高浓度CO 2 环境下番茄应答TMV侵染的转录组分析

发布时间：2023-08-01 20:06

　　CO2是植物进行光合作用必不可少的底物,目前大气CO2浓度逐渐升高,必定会对植物的生长产生影响,而对植物病害发生的影响研究甚少。因此,为明确高浓度CO2对病害发生程度以及对植物与病原物互作的影响,本研究以番茄为供试材料,调查了普通环境和高浓度CO2环境下病害的发生情况,在此基础上对发生严重的病害进行了转录组分析,结果如下:1、CO2浓度升高不仅会加强植株的生长,而且对番茄叶霉病、番茄灰霉病、番茄早疫病、番茄花叶病毒病的发病率及病情指数都有所改善,而对番茄枯萎病的发病情况无明显变化。并且在相同的生长环境中,番茄花叶病毒病较其他病害发生较重。2、进行了普通环境下正常植株(Cl、C2、C3)、普通环境下接种TMV植株(T1、T2、T3)高浓度CO2环境下正常植株(CC1、CC2、CC3)高浓度C02环境下接种TMV植株(TC1、TC2、TC3)12个样品的转录组测序分析,共获得84.92Gb Clean Data,各样品Clean Data均达到6.73Gb,Q30碱基百分比在91.37%及以上。分别将各样品的Clean Reads与指定的参考基因组进行序列比对,比对效率从85.79%到94...

【文章页数】：62 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
第一章 绪论
    1.1 研究背景
    1.2 高浓度CO₂对植物的影响
        1.2.1 高浓度CO₂对植物生长的影响
        1.2.2 高浓度CO₂对植物光合作用的影响
        1.2.3 CO₂浓度升高对植物呼吸作用的影响
    1.3 高浓度CO₂对植物与病原物互作的影响
        1.3.1 高浓度CO₂对植物病原物的影响
        1.3.2 植物的抗病机制
        1.3.3 病原菌的致病机制
        1.3.4 植物与病原物互作
    1.4 转录组高通量测序技术研究进展
        1.4.1 转录组测序概况
        1.4.2 测序分析
            1.4.2.1 基因表达分析
            1.4.2.2 单核苷酸多态性
            1.4.2.3 差异表达基因
            1.4.2.4 差异表达基因GO分类
            1.4.2.5 差异表达基因KEGG注释
        1.4.3 转录组测序在植物与病原互作中的应用
    1.5 研究目的与意义
    1.6 本研究的技术路线
第二章 高浓度CO₂环境条件下番茄病害调查
    2.1 供试材料
        2.1.1 供试植株和处理设计
        2.1.2 供试病原物
    2.2 试验方法
        2.2.1 病原菌接种
            2.2.1.1 TMV接种
            2.2.1.2 番茄叶部病害接种
            2.2.1.3 番茄根部病害接种
        2.2.2 病害调查方法
    2.3 结果与分析
        2.3.1 普通环境和高浓度CO₂环境下植株表观变化
        2.3.2 普通环境和高浓度CO₂环境下病害调查
    2.4 结论与讨论
        2.4.1 结论
        2.4.2 讨论
第三章 高浓度CO₂对番茄响应TMV影响的转录组分析
    3.1 供试材料
        3.1.1 供试植株
        3.1.2 供试毒源
        3.1.3 试验所用软件及数据库
    3.2 试验方法
        3.2.1 实验流程
            3.2.1.1 样品的准备
            3.2.1.2 RNA检测
            3.2.1.3 链特异性文库构建
            3.2.1.4 上机测序
        3.2.2 数据分析流程
            3.2.2.1 测序数据过滤
            3.2.2.2 与参考基因组比对
            3.2.2.3 测序文库整体质量评估
            3.2.2.4 新转录本预测及功能注释
            3.2.2.5 SNP和Indel分析
            3.2.2.6 基因表达定量
            3.2.2.7 基因差异表达分析
            3.2.2.8 差异表达基因KEGG注释
            3.2.2.9 差异表达基因蛋白互作网络
    3.3 结果与分析
        3.3.1 样品总RNA提取质量分析
        3.3.2 原始序列数据
        3.3.3 测序数据质量评估
        3.3.4 与参考基因组比对结果
        3.3.5 基因结构分析
            3.3.5.1 可变剪接分析
            3.3.5.2 SNP、Indel分析
        3.3.6 基因表达分析
            3.3.6.1 基因表达定量
            3.3.6.2 样品基因表达量总体分布
        3.3.7 基因差异表达分析
            3.3.7.1 差异表达基因筛选
            3.3.7.2 差异表达基因数目统计
            3.3.7.3 差异表达基因聚类分析
        3.3.8 差异表达基因功能注释及富集分析
            3.3.8.1 差异表达基因KEGG注释及富集分析
            3.3.8.2 差异表达基因GO注释及富集分析
    3.4 结论与讨论
        3.4.1 结论
        3.4.2 讨论
第四章 结论
参考文献
Abstract
致谢



本文编号：3838275