欧洲黑杨基因组DNA甲基化昼夜差异的MeDIP分析
发布时间：2021-06-03 20:23
生物钟是生命体为了适应自然界的周期性变化,从而进化出的内源性的时间调控机制。从部分原核生物到真核生物,都通过这种内源性的机制调控自身生命活动,从而获得生存的最大利益。受植物生物钟影响的生命活动众多,几乎涵盖了植物生理生化、发育和代谢过程的所有方面,包括生长和衰老、组织器官的节律性生长、植物开花、气孔开闭和叶绿体等细胞器的运动,同时生物钟也参与植物激素的节律性表达和降解以及应答反应、细胞游离钙离子浓度的周期性振荡、蛋白质磷酸化和转录后修饰过程。研究表明,高等植物生物钟由一个复杂的调控网络所组成,影响着诸多生化和分子信号途径。本研究以一年生欧洲黑杨无性系N46（P.nigra N46）为材料,采用基于二代测序的MeDIP-seq（Methylated DNA immunoprecipitation sequencing）技术,检测昼夜周期变化过程中早晨和午夜时杨树基因组DNA甲基化模式的变化,分析杨树生物节律是否与DNA甲基化修饰作用相关,以探讨受生物钟调控的表观遗传现象。主要研究结果如下:1.揭示了欧洲黑杨叶片基因组在昼夜两个不同时间点的DNA甲基化模式。采用MeDIP-seq技术对8点...
【文章来源】：中国林业科学研究院北京市
【文章页数】：76 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
拟南芥生物钟核心振荡器模型（GreenhamandMcClung,2015）
第一章 绪论功能富集及 pathway 分析，同时，对部分甲基化差异基因的表达进行 RT-qPCR 检讨 DNA 甲基化在杨树生物钟调控中的作用机制。1.3.3 技术路线
24 点的数据为 5.50Gb。经过去除原始数据中的测序接头，污染，以读序后，8 点样品得到了近 3,720 万条读序，24 点的样品得到了近 3,650 万些读序在映射到杨树参考基因组（JGI 2.0.15）上，与参考基因组进行比对， 点样品数据的读序映射到 48.12%的杨树参考基因组，24 点的数据覆盖率为读序分布在基因组的不同区域。已知在本研究中以 Peak 代表富含甲基化胞嘧啶的区域，所以 Peak 是接下来基化情况分布的重要指标（Hu et al., 2013）。对扫描得到的 Peak 进行统计后 点样品得到了 74,565 个 Peak，在 24 点样品得到了 79,586 个 Peak。根据分析得到的Peak在基因组中的位置信息，经统计分类后，我们可以知道这考基因组染色体上的分布情况，具体如图 2-1 所示，该结果表明，无论是 据还是 24 点样品的数据，分布在每条染色体上的 Peak 数量与染色体的长度系，即长度较长的染色体上，分布的 Peak 也较多。
【参考文献】：
期刊论文
[1]植物生物钟与关键农艺性状调控[J]. 谢启光,徐小冬. 生命科学. 2015(11)
[2]植物DNA甲基化调控研究进展[J]. 马浪浪,江舟,黄小波,沈亚欧,潘光堂. 中国生物工程杂志. 2013(09)
[3]植物生物钟研究的历史回顾与最新进展[J]. 徐小冬,谢启光. 自然杂志. 2013(02)
[4]林木基因组及功能基因克隆研究概述[J]. 尹佟明. 遗传. 2010(07)
[5]Analysis of DNA Cytosine Methylation on Cotton under Salt Stress[J]. ZHAO Yun-le,YE Wu-wei,WANG Jun-juan,FAN Bao-xiang(Cotton Research Institute,Chinese Academy of Agricultural Sciences;Key Laboratory of Cotton Genetic Improvement,Ministry of Agriculture,Anyang,Henan 455000,China). 棉花学报. 2008(S1)
[6]植物DNA甲基化及其研究策略[J]. 南楠,曾凡锁,詹亚光. 植物学通报. 2008(01)
[7]植物DNA甲基化及其表观遗传作用[J]. 陈小强,王春国,李秀兰,宋文芹,陈瑞阳. 细胞生物学杂志. 2007(04)
[8]DNA超甲基化在小麦耐盐胁迫中的作用[J]. 钟兰,王建波. 武汉植物学研究. 2007(01)
硕士论文
[1]杨树基因组甲基化昼夜节律的MSAP分析[D]. 刁姝.中国林业科学研究院 2013
本文编号：3211195
【文章来源】：中国林业科学研究院北京市
【文章页数】：76 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
拟南芥生物钟核心振荡器模型（GreenhamandMcClung,2015）
第一章 绪论功能富集及 pathway 分析，同时，对部分甲基化差异基因的表达进行 RT-qPCR 检讨 DNA 甲基化在杨树生物钟调控中的作用机制。1.3.3 技术路线
24 点的数据为 5.50Gb。经过去除原始数据中的测序接头，污染，以读序后，8 点样品得到了近 3,720 万条读序，24 点的样品得到了近 3,650 万些读序在映射到杨树参考基因组（JGI 2.0.15）上，与参考基因组进行比对， 点样品数据的读序映射到 48.12%的杨树参考基因组，24 点的数据覆盖率为读序分布在基因组的不同区域。已知在本研究中以 Peak 代表富含甲基化胞嘧啶的区域，所以 Peak 是接下来基化情况分布的重要指标（Hu et al., 2013）。对扫描得到的 Peak 进行统计后 点样品得到了 74,565 个 Peak，在 24 点样品得到了 79,586 个 Peak。根据分析得到的Peak在基因组中的位置信息，经统计分类后，我们可以知道这考基因组染色体上的分布情况，具体如图 2-1 所示，该结果表明，无论是 据还是 24 点样品的数据，分布在每条染色体上的 Peak 数量与染色体的长度系，即长度较长的染色体上，分布的 Peak 也较多。
【参考文献】：
期刊论文
[1]植物生物钟与关键农艺性状调控[J]. 谢启光,徐小冬. 生命科学. 2015(11)
[2]植物DNA甲基化调控研究进展[J]. 马浪浪,江舟,黄小波,沈亚欧,潘光堂. 中国生物工程杂志. 2013(09)
[3]植物生物钟研究的历史回顾与最新进展[J]. 徐小冬,谢启光. 自然杂志. 2013(02)
[4]林木基因组及功能基因克隆研究概述[J]. 尹佟明. 遗传. 2010(07)
[5]Analysis of DNA Cytosine Methylation on Cotton under Salt Stress[J]. ZHAO Yun-le,YE Wu-wei,WANG Jun-juan,FAN Bao-xiang(Cotton Research Institute,Chinese Academy of Agricultural Sciences;Key Laboratory of Cotton Genetic Improvement,Ministry of Agriculture,Anyang,Henan 455000,China). 棉花学报. 2008(S1)
[6]植物DNA甲基化及其研究策略[J]. 南楠,曾凡锁,詹亚光. 植物学通报. 2008(01)
[7]植物DNA甲基化及其表观遗传作用[J]. 陈小强,王春国,李秀兰,宋文芹,陈瑞阳. 细胞生物学杂志. 2007(04)
[8]DNA超甲基化在小麦耐盐胁迫中的作用[J]. 钟兰,王建波. 武汉植物学研究. 2007(01)
硕士论文
[1]杨树基因组甲基化昼夜节律的MSAP分析[D]. 刁姝.中国林业科学研究院 2013
本文编号：3211195
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