油松高密度遗传图谱构建及基因组结构变异初探
发布时间：2020-12-04 10:27
高密度遗传图谱是研究模式和非模式生物基因组结构与复杂性状遗传基础最重要的手段之一。对基因组庞大而复杂的针叶树,遗传图谱对建立基因组框架图,基因位点定位,比较基因组结构和功能研究具有更重要的意义。由于针叶树基因组庞大,真正意义上的覆盖全基因组的高密度遗传图谱至今仍待完善。随着新一代测序技术的发展,廉价、高效、高密度分子标记技术逐步建立起来,使高质量遗传图谱构建成为可能。RNA-seq是目前研究基因表达的有效技术,同时它也是检测表达序列遗传变异的重要途径,利用它可以获取针叶树基因组中大量表达序列的变异模式。本研究以我国北方重要生态造林树种-油松（Pinus tabuliformis）为研究对象,选取三个不同地理种源（青海互助,内蒙赤峰,山西灵空山）的油松个体,以大配子体为作图群体,采用RNA-seq研究油松基因组水平遗传变异模式,构建油松高密度遗传连锁图谱,对比分析油松不同地理种源基因组结构变异特征。结果如下:1、获得了大量来自油松编码基因的遗传变异。本研究最初获得12090260个原始变异位点,覆盖火炬松参考基因组中174727个scaffolds上的28500个基因。质量控制完成之后,...
【文章来源】：北京林业大学北京市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：62 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１?ＲＡＤ文库构建流程
不同品种的西胡芦（Ｃｗｃ＿ｗ／＊／）／／＜３ｐｅ；ｗ）幵展从头组装转录组分析，开发出９０４３个ｃＳＮＰ??位点和１９３５个潜在的ＳＳＲ位点。总之通过ＲＮＡ－ｓｅｑ开发物种分子标记在目前研宂??广泛。（ＲＡＮ－ｓｅｑ流程图见图２）??，ｒ?ＲＮＡ片段化处理??反转录合成ｃＤＮＡ??ＤＮＡ测序接头连接??，ＰＣＲ扩增??丨４??＾??深度测序??丨图像识别??＇，?丨?〕｜?ＲＮＡ序列信息??图２?ＲＮＡ－ｓｅｑ建库测序流程图??Ｆｉｇ．?２?Ｔｈｅ?ｌｉｂｒａｒｙ?ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ?ｏｆ?ＲＮＡ－ｓｅｑ??９??
树上的种子各１００粒。将种子用双氧水消毒，在清水中浸泡２４小时，取出后放入铺??好吸水纸的培养皿中，保持种子湿润，放入２５度的培养箱中黑暗下培养７天至种皮??开裂，取出种子胚乳，用于ＲＮＡ提取。采样地点和技术路线详见图３。??２．１．２油松种子胚乳ＲＮＡ提取及ＲＮＡ测序??使用天根生化科技（北京）有限公司的植物总ＲＮＡ提取试剂盒（ＲＮＡｐｒｅｐ?ｐｕｒｅ??ＰｌａｎｔＫｉｔ）提取样本总ＲＮＡ，样品总量１０－１５呢，样品浓度彡ｌＯＯｎｇ＾ｇ，再使用生工??生物工程（上海）股份有限公司的Ｐｏｌｙ（Ａ）?ｍＲＮＡ纯化试剂盒进行分离纯化得到ｍＲＮＡ，??使用天根生化科技（北京）有限公司ＦａｓｔＫｉｎｇ?—步法除基因组ｃＤＮＡ第一链合成预??混试剂将ｍＲＮＡ逆转录生成的ｃＤＮＡ，逆转录得到的ｃＤＮＡ构建成ｃＤＮＡ文库，并??将文库中的ＤＮＡ随机剪切为长度不等的小片段，在ｃＤＮＡ两端加上接头，接着利用??扩增达到一定丰度上机测序，利用新一代高通量测序平台Ｉｌｈｍｉｉｎａ?Ｈｉｓｅｑ２５００??（Ｉｌｌｕｍｉｎａ公司，美国）双端测序，读长为１５０?ｂｐ直到获得原始下机序列。??２．１．３序列分离及质量控制??Ｈｉｓｅｑ?２５００测序得到的原始下机序列，称为粗数据（ｒａｗ?ｄａｔａ或ｒａｗ?ｒｅａｄｓ），结果??以＊．ｆｃｓｔｑ文件格式存储。粗数据要进行质量控制
【参考文献】：
期刊论文
[1]全基因组外显子测序及其应用[J]. 张鑫,李敏,张学军. 遗传. 2011(08)
[2]林木比较基因组学研究进展[J]. 王源秀,徐立安,黄敏仁,许远. 遗传. 2007(10)
[3]陕西油松遗传改良研究进展[J]. 樊军锋,杨培华,郭树杰,刘永红. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2006(01)
[4]林木遗传图谱研究现状及发展趋势[J]. 张博,杜生明,黄敏仁. 中国生物工程杂志. 2003(04)
[5]遗传作图软件应用及辅助软件的研制[J]. 何祯祥,林国忠,施季森. 南京林业大学学报. 1999(03)
[6]分子标记在植物遗传研究中的应用进展[J]. 胡会庆,李子银. 生物学杂志. 1997(06)
[7]利用RAPD标记和单株树大配子体构建马尾松的分子标记连锁图谱[J]. 尹佟明,黄敏仁,王明庥,朱立煌,翟文学. Acta Botanica Sinica. 1997(07)
[8]植物的比较基因组研究和大遗传系统[J]. 沈利爽,朱立煌. 生物工程进展. 1995(02)
博士论文
[1]油松高轮次遗传改良关键技术与策略[D]. 袁虎威.北京林业大学 2016
硕士论文
[1]缢蛏亲子鉴定技术及遗传连锁图谱的构建[D]. 王泽.上海海洋大学 2016
[2]基于RAD-seq技术的南方鲇高密度遗传连锁图谱构建[D]. 谢蜜蜜.西南大学 2016
[3]利用RAD-seq测序构建美洲黑杨×小叶杨高密度遗传连锁图谱[D]. 王莹.南京林业大学 2014
[4]利用SSR标记和大配子体构建马尾松遗传图谱[D]. 蔡娟娟.南京林业大学 2009
本文编号：2897436
【文章来源】：北京林业大学北京市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：62 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１?ＲＡＤ文库构建流程
不同品种的西胡芦（Ｃｗｃ＿ｗ／＊／）／／＜３ｐｅ；ｗ）幵展从头组装转录组分析，开发出９０４３个ｃＳＮＰ??位点和１９３５个潜在的ＳＳＲ位点。总之通过ＲＮＡ－ｓｅｑ开发物种分子标记在目前研宂??广泛。（ＲＡＮ－ｓｅｑ流程图见图２）??，ｒ?ＲＮＡ片段化处理??反转录合成ｃＤＮＡ??ＤＮＡ测序接头连接??，ＰＣＲ扩增??丨４??＾??深度测序??丨图像识别??＇，?丨?〕｜?ＲＮＡ序列信息??图２?ＲＮＡ－ｓｅｑ建库测序流程图??Ｆｉｇ．?２?Ｔｈｅ?ｌｉｂｒａｒｙ?ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ?ｏｆ?ＲＮＡ－ｓｅｑ??９??
树上的种子各１００粒。将种子用双氧水消毒，在清水中浸泡２４小时，取出后放入铺??好吸水纸的培养皿中，保持种子湿润，放入２５度的培养箱中黑暗下培养７天至种皮??开裂，取出种子胚乳，用于ＲＮＡ提取。采样地点和技术路线详见图３。??２．１．２油松种子胚乳ＲＮＡ提取及ＲＮＡ测序??使用天根生化科技（北京）有限公司的植物总ＲＮＡ提取试剂盒（ＲＮＡｐｒｅｐ?ｐｕｒｅ??ＰｌａｎｔＫｉｔ）提取样本总ＲＮＡ，样品总量１０－１５呢，样品浓度彡ｌＯＯｎｇ＾ｇ，再使用生工??生物工程（上海）股份有限公司的Ｐｏｌｙ（Ａ）?ｍＲＮＡ纯化试剂盒进行分离纯化得到ｍＲＮＡ，??使用天根生化科技（北京）有限公司ＦａｓｔＫｉｎｇ?—步法除基因组ｃＤＮＡ第一链合成预??混试剂将ｍＲＮＡ逆转录生成的ｃＤＮＡ，逆转录得到的ｃＤＮＡ构建成ｃＤＮＡ文库，并??将文库中的ＤＮＡ随机剪切为长度不等的小片段，在ｃＤＮＡ两端加上接头，接着利用??扩增达到一定丰度上机测序，利用新一代高通量测序平台Ｉｌｈｍｉｉｎａ?Ｈｉｓｅｑ２５００??（Ｉｌｌｕｍｉｎａ公司，美国）双端测序，读长为１５０?ｂｐ直到获得原始下机序列。??２．１．３序列分离及质量控制??Ｈｉｓｅｑ?２５００测序得到的原始下机序列，称为粗数据（ｒａｗ?ｄａｔａ或ｒａｗ?ｒｅａｄｓ），结果??以＊．ｆｃｓｔｑ文件格式存储。粗数据要进行质量控制
【参考文献】：
期刊论文
[1]全基因组外显子测序及其应用[J]. 张鑫,李敏,张学军. 遗传. 2011(08)
[2]林木比较基因组学研究进展[J]. 王源秀,徐立安,黄敏仁,许远. 遗传. 2007(10)
[3]陕西油松遗传改良研究进展[J]. 樊军锋,杨培华,郭树杰,刘永红. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2006(01)
[4]林木遗传图谱研究现状及发展趋势[J]. 张博,杜生明,黄敏仁. 中国生物工程杂志. 2003(04)
[5]遗传作图软件应用及辅助软件的研制[J]. 何祯祥,林国忠,施季森. 南京林业大学学报. 1999(03)
[6]分子标记在植物遗传研究中的应用进展[J]. 胡会庆,李子银. 生物学杂志. 1997(06)
[7]利用RAPD标记和单株树大配子体构建马尾松的分子标记连锁图谱[J]. 尹佟明,黄敏仁,王明庥,朱立煌,翟文学. Acta Botanica Sinica. 1997(07)
[8]植物的比较基因组研究和大遗传系统[J]. 沈利爽,朱立煌. 生物工程进展. 1995(02)
博士论文
[1]油松高轮次遗传改良关键技术与策略[D]. 袁虎威.北京林业大学 2016
硕士论文
[1]缢蛏亲子鉴定技术及遗传连锁图谱的构建[D]. 王泽.上海海洋大学 2016
[2]基于RAD-seq技术的南方鲇高密度遗传连锁图谱构建[D]. 谢蜜蜜.西南大学 2016
[3]利用RAD-seq测序构建美洲黑杨×小叶杨高密度遗传连锁图谱[D]. 王莹.南京林业大学 2014
[4]利用SSR标记和大配子体构建马尾松遗传图谱[D]. 蔡娟娟.南京林业大学 2009
本文编号：2897436
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