利用高通量测序技术探索毛竹冬笋成笋机制

发布时间：2021-07-27 03:31

　　毛竹是我国最为重要的经济竹种,具有栽培历史悠久、种植面积广、经济价值高及生态效益显著等特点。其中竹笋是竹产业的重要产品,福建省仅2010年竹笋产量达69万吨,占全国产量41.70%,且以毛竹笋为主。毛竹笋是优良的蔬菜食品,含丰富的纤维素和蛋白质,拥有着极高的营养价值和药用价值。毛竹在不同季节会产生出春笋、鞭笋和冬笋。其中,冬笋是立秋前后由毛竹的地下茎（竹鞭）鞭芽发育而成的笋芽,冬笋产量较高,且味道鲜美,深受人们的青睐。有研究表明,在毛竹不同时期的笋其营养物质含量有所变化,冬笋高于其他时期,但冬笋发生和生长的机制尚未进行深入研究,因而本项目以研究毛竹冬笋发生机制为目标,借助第二代高通量测序技术及第三代全长转录组数据为研究手段,重点研究毛竹冬笋芽、鞭芽及鞭梢芽的基因差异表达分析,项目采用改良CTAB法和天根试剂盒提取毛竹RNA,并结合PacBio测序和二代测序（SGS）技术对毛竹冬笋芽、鞭梢芽及鞭芽的样本反转录成的全长cDNA,通过illumina 2500仪器进行PE 125bp测序,每个样品平均得到5G的数据量,通过差异表达分析,我们得到对毛竹冬笋芽、鞭梢芽及鞭芽的在各自生长时期的基因... 

【文章来源】：福建农林大学福建省

【文章页数】：70 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 绪论
    引言
        1.1.1 研究背景
        1.1.2 研究意义和目的
        1.1.3 毛竹生态学及形态学研究现状
        1.1.4 毛竹地下部分生长及分布规律
        1.1.5 毛竹基因组序列研究现状
        1.1.6 测序技术的产生、现状及前景
        1.1.7 转录组学的发展及RNA-seq技术的应用
        1.1.8 本课题研究内容
第二章 毛竹基因组测序文库制备
    2.1 取样地概况
    2.2 实验材料
    2.3 实验步骤
        2.3.1 毛竹总RNA提取
        2.3.2 RNA质量分析
        2.3.3 总RNA纯化
        2.3.4 RNA-seq文库构建
        2.3.5 转录组测序流程
            2.3.5.1 原始数据过滤
            2.3.5.2 转录组数据的分析
            2.3.5.3 BLAST比对
            2.3.5.4 ALL-Unigene功能注释及COG分类
            2.3.5.5 Unigene差异表达基因分析
            2.3.5.6 差异表达基因代谢通路分析
第三章 实验数据结果及分析
    3.1 转录组原始数据整理
        3.1.1 毛竹与拟南芥同源基因整理
    3.2 毛竹笋芽、鞭梢芽、鞭芽表达基因的拟南芥同源基因功能注释
        3.2.1 鞭梢芽与鞭芽基因的差异表达基因功能注释
        3.2.2 笋芽与鞭芽基因的差异表达基因功能注释
        3.2.3 鞭梢芽与笋芽基因的差异表达基因功能注释
    3.3 不同组织差异基因表达分析
        3.3.1 毛竹鞭梢芽与笋芽、鞭芽差异基因的比对
第四章 结论与展望
    4.1 结论
        4.1.1 COG_ONTOLOGY分析总结
        4.1.2 GOTERM_BP_FAT功能注释分析总结
        4.1.3 KEGG_PATHWAY分析总结
        4.1.4 PIR_SUPERFAMILY分析总结
    4.2 讨论
    4.3 创新性
    4.4 不足与展望
        4.4.1 不足
        4.4.2 展望
参考文献
致谢



本文编号：3304984