全基因组重测序分析4个毛竹变型的秆形和秆色变异
发布时间：2021-06-13 22:30
为揭示毛竹重要变型的全基因组突变类型,选取4个有代表性的毛竹变型,采用高通量重测序技术,进行全基因组重测序,测序深度12×。分别提取毛竹4个变型与参考基因组间发生非同义突变的SNP、CDS区发生InDel与SV的基因,比较可以发现,2个秆形变异的竹种圣音竹和厚壁毛竹基因组的变异基因数目和变异类型相近,而2个秆色变异的竹种黄槽毛竹和黄皮花毛竹基因组的变异数目和变异类型相近。4个毛竹变型均存在多个基因同时存在多种类型突变。将变异基因与GO、COG、KEGG等功能数据库进行比对、注释,共获得1 739个参与细胞壁、细胞膜合成的基因,501个细胞骨架构建相关基因,1 785个转录因子相关基因,1 324个信号转导相关基因,104个赤霉素相关基因,76个激素代谢相关基因,1 938个叶绿素合成相关的基因,73个类胡萝卜素合成代谢相关基因和68个花青素合成调控基因,这些差异基因分别在毛竹秆形和秆色调控方面起着重要作用。
【文章来源】：华北农学报. 2020,35(04)北大核心CSCD
【文章页数】：10 页
【部分图文】：
变异基因的COG注释分类图
图3 变异基因的COG注释分类图将变异基因与GO、COG、KEGG等3个功能数据库进行比对、注释,共获得1 739个参与细胞壁和细胞膜合成的基因、501个细胞骨架构建相关基因、1 785个转录因子、1 324个信号转导、104个赤霉素及76个激素代谢相关基因、1 938个叶绿素合成相关的基因、73个类胡萝卜素合成代谢相关基因和68个花青素合成调控基因。
使用BreakDancer进行SV的检测(表8),圣音竹共检测到148 682个SV,其中插入3 701个,占总变异2.49%;缺失31 439个,占总变异21.15%;染色体间易位107 945个,占总变异72.60%;染色体内部易位4 991个,反转321个,其他285个。黄槽毛竹共检测到176 960个SV,其中插入17 377个,占总变异9.82%;缺失36 496个,占总变异20.62%;染色体间易位116 941个,占总变异66.08%。黄皮花毛竹共检测到181 687个SV,其中插入9 498个,占总变异5.23%;缺失37 880个,占总变异20.85%;染色体间易位127 646个,占总变异70.26%。厚壁毛竹共检测到148 968个SV,其中插入2 481个,占总变异1.67%;缺失30 971个,占总变异20.79%;染色体间易位110 054个,占总变异73.88%。表7 毛竹变型间的InDel统计Tab.7 Summary of InDels detected between variants of Moso bambooo 编号ID R01 R02 R03 R04 R01 0 48 551 47 142 46 349 R02 48 551 0 46 619 47 532 R03 47 142 46 619 0 45 967 R04 46 349 47 532 45 967 0
【参考文献】：
期刊论文
[1]大豆抗菌核病的全基因组关联研究[J]. 张羽,Fran■ois Belzile. 华北农学报. 2020(01)
[2]不同光周期条件下谷子株高的全基因组关联分析[J]. 贾小平,张博,全建章,李剑峰,王永芳,袁玺垒. 华北农学报. 2019(04)
[3]基于全基因组重测序的大豆分子标记开发及籽粒蛋白质含量QTL定位[J]. 王嘉,曾召琼,梁建秋,于晓波,吴海英,张明荣. 中国农业科学. 2019(16)
[4]毛竹TCP基因家族全基因组鉴定与分析[J]. 刘俊,黄容,程占超,李雪平. 基因组学与应用生物学. 2018(12)
[5]矢竹地下茎转录组测序及节间生长相关基因表达分析[J]. 魏强,丁雨龙. 南京林业大学学报(自然科学版). 2017(05)
[6]毛竹NAC转录因子家族生物信息学分析[J]. 黎帮勇,胡尚连,曹颖,徐刚. 基因组学与应用生物学. 2015(08)
[7]毛竹细胞色素P450的基因组学分析[J]. 林翩翩,白有煌,周明兵. 植物生理学报. 2014(09)
[8]6种不同变异类型毛竹叶片的生理特性研究[J]. 陈建华,晏存育,王艳梅,张新明,曾翔,曹学优,贺峭. 中南林业科技大学学报. 2011(04)
[9]nr数据库分析及其本地化[J]. 邓泱泱,荔建琦,吴松锋,朱云平,陈耀文,贺福初. 计算机工程. 2006(05)
硕士论文
[1]毛竹种源及栽培变种遗传变异的AFLP和ISSR分析[D]. 阮晓赛.浙江林学院 2008
本文编号：3228471
【文章来源】：华北农学报. 2020,35(04)北大核心CSCD
【文章页数】：10 页
【部分图文】：
变异基因的COG注释分类图
图3 变异基因的COG注释分类图将变异基因与GO、COG、KEGG等3个功能数据库进行比对、注释,共获得1 739个参与细胞壁和细胞膜合成的基因、501个细胞骨架构建相关基因、1 785个转录因子、1 324个信号转导、104个赤霉素及76个激素代谢相关基因、1 938个叶绿素合成相关的基因、73个类胡萝卜素合成代谢相关基因和68个花青素合成调控基因。
使用BreakDancer进行SV的检测(表8),圣音竹共检测到148 682个SV,其中插入3 701个,占总变异2.49%;缺失31 439个,占总变异21.15%;染色体间易位107 945个,占总变异72.60%;染色体内部易位4 991个,反转321个,其他285个。黄槽毛竹共检测到176 960个SV,其中插入17 377个,占总变异9.82%;缺失36 496个,占总变异20.62%;染色体间易位116 941个,占总变异66.08%。黄皮花毛竹共检测到181 687个SV,其中插入9 498个,占总变异5.23%;缺失37 880个,占总变异20.85%;染色体间易位127 646个,占总变异70.26%。厚壁毛竹共检测到148 968个SV,其中插入2 481个,占总变异1.67%;缺失30 971个,占总变异20.79%;染色体间易位110 054个,占总变异73.88%。表7 毛竹变型间的InDel统计Tab.7 Summary of InDels detected between variants of Moso bambooo 编号ID R01 R02 R03 R04 R01 0 48 551 47 142 46 349 R02 48 551 0 46 619 47 532 R03 47 142 46 619 0 45 967 R04 46 349 47 532 45 967 0
【参考文献】：
期刊论文
[1]大豆抗菌核病的全基因组关联研究[J]. 张羽,Fran■ois Belzile. 华北农学报. 2020(01)
[2]不同光周期条件下谷子株高的全基因组关联分析[J]. 贾小平,张博,全建章,李剑峰,王永芳,袁玺垒. 华北农学报. 2019(04)
[3]基于全基因组重测序的大豆分子标记开发及籽粒蛋白质含量QTL定位[J]. 王嘉,曾召琼,梁建秋,于晓波,吴海英,张明荣. 中国农业科学. 2019(16)
[4]毛竹TCP基因家族全基因组鉴定与分析[J]. 刘俊,黄容,程占超,李雪平. 基因组学与应用生物学. 2018(12)
[5]矢竹地下茎转录组测序及节间生长相关基因表达分析[J]. 魏强,丁雨龙. 南京林业大学学报(自然科学版). 2017(05)
[6]毛竹NAC转录因子家族生物信息学分析[J]. 黎帮勇,胡尚连,曹颖,徐刚. 基因组学与应用生物学. 2015(08)
[7]毛竹细胞色素P450的基因组学分析[J]. 林翩翩,白有煌,周明兵. 植物生理学报. 2014(09)
[8]6种不同变异类型毛竹叶片的生理特性研究[J]. 陈建华,晏存育,王艳梅,张新明,曾翔,曹学优,贺峭. 中南林业科技大学学报. 2011(04)
[9]nr数据库分析及其本地化[J]. 邓泱泱,荔建琦,吴松锋,朱云平,陈耀文,贺福初. 计算机工程. 2006(05)
硕士论文
[1]毛竹种源及栽培变种遗传变异的AFLP和ISSR分析[D]. 阮晓赛.浙江林学院 2008
本文编号：3228471
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