基于ISSRs的青海云杉无性系遗传变异及亲缘关系的研究
发布时间：2021-06-13 13:44
青海云杉（Picea crassifolia Kom.）属于松科（Pinaceae）云杉属（Picea）,是我国特有的常绿针叶乔木,是西北地区重要的造林和城市绿化树种。本论文主要对甘肃省张掖龙渠青海云杉无性系种子园的125个无性系进行了两方面的研究:（1）青海云杉ISSR-PCR反应体系的建立和优化,以及引物的筛选;（2）基于ISSRs的青海云杉无性系的遗传多样性和遗传关系的研究。采用正交试验设计和单因素分析方法,建立了青海云杉ISSR-PCR最适反应体系。在20.0μL反应体系中包含:模板DNA(5-10 ng·μL-1)2.0μL、Mg2+(25 mmol·L-1)2.8μL、10×PCR缓冲液2.8μL、引物(10μmol·L-1)0.8μL、dNTPs(10 mmol·L-1)0.3μL、Taq DNA聚合酶(5 U·μL-1)0.2μL、HPLC超纯水11.1μL。PCR扩增程序为:94℃预变性4 min;40个循环:94℃变性45 s;49.5...
【文章来源】：安徽农业大学安徽省
【文章页数】：60 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
青海云杉基因组DNAFig.3-1GenomicDNAofQinghaispruce
引物的退火温度的高低影响扩增条带的清晰度。在 PCR 扩增仪上进行 49.5℃-50.5℃温度梯度实验。引物的退火温度过低，扩增的特异性条带增多，影响后续实验判读。引物的退火温度过高，引物与模板 DNA 的结合会抑制，扩增出的条带会出现弥散现象。青海云杉无性系 ISSR-PCR 试验中的最佳退火温度为 49.5 ℃，扩增出条带清晰。在正交试验中中，反应体系和扩增条件的分别优化，得出最佳的青海云杉无性系的 ISSR-PCR 扩增体系。青 海 云 杉 ISSR-PCR 最 适 反 应 体 系 为 ： 模 板 DNA (5-10 ng μL-1) 2.0 μL 、dNTP (10 mmol L-1) 0.3 μL、引物 (10 μmol L-1) 0.8 μL、Mg2+(25 mmol L-1) 2.8 μL、 TaDNA 聚合酶 (5 U μL-1) 0.2 μL、10×PCR 缓冲液 2.8 μL、HPLC 超纯水 11.1 μL，总体积为 20.0 μL。PCR 最终扩增程序为: 94 ℃预变性4 min；40个循环: 94 ℃变性45 s；49.5-50.5 ℃ 退火 45 s，72 ℃延伸 2 min；最后 72 ℃ 延伸 7 min，4 ℃保存。根据上述的最佳反应体系将青海云杉无性系 DNA 进行 PCR 扩增，再将产物在琼脂糖凝胶电泳上进行电泳分离结果如下：
21Dice’s Similarity Coefficient图 4-1 下图 基于 ISSRs 和 Dice 相似性系数的青海云杉 125 个无性系聚类图Fig. 4-1 Lower cluster of UPGMAdendrogram for 125 clones of Qinghai sprucebased on ISSRs and Dice’s similarity coefficient
【参考文献】：
期刊论文
[1]青海云杉育苗技术[J]. 田谧. 科技经济导刊. 2016(21)
[2]青海云杉育苗技术[J]. 张世清. 农业科技与信息. 2016(01)
[3]台湾杉遗传多样性的ISSR分析[J]. 李江伟,杨琴军,刘秀群,季华,张卓文. 林业科学. 2014(06)
[4]祁连山青海云杉扦插繁殖技术及其生根机理研究[J]. 康建军,朱丽,张志胜,邴丹珲,刘东浩,罗文丽. 防护林科技. 2014(05)
[5]省沽油ISSR引物筛选及居群遗传多样性初探[J]. 陈龙灿,王颖,王业中,张远海,束庆龙,王勤,张良富,曹翠萍. 安徽农业大学学报. 2014(03)
[6]菘蓝和马蓝基因组DNA RAPD指纹图谱的建立[J]. 于英君,肖井仁,姜颖,杨欣. 中医药学报. 2013(06)
[7]青海云杉种子萌发特性[J]. 刘有军,刘世增,康才周,满多清,李德禄,李银科. 干旱区研究. 2013(05)
[8]青海云杉无性系雌雄球花及球果量的变异研究[J]. 吕东,张宏斌,赵明,李秉新,候玉梅,闫克林,谢小兵. 甘肃农业大学学报. 2013(03)
[9]青海云杉半同胞子代测定和优良家系选择研究[J]. 张宏斌,吕东,赵明,李秉新,候玉梅,闫克林,陈刚. 甘肃农业大学学报. 2013(03)
[10]基于CE-AFLP的5个美洲黑杨新品种指纹图谱分析[J]. 贾会霞,胡建军,卢孟柱. 林业科学研究. 2013(03)
博士论文
[1]祁连山区青海云杉林生长过程及其固碳能力研究[D]. 彭守璋.兰州大学 2015
硕士论文
[1]基于SSRs的青海云杉无性系遗传多样性及遗传关系的研究[D]. 袁行栋.安徽农业大学 2016
[2]耐水湿竹种SSR引物筛选及基于ISSRs标记的耐水湿竹种亲缘关系研究[D]. 赵琳.安徽农业大学 2016
[3]基于RAPD标记的沙棘品种鉴定[D]. 邵珊珊.中国农业科学院 2013
[4]ISSRs在杜仲遗传多样性研究及性别鉴定中的应用[D]. 王弦云.安徽农业大学 2013
[5]油茶特异DNA片段的克隆与序列分析[D]. 马跃.福建农林大学 2013
[6]荷花种质资源遗传多样性的SRAP和ISSR研究[D]. 孙祖霞.南京农业大学 2012
[7]刺槐耐盐优良无性系初步选育及AFLP遗传多样性分析[D]. 洪丕征.山东农业大学 2011
[8]青海云杉扦插繁殖技术及插穗生根机理研究[D]. 陈广辉.河南农业大学 2005
[9]红麻不同基因型材料亲缘关系及种质鉴定的细胞学和分子标记研究[D]. 唐晓敏.安徽农业大学 2003
[10]青海云杉扦插繁殖技术与生根机理研究[D]. 师晨娟.北京林业大学 2002
本文编号：3227634
【文章来源】：安徽农业大学安徽省
【文章页数】：60 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
青海云杉基因组DNAFig.3-1GenomicDNAofQinghaispruce
引物的退火温度的高低影响扩增条带的清晰度。在 PCR 扩增仪上进行 49.5℃-50.5℃温度梯度实验。引物的退火温度过低，扩增的特异性条带增多，影响后续实验判读。引物的退火温度过高，引物与模板 DNA 的结合会抑制，扩增出的条带会出现弥散现象。青海云杉无性系 ISSR-PCR 试验中的最佳退火温度为 49.5 ℃，扩增出条带清晰。在正交试验中中，反应体系和扩增条件的分别优化，得出最佳的青海云杉无性系的 ISSR-PCR 扩增体系。青 海 云 杉 ISSR-PCR 最 适 反 应 体 系 为 ： 模 板 DNA (5-10 ng μL-1) 2.0 μL 、dNTP (10 mmol L-1) 0.3 μL、引物 (10 μmol L-1) 0.8 μL、Mg2+(25 mmol L-1) 2.8 μL、 TaDNA 聚合酶 (5 U μL-1) 0.2 μL、10×PCR 缓冲液 2.8 μL、HPLC 超纯水 11.1 μL，总体积为 20.0 μL。PCR 最终扩增程序为: 94 ℃预变性4 min；40个循环: 94 ℃变性45 s；49.5-50.5 ℃ 退火 45 s，72 ℃延伸 2 min；最后 72 ℃ 延伸 7 min，4 ℃保存。根据上述的最佳反应体系将青海云杉无性系 DNA 进行 PCR 扩增，再将产物在琼脂糖凝胶电泳上进行电泳分离结果如下：
21Dice’s Similarity Coefficient图 4-1 下图 基于 ISSRs 和 Dice 相似性系数的青海云杉 125 个无性系聚类图Fig. 4-1 Lower cluster of UPGMAdendrogram for 125 clones of Qinghai sprucebased on ISSRs and Dice’s similarity coefficient
【参考文献】：
期刊论文
[1]青海云杉育苗技术[J]. 田谧. 科技经济导刊. 2016(21)
[2]青海云杉育苗技术[J]. 张世清. 农业科技与信息. 2016(01)
[3]台湾杉遗传多样性的ISSR分析[J]. 李江伟,杨琴军,刘秀群,季华,张卓文. 林业科学. 2014(06)
[4]祁连山青海云杉扦插繁殖技术及其生根机理研究[J]. 康建军,朱丽,张志胜,邴丹珲,刘东浩,罗文丽. 防护林科技. 2014(05)
[5]省沽油ISSR引物筛选及居群遗传多样性初探[J]. 陈龙灿,王颖,王业中,张远海,束庆龙,王勤,张良富,曹翠萍. 安徽农业大学学报. 2014(03)
[6]菘蓝和马蓝基因组DNA RAPD指纹图谱的建立[J]. 于英君,肖井仁,姜颖,杨欣. 中医药学报. 2013(06)
[7]青海云杉种子萌发特性[J]. 刘有军,刘世增,康才周,满多清,李德禄,李银科. 干旱区研究. 2013(05)
[8]青海云杉无性系雌雄球花及球果量的变异研究[J]. 吕东,张宏斌,赵明,李秉新,候玉梅,闫克林,谢小兵. 甘肃农业大学学报. 2013(03)
[9]青海云杉半同胞子代测定和优良家系选择研究[J]. 张宏斌,吕东,赵明,李秉新,候玉梅,闫克林,陈刚. 甘肃农业大学学报. 2013(03)
[10]基于CE-AFLP的5个美洲黑杨新品种指纹图谱分析[J]. 贾会霞,胡建军,卢孟柱. 林业科学研究. 2013(03)
博士论文
[1]祁连山区青海云杉林生长过程及其固碳能力研究[D]. 彭守璋.兰州大学 2015
硕士论文
[1]基于SSRs的青海云杉无性系遗传多样性及遗传关系的研究[D]. 袁行栋.安徽农业大学 2016
[2]耐水湿竹种SSR引物筛选及基于ISSRs标记的耐水湿竹种亲缘关系研究[D]. 赵琳.安徽农业大学 2016
[3]基于RAPD标记的沙棘品种鉴定[D]. 邵珊珊.中国农业科学院 2013
[4]ISSRs在杜仲遗传多样性研究及性别鉴定中的应用[D]. 王弦云.安徽农业大学 2013
[5]油茶特异DNA片段的克隆与序列分析[D]. 马跃.福建农林大学 2013
[6]荷花种质资源遗传多样性的SRAP和ISSR研究[D]. 孙祖霞.南京农业大学 2012
[7]刺槐耐盐优良无性系初步选育及AFLP遗传多样性分析[D]. 洪丕征.山东农业大学 2011
[8]青海云杉扦插繁殖技术及插穗生根机理研究[D]. 陈广辉.河南农业大学 2005
[9]红麻不同基因型材料亲缘关系及种质鉴定的细胞学和分子标记研究[D]. 唐晓敏.安徽农业大学 2003
[10]青海云杉扦插繁殖技术与生根机理研究[D]. 师晨娟.北京林业大学 2002
本文编号：3227634
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