基于转录组测序的马尾松SSR标记开发及种质遗传多样性评价
发布时间：2021-10-15 22:17
马尾松（Pinus massoniana）是我国南方最主要的优质针叶用材树种之一,其用材林面积居全国首位。目前,已有多种分子标记技术用于马尾松遗传多样性评价,但尚无基于马尾松转录组序列的共显性遗传标记,无法满足分子标记辅助育种的需要。为了全面解析马尾松种质的遗传信息,利用转录组数据开发SSR标记,是较为经济高效的DNA分子标记技术。本文在马尾松转录组测序的基础上,分析了转录组序列中的分布类型及特征,设计合成SSR引物,开发出共显性标记,并对143份种质的遗传多样性、亲缘关系、群体内和群体间分化程度、群体遗传结构等开展了系统研究,旨在为马尾松种质资源的收集、保存和遗传育种提供参考。主要结果如下:1)自主开发了基于马尾松转录组测序的SSR引物。在获得的70,896条基因簇（Unigene）中共检测出3,329个SSR位点,分布在3,074条Unigenes上,发生频率为4.69%,平均距离为20.94 kb。转录组中优势重复基序为单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸,优势重复基元分别是A/T、AAG/CTT、AT/AT。设计合成的200对引物中引物扩增率为78.5%,引物目的片段长度在100-50...
【文章来源】：贵州大学贵州省 211工程院校
【文章页数】：88 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
技术路线
28(f)五核苷酸 Pentanucleotide SSR (g)六核苷酸 Hexanucleotide SSR图 2-1 SSR 的重复类型及各类核苷酸重复基元Figure 2-1 Repeat types of SSR and various nucleotide repeat primers
.3.3 模板DNA和引物浓度对SSR反应体系的影响8 种不同 DNA 和引物浓度组合的 SSR-PCR 扩增结果显示，除了引物 Pms49物为 0.2 μL，DNA 分别为 0.5 μL 和 1 μL 时（A1、A2 甬道）扩增出的条带不晰外，其余各组合均能扩增出较为清晰的条带，但扩增的条带数目和质量在组出现一定的差异，这种差异有的比较明显。如引物 Pms49 在模板 DNA 均为 1 μ物分别为 0.3 μL 和 0.5 μL（A4 与 A6 甬道）时，0.5 μL 较 0.3 μL 有拖尾现象，能是多余的引物没有 DNA 可结合形成的引物二聚体；而当引物量为 0.3 μL，D别为 0.5 μL 和 1 μL（A3 与 A4 甬道）时，0.5 μL 较 1 μL 条带不够清晰。即当 Pms49 的 DNA 为 1 μL，引物为 0.3 μL 时扩增效果最好；同样，引物 Pms544 甬道扩增效果最好（DNA 同样为 1 μL，引物为 0.3 μL）（图 2-3）。最终确定SR-PCR 反应体系如表 2-7 所示。
【参考文献】：
期刊论文
[1]不同地域马尾松优良无性系ISSR遗传多样性分析[J]. 崔博文,范付华,丁贵杰,谢维斌,杨章旗,洪永辉,文晓鹏. 种子. 2016(09)
[2]贵州杜仲栽培群体遗传多样性及亲缘关系的SSR分析[J]. 林开勤,李岩,邹冰杰,张天缘,何选泽,赵德刚. 基因组学与应用生物学. 2016(06)
[3]基于马尾松反转录转座子序列的IRAP分子标记开发及应用[J]. 崔博文,范付华,丁贵杰,杨章旗,文晓鹏. 林业科学研究. 2016(03)
[4]油松胚珠转录组微卫星特征分析[J]. 安俊,郑彩霞,姚阳,陈彬丽. 北京林业大学学报. 2016(05)
[5]马尾松PmLFY和PmNLY基因的克隆与表达分析[J]. 陈虎,杨章旗,徐慧兰,吴东山,罗群风,白天道. 分子植物育种. 2015(11)
[6]转录组测序技术在生物测序中的应用研究进展[J]. 贾昌路,张瑶,朱玲,张锐. 分子植物育种. 2015(10)
[7]不同种源马尾松ISSR遗传结构及影响因素分析[J]. 杜明凤,丁贵杰. 广西植物. 2016(09)
[8]云南松转录组SSR的分布及其序列特征[J]. 蔡年辉,许玉兰,徐杨,邓丽丽,周丽,王大玮,何承忠,段安安. 云南大学学报(自然科学版). 2015(05)
[9]红松转录组SSR分析及EST-SSR标记开发[J]. 张振,张含国,莫迟,张磊. 林业科学. 2015(08)
[10]基于SSR标记的六倍体小黑麦遗传多样性分析[J]. 胡立芹,张超,徐林涛,张一铎,马莹雪,王洪刚. 植物遗传资源学报. 2015(04)
博士论文
[1]马尾松种质资源分子评价与体胚发育技术研究[D]. 杨模华.中南林业科技大学 2012
[2]马尾松材性与产脂性状遗传改良研究[D]. 杨章旗.北京林业大学 2012
硕士论文
[1]杜仲全基因组SSR标记开发及遗传多样性评价[D]. 吴敏.中国林业科学研究院 2014
[2]杜仲EST-SSR引物开发及遗传多样性研究[D]. 黄海燕.中国林业科学研究院 2013
[3]基于转录组信息的百合SSR标记开发及种质分子鉴定研究[D]. 葛亮.中国农业科学院 2012
[4]马尾松优良家系遗传多样性的ISSR及EST-SSR研究[D]. 邵俊培.中南林业科技大学 2012
[5]马尾松与黄山松种间基因渐渗研究[D]. 阎毛毛.南京林业大学 2011
[6]吉林天然红松林遗传多样性的ISSR分析[D]. 贾俊玲.辽宁师范大学 2011
[7]湖南马尾松种子园遗传多样性研究[D]. 杨玉洁.中南林业科技大学 2010
[8]利用SSR标记和大配子体构建马尾松遗传图谱[D]. 蔡娟娟.南京林业大学 2009
[9]油松遗传多样性与空间遗传结构研究[D]. 郝真真.山西大学 2009
[10]马尾松1.5代无性系种子园花量调查与遗传多样性分析[D]. 张小琴.南京林业大学 2008
本文编号：3438714
【文章来源】：贵州大学贵州省 211工程院校
【文章页数】：88 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
技术路线
28(f)五核苷酸 Pentanucleotide SSR (g)六核苷酸 Hexanucleotide SSR图 2-1 SSR 的重复类型及各类核苷酸重复基元Figure 2-1 Repeat types of SSR and various nucleotide repeat primers
.3.3 模板DNA和引物浓度对SSR反应体系的影响8 种不同 DNA 和引物浓度组合的 SSR-PCR 扩增结果显示，除了引物 Pms49物为 0.2 μL，DNA 分别为 0.5 μL 和 1 μL 时（A1、A2 甬道）扩增出的条带不晰外，其余各组合均能扩增出较为清晰的条带，但扩增的条带数目和质量在组出现一定的差异，这种差异有的比较明显。如引物 Pms49 在模板 DNA 均为 1 μ物分别为 0.3 μL 和 0.5 μL（A4 与 A6 甬道）时，0.5 μL 较 0.3 μL 有拖尾现象，能是多余的引物没有 DNA 可结合形成的引物二聚体；而当引物量为 0.3 μL，D别为 0.5 μL 和 1 μL（A3 与 A4 甬道）时，0.5 μL 较 1 μL 条带不够清晰。即当 Pms49 的 DNA 为 1 μL，引物为 0.3 μL 时扩增效果最好；同样，引物 Pms544 甬道扩增效果最好（DNA 同样为 1 μL，引物为 0.3 μL）（图 2-3）。最终确定SR-PCR 反应体系如表 2-7 所示。
【参考文献】：
期刊论文
[1]不同地域马尾松优良无性系ISSR遗传多样性分析[J]. 崔博文,范付华,丁贵杰,谢维斌,杨章旗,洪永辉,文晓鹏. 种子. 2016(09)
[2]贵州杜仲栽培群体遗传多样性及亲缘关系的SSR分析[J]. 林开勤,李岩,邹冰杰,张天缘,何选泽,赵德刚. 基因组学与应用生物学. 2016(06)
[3]基于马尾松反转录转座子序列的IRAP分子标记开发及应用[J]. 崔博文,范付华,丁贵杰,杨章旗,文晓鹏. 林业科学研究. 2016(03)
[4]油松胚珠转录组微卫星特征分析[J]. 安俊,郑彩霞,姚阳,陈彬丽. 北京林业大学学报. 2016(05)
[5]马尾松PmLFY和PmNLY基因的克隆与表达分析[J]. 陈虎,杨章旗,徐慧兰,吴东山,罗群风,白天道. 分子植物育种. 2015(11)
[6]转录组测序技术在生物测序中的应用研究进展[J]. 贾昌路,张瑶,朱玲,张锐. 分子植物育种. 2015(10)
[7]不同种源马尾松ISSR遗传结构及影响因素分析[J]. 杜明凤,丁贵杰. 广西植物. 2016(09)
[8]云南松转录组SSR的分布及其序列特征[J]. 蔡年辉,许玉兰,徐杨,邓丽丽,周丽,王大玮,何承忠,段安安. 云南大学学报(自然科学版). 2015(05)
[9]红松转录组SSR分析及EST-SSR标记开发[J]. 张振,张含国,莫迟,张磊. 林业科学. 2015(08)
[10]基于SSR标记的六倍体小黑麦遗传多样性分析[J]. 胡立芹,张超,徐林涛,张一铎,马莹雪,王洪刚. 植物遗传资源学报. 2015(04)
博士论文
[1]马尾松种质资源分子评价与体胚发育技术研究[D]. 杨模华.中南林业科技大学 2012
[2]马尾松材性与产脂性状遗传改良研究[D]. 杨章旗.北京林业大学 2012
硕士论文
[1]杜仲全基因组SSR标记开发及遗传多样性评价[D]. 吴敏.中国林业科学研究院 2014
[2]杜仲EST-SSR引物开发及遗传多样性研究[D]. 黄海燕.中国林业科学研究院 2013
[3]基于转录组信息的百合SSR标记开发及种质分子鉴定研究[D]. 葛亮.中国农业科学院 2012
[4]马尾松优良家系遗传多样性的ISSR及EST-SSR研究[D]. 邵俊培.中南林业科技大学 2012
[5]马尾松与黄山松种间基因渐渗研究[D]. 阎毛毛.南京林业大学 2011
[6]吉林天然红松林遗传多样性的ISSR分析[D]. 贾俊玲.辽宁师范大学 2011
[7]湖南马尾松种子园遗传多样性研究[D]. 杨玉洁.中南林业科技大学 2010
[8]利用SSR标记和大配子体构建马尾松遗传图谱[D]. 蔡娟娟.南京林业大学 2009
[9]油松遗传多样性与空间遗传结构研究[D]. 郝真真.山西大学 2009
[10]马尾松1.5代无性系种子园花量调查与遗传多样性分析[D]. 张小琴.南京林业大学 2008
本文编号：3438714
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