油茶中两种新病毒的基因克隆及分子特性分析
发布时间：2023-04-19 06:03
油茶Camellia oleifera C.Abel,属于山茶科(Theaceae),山茶属(Camellia),是南方主要的经济树种之一,近年来,随着政府的大力扶持,油茶产业逐渐发展起来,但是油茶产量由于受到天气,季节和病害,虫害等原因,导致结果率低,产量差,制约着油茶产业的发展。目前对油茶的病害研究多集中细菌病害和真菌病害,对油茶病毒病害的研究较少。为此,本研究采用二代转录组测序的方法,对江西省萍乡市芦溪县部分油茶样本进行了研究,测序结果进行生物信息学分析后,结合分子生物学和传统生物学方法对样本中的病毒序列进行验证、鉴定与检测,主要内容如下:(1)分别于2017年10月,2018年3月及2018年6月不同时间段采集江西省萍乡市芦溪县不同品种的油茶树的叶片,品种为赣无2号,长林3号,长林4号,长林40号。叶片的症状为褪绿、黄化、坏死、枯斑、无症状等。选取2018年6月采集的其中15个不同的油茶叶片样品分成3组编号为COX1、COX2、COX3后,每大组有5个小样本等量混合并研磨成粉末,送公司进行转录组测序,测序结果利用...
【文章页数】：93 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
abstract
符号说明
第一章 前言
1
1.1 木本植物病毒病害及病毒检测概况
1.2 二代测序技术在检测木本植物病毒的应用
1.3 油茶及病毒病害发生特点
1.4 Deltapartivirus病毒生物学和分子特性
1.4.1 分类地位
1.4.2 生物学特征
1.4.3 基因组结构
1.5 双生病毒科的生物学和分子特性
1.5.1 分类地位
1.5.2 生物学特征
1.5.3 基因组结构
2 研究意义
3 研究技术路线
第二章 油茶转录组测序
2.1 实验材料
2.1.1 采摘时间
2.1.2 采摘地点
2.1.3 实验试剂及仪器
2.2 实验方法
2.2.1 总核酸的提取
2.2.2 高通量测序
2.3 实验结果
2.3.1 样本症状
2.3.2 油茶总RNA提取结果
2.3.3 生物信息学分析
2.4 讨论
2.5 小结
第三章 油茶Deltapartivirus病毒基因组全序列克隆及分析
3.1 实验材料
3.1.1 采样时间 详见 2.1.1
3.1.2 采样地点 详见 2.1.2
3.1.3 实验主要仪器
3.1.4 实验主要试剂
3.1.5 实验主要分析软件
3.2 实验方法
3.2.1 油茶叶片总RNA的提取
3.2.2 RT-PCR扩增
3.2.3 PCR产物纯化
3.2.4 制备大肠杆菌感受态
3.2.5 连接,转化,测序
3.2.6 5’RACE
3.2.7 3’RACE
3.2.8 油茶Deltapartivirus序列比对及系统发育树构建
3.2.9 田间筛查
3.2.10 指示植物测定
3.3 结果与分析
3.3.1 油茶总核酸提取结果
3.3.2 油茶Deltapartivirus病毒全序列扩增
3.3.3 油茶Deltapartivirus病毒的基因组结构
3.3.4 油茶Deltapartivirus病毒的系统进化分析
3.3.5 油茶Deltapartivirus田间筛查
3.3.6 指示植物检测
3.4 讨论
3.5 小结
第四章 油茶双生病毒基因组全序列克隆及分子特性分析
4.1 实验材料
4.1.1 实验试剂及仪器
4.2 实验方法
4.2.1 油茶总核酸的提取
4.2.2 引物设计
4.2.3 PCR产物纯化
4.2.4 连接,转化
4.2.5 阳性质粒鉴定与测序
4.2.6 田间筛查
4.2.7 指示植物检测和种子传毒检测
4.3 结果与分析
4.3.1 油茶总核酸提取结果
4.3.2 油茶双生病毒全序列扩增
4.3.3 油茶双生病毒开放阅读框分析
4.3.4 油茶双生病毒的系统发育分析
4.3.5 油茶双生病毒田间筛查
4.3.6 油茶双生病毒指示植物检测和种子传毒检测
4.4 讨论
4.5 小结
第五章 创新点及展望
5.1 创新点
5.2 展望
参考文献
致谢
硕士阶段科研成果
附表
常用试剂配方
本文编号：3793867
【文章页数】：93 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
abstract
符号说明
第一章 前言
1
1.1 木本植物病毒病害及病毒检测概况
1.2 二代测序技术在检测木本植物病毒的应用
1.3 油茶及病毒病害发生特点
1.4 Deltapartivirus病毒生物学和分子特性
1.4.1 分类地位
1.4.2 生物学特征
1.4.3 基因组结构
1.5 双生病毒科的生物学和分子特性
1.5.1 分类地位
1.5.2 生物学特征
1.5.3 基因组结构
2 研究意义
3 研究技术路线
第二章 油茶转录组测序
2.1 实验材料
2.1.1 采摘时间
2.1.2 采摘地点
2.1.3 实验试剂及仪器
2.2 实验方法
2.2.1 总核酸的提取
2.2.2 高通量测序
2.3 实验结果
2.3.1 样本症状
2.3.2 油茶总RNA提取结果
2.3.3 生物信息学分析
2.4 讨论
2.5 小结
第三章 油茶Deltapartivirus病毒基因组全序列克隆及分析
3.1 实验材料
3.1.1 采样时间 详见 2.1.1
3.1.2 采样地点 详见 2.1.2
3.1.3 实验主要仪器
3.1.4 实验主要试剂
3.1.5 实验主要分析软件
3.2 实验方法
3.2.1 油茶叶片总RNA的提取
3.2.2 RT-PCR扩增
3.2.3 PCR产物纯化
3.2.4 制备大肠杆菌感受态
3.2.5 连接,转化,测序
3.2.6 5’RACE
3.2.7 3’RACE
3.2.8 油茶Deltapartivirus序列比对及系统发育树构建
3.2.9 田间筛查
3.2.10 指示植物测定
3.3 结果与分析
3.3.1 油茶总核酸提取结果
3.3.2 油茶Deltapartivirus病毒全序列扩增
3.3.3 油茶Deltapartivirus病毒的基因组结构
3.3.4 油茶Deltapartivirus病毒的系统进化分析
3.3.5 油茶Deltapartivirus田间筛查
3.3.6 指示植物检测
3.4 讨论
3.5 小结
第四章 油茶双生病毒基因组全序列克隆及分子特性分析
4.1 实验材料
4.1.1 实验试剂及仪器
4.2 实验方法
4.2.1 油茶总核酸的提取
4.2.2 引物设计
4.2.3 PCR产物纯化
4.2.4 连接,转化
4.2.5 阳性质粒鉴定与测序
4.2.6 田间筛查
4.2.7 指示植物检测和种子传毒检测
4.3 结果与分析
4.3.1 油茶总核酸提取结果
4.3.2 油茶双生病毒全序列扩增
4.3.3 油茶双生病毒开放阅读框分析
4.3.4 油茶双生病毒的系统发育分析
4.3.5 油茶双生病毒田间筛查
4.3.6 油茶双生病毒指示植物检测和种子传毒检测
4.4 讨论
4.5 小结
第五章 创新点及展望
5.1 创新点
5.2 展望
参考文献
致谢
硕士阶段科研成果
附表
常用试剂配方
本文编号：3793867
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