.3 克隆及测序分析
    2 结果与分析
        2.1 福建地区九种草莓病毒的PCR检测
        2.2 福建省九种草莓病毒的发生和地理分布
        2.3 草莓病毒病的复合侵染和田间症状
    3 讨论
第四章 全文总结与展望
参考文献
附录：已发表或接受的文章
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]高通量测序技术在鉴定木本植物双生病毒中的应用[J]. 马宇欣,李世访.  植物保护. 2016(06)
[2]利用深度测序技术发掘植物病毒资源[J]. 钱亚娟,徐毅,周琦,周雪平.  中国科学:生命科学. 2014(04)
[3]四种草莓病毒SMoV、SVBV、SCV、SMYEV多重RT-PCR检测[J]. 朱海生,花秀凤,陈敏氡,温庆放.  核农学报. 2013(11)
[4]优质多抗草莓新品种——‘通生1号’的选育[J]. 顾地周,朱俊义,夏广清,冯颖,姜云天.  果树学报. 2013(03)
[5]高通量测序技术及其应用[J]. 王兴春,杨致荣,王敏,李玮,李生才.  中国生物工程杂志. 2012(01)
[6]下一代测序技术:技术回顾与展望[J]. 周晓光,任鲁风,李运涛,张猛,俞育德,于军.  中国科学:生命科学. 2010(01)
[7]结合内标的RT-PCR技术检测草莓轻型黄边病毒（SMYEV）[J]. 蔡斌华,张计育,黄海,李国平,李金凤,高志红,章镇.  江苏农业学报. 2009(06)
[8]生物技术在草莓生产中的应用现状及发展方向[J]. 吴永杰,李玉生,赵艳华,吴雅琴,程和禾.  河北农业科学. 2009(08)
[9]草莓镶脉病毒研究进展[J]. 肖敏,张志宏.  辽宁农业科学. 2005(04)
[10]草莓病毒病研究现状、脱毒技术及病毒鉴定研究进展[J]. 马崇坚.  韶关学院学报(自然科学版). 2004(12)

硕士论文
[1]栉孔扇贝（Chlamys farreri）性别分化相关基因的筛选以及两个相关基因的表达分析[D]. 秦贞奎.中国海洋大学 2011



本文编号：3723112