基于转录组学的银杏差异表达基因研究
发布时间：2021-04-24 07:43
植物的性别进化机制是一个复杂的科学问题,当前报道的植物性别研究主要集中在开花植物,如番木瓜,黄瓜和白花蝇子草等。银杏是具有“活化石”之称的古老雌雄异株裸子植物,其重要的进化位置让银杏成为研究植物性别进化的重要参考植物。尽管已有文献报道了银杏雌雄个体差异基因的分子标记,但目前仍缺乏银杏性别相关的系统研究。2016年的银杏基因组发表为其性别相关基因研究提供了良好的基础。本文通过对6个雄花和6个雌花样品的转录组测序,鉴定了大量雌雄个体之间的差异表达基因。首先,通过雌雄花转录组数据的全基因组共表达网络鉴定出4个共表达基因网络,这些网络中含有与花或者雌雄差异的基因。例如,在浅绿色模块中鉴定了Basic helix-loop-helix domain-containing protein（Gb07087）是转录激活因子,参与了细胞壁模式的孢子体控制和花粉发育的配子体控制;Flowering time control protein FY（Gb09523）通过降低FLC基因的表达水平,在自主开花途径中发挥调控开花时间。随后在花组织的转录组数据中,共鉴定11...
【文章来源】：华南理工大学广东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：75 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 绪论
1.1 银杏的基本介绍
1.2 银杏雌雄个体差异基因分子水平研究进展
1.2.1 前期银杏的雌雄个体差异基因研究进展
1.2.2 银杏的性染色体核型研究
1.2.3 银杏的基因组学研究进展
1.2.4 银杏的转录组学研究进展
1.3 本研究的目的和意义
第二章 材料与方法
2.1 实验材料
2.2 实验方法
2.2.1 总RNA提取
2.2.2 RNA文库建库
2.2.3 RNA文库测序
2.3 数据产出及分析方法
2.3.1 RNA-seq数据处理
2.3.2 表达量计算
2.3.3 差异表达基因检测
2.3.4 差异表达基因层次聚类分析
2.3.5 差异表达基因GO功能分析
2.3.6 差异表达基因Pathway功能分析
2.3.7 差异基因蛋白互作分析
2.4 实时定量PCR验证
第三章 结果与分析
3.1 RNA-SEQ测序数据分析与统计
3.2 基因表达量分析
3.2.1 基因比对与表达量计算
3.2.2 表达量FPKM计算
3.2.3 样品间的相关性
3.3 共表达网络分析
3.3.1 相关系数计算
3.3.2 构建分层聚类树
3.3.3 目标模块的基因功能分析
3.4 差异表达基因分析
3.4.1 差异表达基因检测
3.4.2 差异表达基因TF编码能力预测
3.4.3 差异表达基因GO功能分析
3.4.4 KEGG功能富集分析
3.5 雌雄个体差异基因分析
3.5.1 雌雄特异表达基因及特异基因分析
3.5.2 性别间与防御机制有关的差异表达基因鉴定
3.5.3 性别有关的基因和表达
3.5.4 银杏雌雄多组织共同差异表达基因鉴定
3.5.5 实时定量PCR验证结果
第四章 结论
参考文献
附录
攻读硕士学位期间取得的研究成果
致谢
附件
【参考文献】：
期刊论文
[1]环境胁迫下雌雄异株植物的性别响应差异及竞争关系[J]. 陈娟,李春阳. 应用与环境生物学报. 2014(04)
[2]模拟酸雨对银杏雌雄幼苗生长及生理特性的影响[J]. 蒋雪梅,戚文华,肖娟,胥晓. 植物生理学报. 2014(07)
[3]不同温度下雌雄葎草营养生长期的生长特性[J]. 段婧,刘金平. 草业科学. 2013(03)
[4]银杏幼苗雌雄株对盐胁迫响应的差别[J]. 蒋雪梅,胡进耀,戚文华,陈光登,胥晓. 云南植物研究. 2009(05)
[5]银杏雌雄株核型及性别早期鉴定[J]. 陈学森,邓秀新,章文才,张艳敏. 果树科学. 1997(02)
博士论文
[1]银杏雌雄花芽差异表达基因研究[D]. 张晓文.山东农业大学 2014
[2]辽西中生代银杏目和茨康目植物生殖器官研究[D]. 刘秀群.中国科学院研究生院（植物研究所） 2005
硕士论文
[1]银杏雌雄花芽差异表达基因的分析和性别相关基因的鉴定[D]. 董章凯.山东农业大学 2012
[2]中国沙棘（Hippophae rhamnoides subsp.sinensis）雌雄株的水分生态适应性研究[D]. 高丽.内蒙古大学 2006
本文编号：3156966
【文章来源】：华南理工大学广东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：75 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 绪论
1.1 银杏的基本介绍
1.2 银杏雌雄个体差异基因分子水平研究进展
1.2.1 前期银杏的雌雄个体差异基因研究进展
1.2.2 银杏的性染色体核型研究
1.2.3 银杏的基因组学研究进展
1.2.4 银杏的转录组学研究进展
1.3 本研究的目的和意义
第二章 材料与方法
2.1 实验材料
2.2 实验方法
2.2.1 总RNA提取
2.2.2 RNA文库建库
2.2.3 RNA文库测序
2.3 数据产出及分析方法
2.3.1 RNA-seq数据处理
2.3.2 表达量计算
2.3.3 差异表达基因检测
2.3.4 差异表达基因层次聚类分析
2.3.5 差异表达基因GO功能分析
2.3.6 差异表达基因Pathway功能分析
2.3.7 差异基因蛋白互作分析
2.4 实时定量PCR验证
第三章 结果与分析
3.1 RNA-SEQ测序数据分析与统计
3.2 基因表达量分析
3.2.1 基因比对与表达量计算
3.2.2 表达量FPKM计算
3.2.3 样品间的相关性
3.3 共表达网络分析
3.3.1 相关系数计算
3.3.2 构建分层聚类树
3.3.3 目标模块的基因功能分析
3.4 差异表达基因分析
3.4.1 差异表达基因检测
3.4.2 差异表达基因TF编码能力预测
3.4.3 差异表达基因GO功能分析
3.4.4 KEGG功能富集分析
3.5 雌雄个体差异基因分析
3.5.1 雌雄特异表达基因及特异基因分析
3.5.2 性别间与防御机制有关的差异表达基因鉴定
3.5.3 性别有关的基因和表达
3.5.4 银杏雌雄多组织共同差异表达基因鉴定
3.5.5 实时定量PCR验证结果
第四章 结论
参考文献
附录
攻读硕士学位期间取得的研究成果
致谢
附件
【参考文献】：
期刊论文
[1]环境胁迫下雌雄异株植物的性别响应差异及竞争关系[J]. 陈娟,李春阳. 应用与环境生物学报. 2014(04)
[2]模拟酸雨对银杏雌雄幼苗生长及生理特性的影响[J]. 蒋雪梅,戚文华,肖娟,胥晓. 植物生理学报. 2014(07)
[3]不同温度下雌雄葎草营养生长期的生长特性[J]. 段婧,刘金平. 草业科学. 2013(03)
[4]银杏幼苗雌雄株对盐胁迫响应的差别[J]. 蒋雪梅,胡进耀,戚文华,陈光登,胥晓. 云南植物研究. 2009(05)
[5]银杏雌雄株核型及性别早期鉴定[J]. 陈学森,邓秀新,章文才,张艳敏. 果树科学. 1997(02)
博士论文
[1]银杏雌雄花芽差异表达基因研究[D]. 张晓文.山东农业大学 2014
[2]辽西中生代银杏目和茨康目植物生殖器官研究[D]. 刘秀群.中国科学院研究生院（植物研究所） 2005
硕士论文
[1]银杏雌雄花芽差异表达基因的分析和性别相关基因的鉴定[D]. 董章凯.山东农业大学 2012
[2]中国沙棘（Hippophae rhamnoides subsp.sinensis）雌雄株的水分生态适应性研究[D]. 高丽.内蒙古大学 2006
本文编号：3156966
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