菜蝽线粒体基因组密码子偏好性分析

发布时间：2024-03-06 03:02

　　目前,大量昆虫线粒体基因组已被测出,关于昆虫线粒体基因组密码子偏好性的研究也逐渐展开。通过对菜蝽线粒体基因组中的蛋白编码基因组密码子偏好性进行分析,旨在为研究该类群的进化提供相应的理论依据。采用Codon W、CAIcal统计了13条蛋白编码基因序列密码子各位点的GC含量和有效密码子数(ENC);采用MEGA计算同义密码子使用频率(RSCU);利用中性绘图和ENC绘图分析密码子偏好性成因。结果显示,密码子第3位的GC含量明显小于第1、2位,且偏好使用第3位为A/U结尾的密码子;中性绘图和ENC绘图分析结果表明,选择压力是影响菜蝽线粒体蛋白编码基因组密码子偏好性的主要原因。

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【文章目录】：
1 材料和方法
    1.1 序列信息
    1.2 数据分析
        1.2.1 密码子碱基组成分析
        1.2.2 同义密码子使用偏好性分析
        1.2.3 相关性分析
2 结果与分析
    2.1 密码子各位点GC含量分析
    2.2 相对同义密码子使用分析
    2.3 最优密码子的确定
    2.4 中性绘图分析结果
    2.5 ENC绘图分析结果
3 结论与讨论



本文编号：3920448