光皮树表型多样性与EST-SSR遗传多样性分析
发布时间：2021-04-11 19:14
光皮树（Swida wilsoniana）,为山茱萸科梾木属落叶乔木或灌木。光皮树适应性广、材质优良、抗逆性强,在长江流经的19个省、市、自治区中除青海、西藏、安徽、上海等地,都有分布或引种栽培。光皮树果含油率高达34%,属高含油木本油料物种。其油富含多种油脂,可食用,精炼后可为国家一级食用油,具有较高的营养价值;又可加工为生物柴油,经催化剂高温裂解酯化后与0#柴油性能相似,已被国务院列入十二种木本油料植物重点推广对象。大力发展油用光皮树,可以缓解中国能源危机,改善其能源结构,同时可以大幅度减少我国食用油的进口量。目前我国光皮树种质资源尚未得到很好的收集、保存、开发和利用,对光皮树进行表型多样性分析与SSR标记遗传多样性分析,可以为光皮树种质资源核心种质构建提供理论依据。本研究对光皮树叶片转录组进行测序与分析,并以34份光皮树资源为试验材料,22个表型性状、100条EST-SSR引物为研究对象进行试验,了解光皮树表型性状之间的相关性以及它们的大致分类类别。主要研究结果如下:（1）利用Illmina测序平台对光皮树叶片转录组进行测序,共获得2193418个clean reads,组装后获...
【文章来源】：中南林业科技大学湖南省
【文章页数】：66 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图３－３碱基的错误率分布统计??－
硕士学术学位论文?光皮树表型多样性勺丨《ＳＴ－ＳＳＲ遗传多样性分忻??错误率的分布情况，错误率低于０．１％，／Ｈｎ『接受范围内。结果表明，转录组测??序数据基本呈正态分布，质量合格，为后续的组装提供ｆ较好的原始数据｜９〇１。??ＩＤ?＿??〇?Ａ眯Ｏｆ吟??Ｔ胸粹嘧啶呤??Ｇ鸟啤呤??ｃ＾．ｍ??＾??°?Ｉ??Ｉ?—ｒ?????Ｉ—＾??５?￣??〇?＿??????〇??￣￣Ｉ?Ｉ?Ｉ?Ｉ?Ｉ?Ｉ?Ｉ￣??１?５０?１００?１５１?５０?１００?１５１??片段碱基位置（Ｒｅａｄｓ?ｐｏｓｉｔｉｏｎ）??图３－２碱基的组成分布??注：Ａ：腺嘌呤：Ｔ：胸腺嘧啶呤：Ｇ：鸟嘌呤：Ｃ：胞嘧喷：Ｎ：模糊碱基??Ｆｉｇｕｒｅ?３－２?Ｂａｓｅ?ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ??Ｎｏｔｅ：?Ａ：?Ａｄｅｎｉｎｅ；?Ｔ：?Ｔｈｙｍｉｄｉｎｅ?ｔｒｅｘａｔｅ；?Ｇ：?Ｇｕａｎｉｎｅ；?Ｃ：?Ｃｙｔｏｓｉｎｅ．?Ｎ：?Ｕｎｋｎｏｗｎ?ｂａｓｅ??Ｏ??＊－?１?■—１??ｏ??§?－??〇??５??１?ｓ?－??２?°??１?５０?１００?１５１?５０?１００?１５１??片段碱基位置（Ｒｅａｄｓ?ｐｏｓｉｔｉｏｎ?）??图３－３碱基的错误率分布统计??Ｆｉｇｕｒｅ?３－３?Ｂａｓｅ?ｅｒｒｏｒ?ｒａｌｅ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｓｔａｌｉｓｌｉｃｓ??１９??
??库（Ｓｗｉｓｓｐｒｏｔ）、京都基因和基因组百科全书（ＫＥＧＧ）等数据库进行比对，获得与光??皮树叶片转录本对应的注释信息。结果表明光皮树叶片共包含３６?８３９个ｕｍｇｅｎｅ，??其中２５?８５７个得到注释，占总ｕｍｇｅｎｅ的６９．４３％。光皮树转录组ｕｍｇｅｎｅ在Ｐｆａｍ、??ＮＲ、Ｓｔｒｉｎｇ、Ｓｗｉｓｓｐｒｏｔ、ＫＥＧＧ数据库中被注释的基因分别占总ｕｎｉｇｅｎｅ的４〇．．丨１％、??６９．９２％、３７．３５％、４５．８７％、２８．７１％?（图?３－５）。??Ｓｔｒｉａｇ??图３－５光皮树叶片转录组ｕｎｉｇｅｎｅ的Ｂｌａｓｔ比对??Ｆｉｇｕｒｅ?３－５?Ｂｌａｓｔ?ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ?ｄｉａｇｒａｍ?ｏｆ?ｕｎｉｇｅｎｅ?ｉｎ?ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ??非冗余蛋白库（ＮＲ），为综合数据库，包括了?Ｓｗｉｓｓｐｒｏｔ、ＰＩＲ、ＰＲＦ、ＰＤＢ蛋??白数据库中非冗余的数据，以及从ＧｅｎＢａｎｋ和ＲｅｄＳｅｑ的ＣＤＳ数据库中翻译所??得的蛋白质数据［９１１。通过与ＮＲ数据库进行比对，可以查看光皮树叶片ｕｍｇｅｎｅ??序列与相近种的相似情况以及与相近种同源序列的功能信息（图３－６）。ｕｍｇｅｎｅ注??释结果显示，光皮树与葡萄（Ｆ／沿ｖ／ｗ／ｅｒａ）同源的序列最多，高达６?４５６，占ＮＲ??注释总?ｕｎｉｇｅｎｅ?的?２５．０３％，其次是中粒咖啡（Ｑ？決ｕ?ｔｗ７ｔ７；／ｗｒａ＞?（２?０１７，?７．８２％）、麻??２２??
【参考文献】：
期刊论文
[1]锥栗基因组SSR开发及农家品种的遗传多样性分析[J]. 顾光仕,李颖林,刘丹,陈辉,郑国华,李煜. 森林与环境学报. 2020(01)
[2]糜子EST-SSR分子标记的开发及种质资源遗传多样性分析[J]. 何杰丽,石甜甜,陈凌,王海岗,高志军,杨美红,王瑞云,乔治军. 植物学报. 2019(06)
[3]裸花紫珠基因组调研及SSR特征分析[J]. 于福来,黄梅,张影波,陈振夏,庞玉新,谷陟欣,李伟,吴友根. 中国中药杂志. 2019(18)
[4]基于转录组的黑果枸杞SSR分布特征分析及引物设计[J]. 郝广婧,祁银燕,张得芳,朱春云. 分子植物育种. 2019(13)
[5]苦参转录组SSR位点及基因功能注释分析[J]. 张宁,尹美强,谭青青,温银元,王玉国,王金荣. 江苏农业科学. 2019(07)
[6]槟榔花果转录组数据组装及基因功能注释[J]. 代佳妮,陈曦,云一倩,王勇,于靖. 分子植物育种. 2019(06)
[7]杉木转录因子unigene中微卫星的分布[J]. 李魁鹏,陈代喜,黄开勇,陈晓明,戴俊,陈琴. 基因组学与应用生物学. 2019(03)
[8]基于李府贡枣转录组测序的SSR和SNP特征分析[J]. 周军永,陆丽娟,刘茂,朱淑芳,仇鹏辉,孙其宝. 江苏农业科学. 2019(04)
[9]文冠果果实转录组测序及分析[J]. 赵阳阳,郭雨潇,张凌云. 生物技术通报. 2019(06)
[10]油用牡丹主要相关性状与SSR分子标记的关联分析[J]. 张琳,王佩佩,韩雅祯,许龙伟,王瑞博,刘艺平,孔德政. 东北林业大学学报. 2019(03)
博士论文
[1]黄瓜单性结实性状的QTL定位及候选基因筛选[D]. 武喆.南京农业大学 2015
[2]光皮树果实生物液体燃料绿色制备工艺原理与技术研究[D]. 肖志红.中南林业科技大学 2013
[3]酿酒酵母复杂分类性状的遗传解析[D]. 李嘉睿.复旦大学 2010
硕士论文
[1]亚麻表型性状与SSR标记的关联分析[D]. 潘慧云.内蒙古大学 2019
[2]两种蒿属沙生半灌木的SSR开发及遗传分化的研究[D]. 阿娜尔.内蒙古师范大学 2018
[3]不同种源光皮树果实及苗木生长特性研究[D]. 黄超.中南林业科技大学 2017
[4]籽用西瓜种质资源遗传多样性的分析和核心种质库的构建[D]. 石磊.内蒙古农业大学 2016
[5]美洲商陆（Phytolacca americana L.）对重金属胁迫的适应性进化机制[D]. 陆敏.南京农业大学 2016
[6]光皮树植物油高温催化裂解制备生物燃料油[D]. 张红勤.河南工业大学 2014
[7]乌桕优株遗传多样性研究[D]. 李熳.中南林业科技大学 2013
[8]甘蓝型油菜黄籽核心种质的建立和相关单核苷酸多态性标记的筛选[D]. 刘晓兰.西南大学 2012
[9]基于SSR标记的马铃薯种质资源遗传评价体系的建立及遗传多样性研究[D]. 叶中悦.华中农业大学 2011
[10]固定化脂肪酶催化光皮树油脂合成生物柴油[D]. 丁荣.中南大学 2010
本文编号：3131810
【文章来源】：中南林业科技大学湖南省
【文章页数】：66 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图３－３碱基的错误率分布统计??－
硕士学术学位论文?光皮树表型多样性勺丨《ＳＴ－ＳＳＲ遗传多样性分忻??错误率的分布情况，错误率低于０．１％，／Ｈｎ『接受范围内。结果表明，转录组测??序数据基本呈正态分布，质量合格，为后续的组装提供ｆ较好的原始数据｜９〇１。??ＩＤ?＿??〇?Ａ眯Ｏｆ吟??Ｔ胸粹嘧啶呤??Ｇ鸟啤呤??ｃ＾．ｍ??＾??°?Ｉ??Ｉ?—ｒ?????Ｉ—＾??５?￣??〇?＿??????〇??￣￣Ｉ?Ｉ?Ｉ?Ｉ?Ｉ?Ｉ?Ｉ￣??１?５０?１００?１５１?５０?１００?１５１??片段碱基位置（Ｒｅａｄｓ?ｐｏｓｉｔｉｏｎ）??图３－２碱基的组成分布??注：Ａ：腺嘌呤：Ｔ：胸腺嘧啶呤：Ｇ：鸟嘌呤：Ｃ：胞嘧喷：Ｎ：模糊碱基??Ｆｉｇｕｒｅ?３－２?Ｂａｓｅ?ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ??Ｎｏｔｅ：?Ａ：?Ａｄｅｎｉｎｅ；?Ｔ：?Ｔｈｙｍｉｄｉｎｅ?ｔｒｅｘａｔｅ；?Ｇ：?Ｇｕａｎｉｎｅ；?Ｃ：?Ｃｙｔｏｓｉｎｅ．?Ｎ：?Ｕｎｋｎｏｗｎ?ｂａｓｅ??Ｏ??＊－?１?■—１??ｏ??§?－??〇??５??１?ｓ?－??２?°??１?５０?１００?１５１?５０?１００?１５１??片段碱基位置（Ｒｅａｄｓ?ｐｏｓｉｔｉｏｎ?）??图３－３碱基的错误率分布统计??Ｆｉｇｕｒｅ?３－３?Ｂａｓｅ?ｅｒｒｏｒ?ｒａｌｅ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｓｔａｌｉｓｌｉｃｓ??１９??
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【参考文献】：
期刊论文
[1]锥栗基因组SSR开发及农家品种的遗传多样性分析[J]. 顾光仕,李颖林,刘丹,陈辉,郑国华,李煜. 森林与环境学报. 2020(01)
[2]糜子EST-SSR分子标记的开发及种质资源遗传多样性分析[J]. 何杰丽,石甜甜,陈凌,王海岗,高志军,杨美红,王瑞云,乔治军. 植物学报. 2019(06)
[3]裸花紫珠基因组调研及SSR特征分析[J]. 于福来,黄梅,张影波,陈振夏,庞玉新,谷陟欣,李伟,吴友根. 中国中药杂志. 2019(18)
[4]基于转录组的黑果枸杞SSR分布特征分析及引物设计[J]. 郝广婧,祁银燕,张得芳,朱春云. 分子植物育种. 2019(13)
[5]苦参转录组SSR位点及基因功能注释分析[J]. 张宁,尹美强,谭青青,温银元,王玉国,王金荣. 江苏农业科学. 2019(07)
[6]槟榔花果转录组数据组装及基因功能注释[J]. 代佳妮,陈曦,云一倩,王勇,于靖. 分子植物育种. 2019(06)
[7]杉木转录因子unigene中微卫星的分布[J]. 李魁鹏,陈代喜,黄开勇,陈晓明,戴俊,陈琴. 基因组学与应用生物学. 2019(03)
[8]基于李府贡枣转录组测序的SSR和SNP特征分析[J]. 周军永,陆丽娟,刘茂,朱淑芳,仇鹏辉,孙其宝. 江苏农业科学. 2019(04)
[9]文冠果果实转录组测序及分析[J]. 赵阳阳,郭雨潇,张凌云. 生物技术通报. 2019(06)
[10]油用牡丹主要相关性状与SSR分子标记的关联分析[J]. 张琳,王佩佩,韩雅祯,许龙伟,王瑞博,刘艺平,孔德政. 东北林业大学学报. 2019(03)
博士论文
[1]黄瓜单性结实性状的QTL定位及候选基因筛选[D]. 武喆.南京农业大学 2015
[2]光皮树果实生物液体燃料绿色制备工艺原理与技术研究[D]. 肖志红.中南林业科技大学 2013
[3]酿酒酵母复杂分类性状的遗传解析[D]. 李嘉睿.复旦大学 2010
硕士论文
[1]亚麻表型性状与SSR标记的关联分析[D]. 潘慧云.内蒙古大学 2019
[2]两种蒿属沙生半灌木的SSR开发及遗传分化的研究[D]. 阿娜尔.内蒙古师范大学 2018
[3]不同种源光皮树果实及苗木生长特性研究[D]. 黄超.中南林业科技大学 2017
[4]籽用西瓜种质资源遗传多样性的分析和核心种质库的构建[D]. 石磊.内蒙古农业大学 2016
[5]美洲商陆（Phytolacca americana L.）对重金属胁迫的适应性进化机制[D]. 陆敏.南京农业大学 2016
[6]光皮树植物油高温催化裂解制备生物燃料油[D]. 张红勤.河南工业大学 2014
[7]乌桕优株遗传多样性研究[D]. 李熳.中南林业科技大学 2013
[8]甘蓝型油菜黄籽核心种质的建立和相关单核苷酸多态性标记的筛选[D]. 刘晓兰.西南大学 2012
[9]基于SSR标记的马铃薯种质资源遗传评价体系的建立及遗传多样性研究[D]. 叶中悦.华中农业大学 2011
[10]固定化脂肪酶催化光皮树油脂合成生物柴油[D]. 丁荣.中南大学 2010
本文编号：3131810
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