樟树全基因组SSR分子标记开发
发布时间：2021-09-03 18:53
樟树（Cinnamomum camphora）属于樟科（Lauraceae）樟属（Cinnamomum Trew）植物,广布于我国南方各省区。樟树分子学研究薄弱,目前尚未有关于樟树全基因组分子标记开发和应用研究的报道。本研究基于樟树全基因组序列开发了一批SSR引物,并随机挑选部分引物进行了多态性检测及在樟科其它植物中进行了通用性分析。研究结果如下:1.对樟树全基因组SSR位点的分布、频率和基元特征进行了分析。樟树的全基因组序列中,利用MISA软件共检索获得16个核苷酸重复的SSR位点114,774个,平均350bp出现1个微卫星;SSR的主要重复类型为单核苷酸和二核苷酸,分别占SSR总数的55.93%和32.19%;A/T基元和（AG）n基元为主要基元。获得了7193对SSR引物。2.樟树全基因组SSR引物多态性检测及群体遗传多样性初步分析。随机设计合成200对引物,当中61对引物在樟树5份样品中具有多态性;选择多态性较好的27对引物对3个古樟群体进行了分析,共检测到115个等位基因（na）,平均每个位点扩增出4.2593个等位基因;有效等位...
【文章来源】：江西农业大学江西省
【文章页数】：58 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
樟树在中国的分布
樟树全基因组SSR特征分析15图2-1不同核苷酸类型微卫星组分信息Fig.2-1Theinformationofdifferenttypesofnucleotidesmicrosatellite2.2.4樟树全基因组SSR基元类型及比例进一步对樟树全基因组SSR基元的组成进行分析，分析结果如图2-2，单核苷酸类型重复基元中主要是A/T，占单核苷酸基元总数的97.34%，C/G重复基元仅占2.66%；二核苷酸类型的重复基元主要是(AG)n，占二核苷酸基元总数的68.26%，其次是(AT)n和(AC)n，分别占24.38%和7.32%；在三核苷酸类型的SSR基元中，(AAG)n、(AAT)n和(ATC)n是主要基元，分别占42.49%、34.67%和8.18%。此外，四、五和六核苷酸基元类型极少，仅占SSR总数的4.36%。
樟树全基因组SSR分子标记开发16图2-2樟树全基因组SSR中不同基元类型含量比例Fig.2-2PercentageofrepeatsindifferenttypesofgenomicSSRinCinnamomumcamphora2.3小结与讨论从已获得的樟树全基因组序列中，共查找出114,774个SSR位点，对微卫星分布频率进行分析，平均350bp出现1个微卫星，说明樟树SSR位点较为丰富。1~6核苷酸重复类型均存在，但各类型分布频率差异较大，其主要重复类型是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸，四、五、六核苷酸类型重复基元数量很少，总计4.36%。生物的基因组越小，其单碱基重复序列就越多，并且随着物种的基因组增大，单碱基重复序列越少，其他碱基类型微卫星逐渐增多[90-91]。而本研究中樟树的单核苷酸SSR占55.93%，其原因可能是从樟树的全基因组重复序列开发出的SSR标记，不是从樟树基因组数据开发的SSR标记，也可能是樟树的全基因组序列与其它物种有一定差异造成的。本研究开发的SSR是以单、二核苷酸重复类型为主，这和大多数植物的研究结果是一致的。如在甜菜（Betavulgaris）[92]、黄瓜（Cucumissativus）[93]、茶树（Camelliasinensis）[94]、油茶（Camelliaoleifera）[95]、和枣（Ziziphusjujuba）[96-97]等物种中也有相似现象，而水稻[98]、海岛棉（Gossypiumbarbadense）[99]、碧桃（Amygdaluspersicavar.persicaf.duple）[100]是三碱基重复的优势重复类型，而枣[101]是六碱基重复的优势重复类型。微卫星的形成可能与DNA的重组变异有关，微卫星不同基元的重复序列可能通过影响DNA的结构而直接影响DNA的重组[102-103]，因此生物的生命活
【参考文献】：
期刊论文
[1]利用SSR标记分析44份玉米自交系的遗传多样性[J]. 赵宁娟,孟庆立,张宇文,张华锋,屈洋,胡银岗. 种子. 2015(11)
[2]山西梨属植物资源的SSR遗传多样性分析[J]. 曲永青,王然,马春晖,李鼎立,宋健坤. 北方园艺. 2015(16)
[3]广西普通油茶种质资源遗传多样性的SSR分析[J]. 张恩慧,王晓云,覃子海,赵文东,韦长江,王鹏良. 广西植物. 2016(07)
[4]枣转录组序列的微卫星特征分析[J]. 魏琦琦,林青,贾宝光,吴炼,李承想,张琳. 中南林业科技大学学报. 2015(06)
[5]碧桃花瓣转录组微卫星特征分析[J]. 马秋月,廖卓毅,张得芳,戴晓港,陈赢男,李淑娴. 南京林业大学学报(自然科学版). 2015(03)
[6]香樟的分子生物学研究进展[J]. 钟永达,胡晓建,余发新. 江西科学. 2015(02)
[7]樟树良种繁育及栽培利用研究进展[J]. 龚期绳,龚伟. 江西林业科技. 2014(06)
[8]大青属植物通用性SSR引物筛选及应用[J]. 邓绍勇,温强,李康琴,叶金山,朱培林. 中草药. 2014(22)
[9]柿EST-SSR标记在柿属植物中的通用性研究[J]. 罗纯,张青林,罗正荣. 湖北农业科学. 2014(22)
[10]樟脑型樟树组培单芽生根及移栽技术[J]. 蔡玲,吴幼媚,姚瑞玲,黄金使,易平. 林业科技开发. 2014(04)
博士论文
[1]基于AFLP和SSR分子标记的中国杨梅遗传多样性分析[D]. 张水明.浙江大学 2009
[2]水稻糙米蛋白质含量的QTL定位及香稻的资源研究[D]. 张涛.四川农业大学 2007
[3]水稻RIL群体SSR标记遗传图谱构建和耐冷相关性状QTL的定位[D]. 王付华.南京农业大学 2006
硕士论文
[1]枣基因组SSR位点特征分析及引物开发[D]. 肖京.河北农业大学 2014
[2]浙江楠EST-SSR标记开发及天然种群遗传多样性研究[D]. 丁亚军.浙江农林大学 2014
[3]杜仲全基因组SSR标记开发及遗传多样性评价[D]. 吴敏.中国林业科学研究院 2014
[4]鹅掌楸EST-SSR引物大规模开发及应用[D]. 汪洁.南京林业大学 2013
[5]杉木EST-SSR标记的开发与应用[D]. 张圣.浙江农林大学 2013
[6]江西古樟遗传与形态多样性的初步研究[D]. 黄萌.江西农业大学 2013
[7]大豆曲茎性状基因定位、表达谱及候选基因功能分析[D]. 孔杰杰.南京农业大学 2012
[8]陆地棉重组近交系群体SSR标记遗传图谱构建与产量性状QTL定位[D]. 倪会娟.西南大学 2011
[9]红楠群体遗传多样性及优良种源选择[D]. 姜荣波.中国林业科学研究院 2011
[10]利用形态学标记和SSR分子标记分析茄子种质资源遗传多样性[D]. 韩洪强.上海交通大学 2009
本文编号：3381670
【文章来源】：江西农业大学江西省
【文章页数】：58 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
樟树在中国的分布
樟树全基因组SSR特征分析15图2-1不同核苷酸类型微卫星组分信息Fig.2-1Theinformationofdifferenttypesofnucleotidesmicrosatellite2.2.4樟树全基因组SSR基元类型及比例进一步对樟树全基因组SSR基元的组成进行分析，分析结果如图2-2，单核苷酸类型重复基元中主要是A/T，占单核苷酸基元总数的97.34%，C/G重复基元仅占2.66%；二核苷酸类型的重复基元主要是(AG)n，占二核苷酸基元总数的68.26%，其次是(AT)n和(AC)n，分别占24.38%和7.32%；在三核苷酸类型的SSR基元中，(AAG)n、(AAT)n和(ATC)n是主要基元，分别占42.49%、34.67%和8.18%。此外，四、五和六核苷酸基元类型极少，仅占SSR总数的4.36%。
樟树全基因组SSR分子标记开发16图2-2樟树全基因组SSR中不同基元类型含量比例Fig.2-2PercentageofrepeatsindifferenttypesofgenomicSSRinCinnamomumcamphora2.3小结与讨论从已获得的樟树全基因组序列中，共查找出114,774个SSR位点，对微卫星分布频率进行分析，平均350bp出现1个微卫星，说明樟树SSR位点较为丰富。1~6核苷酸重复类型均存在，但各类型分布频率差异较大，其主要重复类型是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸，四、五、六核苷酸类型重复基元数量很少，总计4.36%。生物的基因组越小，其单碱基重复序列就越多，并且随着物种的基因组增大，单碱基重复序列越少，其他碱基类型微卫星逐渐增多[90-91]。而本研究中樟树的单核苷酸SSR占55.93%，其原因可能是从樟树的全基因组重复序列开发出的SSR标记，不是从樟树基因组数据开发的SSR标记，也可能是樟树的全基因组序列与其它物种有一定差异造成的。本研究开发的SSR是以单、二核苷酸重复类型为主，这和大多数植物的研究结果是一致的。如在甜菜（Betavulgaris）[92]、黄瓜（Cucumissativus）[93]、茶树（Camelliasinensis）[94]、油茶（Camelliaoleifera）[95]、和枣（Ziziphusjujuba）[96-97]等物种中也有相似现象，而水稻[98]、海岛棉（Gossypiumbarbadense）[99]、碧桃（Amygdaluspersicavar.persicaf.duple）[100]是三碱基重复的优势重复类型，而枣[101]是六碱基重复的优势重复类型。微卫星的形成可能与DNA的重组变异有关，微卫星不同基元的重复序列可能通过影响DNA的结构而直接影响DNA的重组[102-103]，因此生物的生命活
【参考文献】：
期刊论文
[1]利用SSR标记分析44份玉米自交系的遗传多样性[J]. 赵宁娟,孟庆立,张宇文,张华锋,屈洋,胡银岗. 种子. 2015(11)
[2]山西梨属植物资源的SSR遗传多样性分析[J]. 曲永青,王然,马春晖,李鼎立,宋健坤. 北方园艺. 2015(16)
[3]广西普通油茶种质资源遗传多样性的SSR分析[J]. 张恩慧,王晓云,覃子海,赵文东,韦长江,王鹏良. 广西植物. 2016(07)
[4]枣转录组序列的微卫星特征分析[J]. 魏琦琦,林青,贾宝光,吴炼,李承想,张琳. 中南林业科技大学学报. 2015(06)
[5]碧桃花瓣转录组微卫星特征分析[J]. 马秋月,廖卓毅,张得芳,戴晓港,陈赢男,李淑娴. 南京林业大学学报(自然科学版). 2015(03)
[6]香樟的分子生物学研究进展[J]. 钟永达,胡晓建,余发新. 江西科学. 2015(02)
[7]樟树良种繁育及栽培利用研究进展[J]. 龚期绳,龚伟. 江西林业科技. 2014(06)
[8]大青属植物通用性SSR引物筛选及应用[J]. 邓绍勇,温强,李康琴,叶金山,朱培林. 中草药. 2014(22)
[9]柿EST-SSR标记在柿属植物中的通用性研究[J]. 罗纯,张青林,罗正荣. 湖北农业科学. 2014(22)
[10]樟脑型樟树组培单芽生根及移栽技术[J]. 蔡玲,吴幼媚,姚瑞玲,黄金使,易平. 林业科技开发. 2014(04)
博士论文
[1]基于AFLP和SSR分子标记的中国杨梅遗传多样性分析[D]. 张水明.浙江大学 2009
[2]水稻糙米蛋白质含量的QTL定位及香稻的资源研究[D]. 张涛.四川农业大学 2007
[3]水稻RIL群体SSR标记遗传图谱构建和耐冷相关性状QTL的定位[D]. 王付华.南京农业大学 2006
硕士论文
[1]枣基因组SSR位点特征分析及引物开发[D]. 肖京.河北农业大学 2014
[2]浙江楠EST-SSR标记开发及天然种群遗传多样性研究[D]. 丁亚军.浙江农林大学 2014
[3]杜仲全基因组SSR标记开发及遗传多样性评价[D]. 吴敏.中国林业科学研究院 2014
[4]鹅掌楸EST-SSR引物大规模开发及应用[D]. 汪洁.南京林业大学 2013
[5]杉木EST-SSR标记的开发与应用[D]. 张圣.浙江农林大学 2013
[6]江西古樟遗传与形态多样性的初步研究[D]. 黄萌.江西农业大学 2013
[7]大豆曲茎性状基因定位、表达谱及候选基因功能分析[D]. 孔杰杰.南京农业大学 2012
[8]陆地棉重组近交系群体SSR标记遗传图谱构建与产量性状QTL定位[D]. 倪会娟.西南大学 2011
[9]红楠群体遗传多样性及优良种源选择[D]. 姜荣波.中国林业科学研究院 2011
[10]利用形态学标记和SSR分子标记分析茄子种质资源遗传多样性[D]. 韩洪强.上海交通大学 2009
本文编号：3381670
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