锥栗野生和栽培群体遗传多样性的SSR分析
发布时间：2020-12-07 11:06
锥栗（Castanea henryi（Skam）Rehd.et Wils.）属壳斗科栗属植物,是我国南方著名的果材兼用树种。锥栗的栽培历史悠久,形成了一批主栽农家品种,而野生锥栗群体中保存着大量的遗传资源。要有效地开展良种选育,首先必须了解其遗传多样性状况。本文利用高通量测序技术开发锥栗基因组和转录组SSR标记,应用开发的SSR分子标记研究锥栗野生和栽培群体的遗传多样性,对于锥栗基因资源的保护和育种利用具有重要的意义。主要研究结果如下:1、对SSR富集文库进行测序,在高质量的2,051,475条序列中,总共搜索到2,117,345个SSR,以复合形式存在的SSR数量为640,155个。锥栗GC含量为35.8%,二核苷酸为重复单元的SSR含量最多,占总数的73.22%,之后依次为三核苷酸（12.61%）、单核苷酸（12.56%）、四核苷酸（1.33%）。单碱基重复、二碱基重复和三碱基重复优势重复单元分别为:A/T、AC/GT、AAG/CTT。以8个农家品种为材料,筛选出10对稳定性好、多态性较高的基因组SSR引物组合。2、以锥栗优良品种“建瓯1号”为材料,对其根、茎、叶、雌花、雄花、果实...
【文章来源】：福建农林大学福建省
【文章页数】：80 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
单碱基质量分布图
SSLP=6 512 0.08%SSLP=7 172 0.03%SSLP=8 54 0.0084%SSLP=9 22 0.0034%SSLP=10 8 0.0013%SSLP=11 2 0.0003%SSLP=12 2 0.0003%SSLP=17 1 0.0002%Total 639,455 100.00%1*SSLP：同一类中 SSR 的长度多态性（length polymorphism）2.2.3 基因组 SSR 的开发以 8 个农家品种为材料，对 100 对引物进行筛选，最终选出稳定性好、重复性高和多态性高的 10 对基因组 SSR 引物组合（表 2-6、图 2-2）。
表 3-3 Unigene 功能注释结果Tab.3- 3 Statistics of annotation results数据库的类型Annotation inDatabaseNR GOKEGGeggNOGSwissprot通用数据In alldatabaseUnigene 数量Unigene Num78257 45308 6695 74522 58774 5422百分比(%)Percentage (%)44.23 25.61 3.78 42.12 33.22 3.06采用 DESeq （Version 1.18.0）分析表达差异 Unigene，通过两两对比，按照表达量倍数变化（Fold Change）和表达量变化显著性（P-value）筛选出差异 Unigene，筛选标准为|log2(FoldChange)| > 1 & P-value < 0.05。将每一个 Unigene 的表达量倍数变化值和表达量变化显著性结果显示在同一个图中，获得表达差异 Unigene 分布的直观结果。采用 R 语言 ggplot2 软件包绘制表达差异 Unigene 的火山图（Volcano Plot）和 MA
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于完全型SSR标记的西番莲(Passiflora edulis)遗传多样性分析[J]. 吴艳艳,田青兰,刘洁云,黄伟华,黄永才,杨行海,夏秀忠,牟海飞. 分子植物育种. 2019(24)
[2]金花茶遗传多样性和遗传结构AFLP分析[J]. 李辛雷,王洁,殷恒福,范正琪,李纪元. 生态与农村环境学报. 2019(01)
[3]濒危植物五小叶槭(Acer pentaphyllum Diels)天然种群遗传多样性的ISSR标记分析[J]. 郝云庆,罗晓波,王晓玲. 四川大学学报(自然科学版). 2019(01)
[4]枣庄石榴种质资源遗传多样性的ISSR分析[J]. 马丽,王庆军,罗华,郝兆祥,周玉亮,赵丽娜. 北方园艺. 2018(24)
[5]基于蛇足石杉转录组的SNP和SSR多态性分析[J]. 张林甦,刘承贵,蒙慧彤,夏亚兰. 黔南民族医专学报. 2018(04)
[6]利用SRAP分子标记分析杧果种质遗传多样性[J]. 罗世杏,唐玉娟,黄国弟,宋恩亮,何江,宁琳,赵英. 热带作物学报. 2018(12)
[7]‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征分析[J]. 王小柯,郑乾明,罗怿,柏自琴,李文云,李金强,蔡永强. 果树学报. 2019(03)
[8]DNA分子标记技术的研究与应用[J]. 陈星,高子厚. 分子植物育种. 2019(06)
[9]山茶属叶绿体全基因组微卫星特征分析及标记开发[J]. 殷鑫,温强,王建文,李田,叶金山,徐立安. 分子植物育种. 2018(20)
[10]基于全基因组SNP的贵州久安古茶树遗传关系分析[J]. 郭燕,乔大河,杨春,李燕,陈正武,陈娟. 植物遗传资源学报. 2019(01)
博士论文
[1]尾叶桉×细叶桉重要经济性状的遗传变异与关联分析[D]. 陈升侃.中国林业科学研究院 2018
[2]火力楠种质资源遗传多样性研究[D]. 李清莹.中国林业科学研究院 2018
[3]红豆树天然居群遗传多样性和交配系统分析[D]. 李峰卿.中国林业科学研究院 2017
[4]利用关联作图解析紫斑牡丹重要性状的等位遗传变异[D]. 吴静.北京林业大学 2016
[5]日本落叶松生长及材性相关基因关联遗传研究[D]. 刘昌勇.中国林业科学研究院 2016
[6]杜仲高密度遗传连锁图谱构建与重要数量性状的分子标记[D]. 李煜.西北农林科技大学 2015
[7]中国楸树种质资源分布及遗传多样性分析[D]. 郝明灼.南京林业大学 2013
[8]马铃薯育种资源研究及基于全基因组序列的EST-SSR标记开发[D]. 李季航.四川农业大学 2013
[9]杨梅基因组SSR标记开发和雄株遗传多样性分析[D]. 焦云.浙江大学 2012
硕士论文
[1]野生花生全基因组SSR标记的开发与应用[D]. 仇静静.山东师范大学 2018
[2]水松EST-SSR分子标记开发及群体遗传变异分析[D]. 林雪莹.中南林业科技大学 2018
[3]青篱柴转录组高通量测序分析及SSR分子标记的开发[D]. 黄建敏.贵州师范大学 2018
[4]寒地悬钩子SSR分子标记与遗传多样性分析[D]. 耿佳麒.吉林农业大学 2018
[5]蛇足石杉转录组测序及基于SSR标记的遗传多样性分析[D]. 何美娜.西北大学 2017
[6]不同树形和修剪强度对锥栗生长和结果的影响[D]. 王刚.中南林业科技大学 2017
[7]基于表型性状与分子标记的锥栗主栽农家品种遗传多样性分析[D]. 董蒙蒙.福建农林大学 2017
[8]人参种质资源鉴定的SSR核心引物筛选及其应用研究[D]. 侯志芳.中国农业科学院 2017
[9]山东省梨属野生种质资源调查与评价[D]. 梁婷婷.山东农业大学 2016
[10]锥栗品种授粉配置技术研究[D]. 张旭辉.中南林业科技大学 2016
本文编号：2903138
【文章来源】：福建农林大学福建省
【文章页数】：80 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
单碱基质量分布图
SSLP=6 512 0.08%SSLP=7 172 0.03%SSLP=8 54 0.0084%SSLP=9 22 0.0034%SSLP=10 8 0.0013%SSLP=11 2 0.0003%SSLP=12 2 0.0003%SSLP=17 1 0.0002%Total 639,455 100.00%1*SSLP：同一类中 SSR 的长度多态性（length polymorphism）2.2.3 基因组 SSR 的开发以 8 个农家品种为材料，对 100 对引物进行筛选，最终选出稳定性好、重复性高和多态性高的 10 对基因组 SSR 引物组合（表 2-6、图 2-2）。
表 3-3 Unigene 功能注释结果Tab.3- 3 Statistics of annotation results数据库的类型Annotation inDatabaseNR GOKEGGeggNOGSwissprot通用数据In alldatabaseUnigene 数量Unigene Num78257 45308 6695 74522 58774 5422百分比(%)Percentage (%)44.23 25.61 3.78 42.12 33.22 3.06采用 DESeq （Version 1.18.0）分析表达差异 Unigene，通过两两对比，按照表达量倍数变化（Fold Change）和表达量变化显著性（P-value）筛选出差异 Unigene，筛选标准为|log2(FoldChange)| > 1 & P-value < 0.05。将每一个 Unigene 的表达量倍数变化值和表达量变化显著性结果显示在同一个图中，获得表达差异 Unigene 分布的直观结果。采用 R 语言 ggplot2 软件包绘制表达差异 Unigene 的火山图（Volcano Plot）和 MA
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于完全型SSR标记的西番莲(Passiflora edulis)遗传多样性分析[J]. 吴艳艳,田青兰,刘洁云,黄伟华,黄永才,杨行海,夏秀忠,牟海飞. 分子植物育种. 2019(24)
[2]金花茶遗传多样性和遗传结构AFLP分析[J]. 李辛雷,王洁,殷恒福,范正琪,李纪元. 生态与农村环境学报. 2019(01)
[3]濒危植物五小叶槭(Acer pentaphyllum Diels)天然种群遗传多样性的ISSR标记分析[J]. 郝云庆,罗晓波,王晓玲. 四川大学学报(自然科学版). 2019(01)
[4]枣庄石榴种质资源遗传多样性的ISSR分析[J]. 马丽,王庆军,罗华,郝兆祥,周玉亮,赵丽娜. 北方园艺. 2018(24)
[5]基于蛇足石杉转录组的SNP和SSR多态性分析[J]. 张林甦,刘承贵,蒙慧彤,夏亚兰. 黔南民族医专学报. 2018(04)
[6]利用SRAP分子标记分析杧果种质遗传多样性[J]. 罗世杏,唐玉娟,黄国弟,宋恩亮,何江,宁琳,赵英. 热带作物学报. 2018(12)
[7]‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征分析[J]. 王小柯,郑乾明,罗怿,柏自琴,李文云,李金强,蔡永强. 果树学报. 2019(03)
[8]DNA分子标记技术的研究与应用[J]. 陈星,高子厚. 分子植物育种. 2019(06)
[9]山茶属叶绿体全基因组微卫星特征分析及标记开发[J]. 殷鑫,温强,王建文,李田,叶金山,徐立安. 分子植物育种. 2018(20)
[10]基于全基因组SNP的贵州久安古茶树遗传关系分析[J]. 郭燕,乔大河,杨春,李燕,陈正武,陈娟. 植物遗传资源学报. 2019(01)
博士论文
[1]尾叶桉×细叶桉重要经济性状的遗传变异与关联分析[D]. 陈升侃.中国林业科学研究院 2018
[2]火力楠种质资源遗传多样性研究[D]. 李清莹.中国林业科学研究院 2018
[3]红豆树天然居群遗传多样性和交配系统分析[D]. 李峰卿.中国林业科学研究院 2017
[4]利用关联作图解析紫斑牡丹重要性状的等位遗传变异[D]. 吴静.北京林业大学 2016
[5]日本落叶松生长及材性相关基因关联遗传研究[D]. 刘昌勇.中国林业科学研究院 2016
[6]杜仲高密度遗传连锁图谱构建与重要数量性状的分子标记[D]. 李煜.西北农林科技大学 2015
[7]中国楸树种质资源分布及遗传多样性分析[D]. 郝明灼.南京林业大学 2013
[8]马铃薯育种资源研究及基于全基因组序列的EST-SSR标记开发[D]. 李季航.四川农业大学 2013
[9]杨梅基因组SSR标记开发和雄株遗传多样性分析[D]. 焦云.浙江大学 2012
硕士论文
[1]野生花生全基因组SSR标记的开发与应用[D]. 仇静静.山东师范大学 2018
[2]水松EST-SSR分子标记开发及群体遗传变异分析[D]. 林雪莹.中南林业科技大学 2018
[3]青篱柴转录组高通量测序分析及SSR分子标记的开发[D]. 黄建敏.贵州师范大学 2018
[4]寒地悬钩子SSR分子标记与遗传多样性分析[D]. 耿佳麒.吉林农业大学 2018
[5]蛇足石杉转录组测序及基于SSR标记的遗传多样性分析[D]. 何美娜.西北大学 2017
[6]不同树形和修剪强度对锥栗生长和结果的影响[D]. 王刚.中南林业科技大学 2017
[7]基于表型性状与分子标记的锥栗主栽农家品种遗传多样性分析[D]. 董蒙蒙.福建农林大学 2017
[8]人参种质资源鉴定的SSR核心引物筛选及其应用研究[D]. 侯志芳.中国农业科学院 2017
[9]山东省梨属野生种质资源调查与评价[D]. 梁婷婷.山东农业大学 2016
[10]锥栗品种授粉配置技术研究[D]. 张旭辉.中南林业科技大学 2016
本文编号：2903138
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