三种泡桐幼苗丛枝病发生相关的miRNA筛选及验证
发布时间：2022-01-02 16:00
泡桐是我国重要的速生用材树种之一,在我国生态环境改善,保障粮食生产安全这方面起着重要的作用。然而,由于泡桐丛枝病（Paulownia Witches Broom,PaWB）的危害,给泡桐产业的经济发展造成巨大的损失。丛枝病的发生是由植原体（Paulownia Witches Phytoplasma）引起的毁灭性病害,因为植原体难以体外培养,到目前为止丛枝病发生的分子机制仍不清楚。植物miRNAs作为一种重要的调控因子,在转录后水平调节基因的表达。本研究是国内外首次基于泡桐基因组对白花泡桐、毛泡桐和豫杂一号泡桐中响应丛枝病的mi RNA进行研究,通过高通量测序鉴定出了泡桐中与丛枝病发生相关mi RNAs;同时利用TargetFinder软件预测和降解组分析的方法鉴定响应丛枝病相关miRNA的靶基因。然后采用qRT-PCR方法验证了测序结果的准确性,以及分析了mi RNAs和其靶基因的表达模式。该研究结果为全面揭示泡桐丛枝病发生的分子机制鉴定了基础,同时也为植原体病害防治技术的研究、为泡桐新品种培育研究等方面提供了十分重要的参考价值。本研究以白花泡桐、毛泡桐以及杂交种豫杂一号泡桐的健康苗、...
【文章来源】：河南农业大学河南省
【文章页数】：97 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
技术路线Fig.2Technologyroadmap
图 3 Small RNATreuSeq 建库流程图Fig. 3 TruSeq experiment process3.4.3 小分子 RNA 的测序数据分析流程miRNA 数据分析是由联川生物自主开发的 ACGT101-miR（LC Sciences, Houston, Texas,USA） 软件进行分析，ACGT101-miR （LC Sciences, Houston, Texas, USA）总体的分析流程如下图 4：
15图 4 小 RNA 数据分析流程Fig. 4 A workflow bioinformatics analysis of small RNA sequencing言之，通过 Illumina FastQC 对测序得到的原始序列（raw reads）进行数获取 Q30 数据后，通过一系列数据处理，将垃圾序列（3’、5’接头、污染oyA（N 特征序列）进行过滤，接着通过长度筛选，去除碱基长度小于 18n状况有助于我们对 small RNA 的种类进行初步判断，再将剩余序列比对各列（不包含 miRNA），如 mRNA、RFam（筛选和去除同 rRNA, scRNA, tRNA 等相关的序列）和 Repbase（重复序列，筛选和去除同 repeat 相关的据上述步骤过滤后所剩余的测序序列（NoAnnotation），通过 Bowtie 比对到库中，对于比对上的序列，进一步通过与泡桐基因组比对，比对上的序列RNA，比对不上的序列，则用于预测新 miRNA，这些鉴定到的已知 miRN
【参考文献】：
期刊论文
[1]杨树LAR基因的克隆及表达对儿茶素合成的影响[J]. 左涛,包海,陈慧,苏衍修,常聚普,郭利民,贺伟,王延伟. 中南林业科技大学学报. 2016(12)
[2]光敏色素互作因子PIFs是整合多种信号调控植物生长发育的核心元件[J]. 杨剑飞,王宇,杨琳,李玉花. 植物生理学报. 2014(08)
[3]泡桐的microRNAs及其功能预测[J]. 牛苏燕,范国强,赵振利,邓敏捷,董焱鹏. 林业科学. 2013(11)
[4]MicroRNA靶基因的高通量鉴定方法[J]. 陈灵锋,张均平,王明席. 中国生物化学与分子生物学报. 2013(03)
[5]硫酸二甲酯对毛泡桐丛枝病幼苗植原体及SSR扩增位点的影响[J]. 范国强,赵改丽,翟晓巧,曹喜兵. 南京林业大学学报(自然科学版). 2012(03)
[6]枣疯病植原体对枣树叶绿素及几种保护性酶的影响[J]. 刘雅倩,彭龙,宁强,赵锦,刘孟军. 华北农学报. 2012(02)
[7]甲基磺酸甲酯处理毛泡桐丛枝病幼苗的形态变化及SSR分析[J]. 曹喜兵,范国强,翟晓巧. 植物病理学报. 2012(02)
[8]桑树病原原核生物及其病害的研究进展（Ⅰ）[J]. 蒯元璋. 蚕业科学. 2012(01)
[9]硫酸二甲酯对白花泡桐丛枝病幼苗形态变化及DNA碱基序列的影响[J]. 赵改丽,赵振利,范国强,曹喜兵. 河南农业大学学报. 2011(03)
[10]Salicylic Acid and its Function in Plant Immunity[J]. Chuanfu An and Zhonglin Mou Department of Microbiology and Cell Science,University of Florida,Gainesville,FL 32611,USA. Journal of Integrative Plant Biology. 2011(06)
博士论文
[1]泡桐丛枝植原体胸苷酸激酶及tRNA-异戊烯基焦磷酸转移酶基因研究[D]. 宋传生.中国林业科学研究院 2014
硕士论文
[1]植原体侵染对桑树miRNAs表达谱和代谢组的影响研究[D]. 韩雪娟.山东农业大学 2013
本文编号：3564467
【文章来源】：河南农业大学河南省
【文章页数】：97 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
技术路线Fig.2Technologyroadmap
图 3 Small RNATreuSeq 建库流程图Fig. 3 TruSeq experiment process3.4.3 小分子 RNA 的测序数据分析流程miRNA 数据分析是由联川生物自主开发的 ACGT101-miR（LC Sciences, Houston, Texas,USA） 软件进行分析，ACGT101-miR （LC Sciences, Houston, Texas, USA）总体的分析流程如下图 4：
15图 4 小 RNA 数据分析流程Fig. 4 A workflow bioinformatics analysis of small RNA sequencing言之，通过 Illumina FastQC 对测序得到的原始序列（raw reads）进行数获取 Q30 数据后，通过一系列数据处理，将垃圾序列（3’、5’接头、污染oyA（N 特征序列）进行过滤，接着通过长度筛选，去除碱基长度小于 18n状况有助于我们对 small RNA 的种类进行初步判断，再将剩余序列比对各列（不包含 miRNA），如 mRNA、RFam（筛选和去除同 rRNA, scRNA, tRNA 等相关的序列）和 Repbase（重复序列，筛选和去除同 repeat 相关的据上述步骤过滤后所剩余的测序序列（NoAnnotation），通过 Bowtie 比对到库中，对于比对上的序列，进一步通过与泡桐基因组比对，比对上的序列RNA，比对不上的序列，则用于预测新 miRNA，这些鉴定到的已知 miRN
【参考文献】：
期刊论文
[1]杨树LAR基因的克隆及表达对儿茶素合成的影响[J]. 左涛,包海,陈慧,苏衍修,常聚普,郭利民,贺伟,王延伟. 中南林业科技大学学报. 2016(12)
[2]光敏色素互作因子PIFs是整合多种信号调控植物生长发育的核心元件[J]. 杨剑飞,王宇,杨琳,李玉花. 植物生理学报. 2014(08)
[3]泡桐的microRNAs及其功能预测[J]. 牛苏燕,范国强,赵振利,邓敏捷,董焱鹏. 林业科学. 2013(11)
[4]MicroRNA靶基因的高通量鉴定方法[J]. 陈灵锋,张均平,王明席. 中国生物化学与分子生物学报. 2013(03)
[5]硫酸二甲酯对毛泡桐丛枝病幼苗植原体及SSR扩增位点的影响[J]. 范国强,赵改丽,翟晓巧,曹喜兵. 南京林业大学学报(自然科学版). 2012(03)
[6]枣疯病植原体对枣树叶绿素及几种保护性酶的影响[J]. 刘雅倩,彭龙,宁强,赵锦,刘孟军. 华北农学报. 2012(02)
[7]甲基磺酸甲酯处理毛泡桐丛枝病幼苗的形态变化及SSR分析[J]. 曹喜兵,范国强,翟晓巧. 植物病理学报. 2012(02)
[8]桑树病原原核生物及其病害的研究进展（Ⅰ）[J]. 蒯元璋. 蚕业科学. 2012(01)
[9]硫酸二甲酯对白花泡桐丛枝病幼苗形态变化及DNA碱基序列的影响[J]. 赵改丽,赵振利,范国强,曹喜兵. 河南农业大学学报. 2011(03)
[10]Salicylic Acid and its Function in Plant Immunity[J]. Chuanfu An and Zhonglin Mou Department of Microbiology and Cell Science,University of Florida,Gainesville,FL 32611,USA. Journal of Integrative Plant Biology. 2011(06)
博士论文
[1]泡桐丛枝植原体胸苷酸激酶及tRNA-异戊烯基焦磷酸转移酶基因研究[D]. 宋传生.中国林业科学研究院 2014
硕士论文
[1]植原体侵染对桑树miRNAs表达谱和代谢组的影响研究[D]. 韩雪娟.山东农业大学 2013
本文编号：3564467
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