基于微卫星分子标记的箭竹物种复合体的遗传多样性研究

发布时间：2022-02-17 05:34

　　箭竹属隶属于禾本科竹亚科北美箭竹族,课题组前期基于3个叶绿体基因片段、核基因rpb2和nrITS的分子系统学研究结果表明,该属分为具佛焰苞支和无佛焰苞支。具佛焰苞支由15个竹种组成,我们称之为箭竹物种复合体,其突出的形态学特点是:花序缩短,花序下包被有一组佛焰苞状的叶鞘,小穗从花序一侧伸出,花具3枚柱头,竹竿无纵肋且表面无刺毛。主要分布于四川北部、陕西南部、甘肃、宁夏、贵州、湖北和河南等地。复合体内各竹种间的区别主要依赖于营养器官的形态学特征,但在很多形态学特征上在种间存在着不同程度的过渡,物种划分非常困难;分子系统学研究结果表明,复合体内物种间的界限不清。因此,本研究利用微卫星分子标记研究箭竹物种复合体的遗传多样性,进而讨论该物种复合体内基于营养器官进行的竹种分类的合理性及可能原因,并根据具体情况进行分类学处理。本论文基于箭竹物种复合体内的4个竹种的全基因组高通量测序结果,开发了 14对微卫星分子标记,这些分子标记的研究结果显示,在箭竹物种复合体的总居群水平上其多态性百分率（PPL）均值为83.515%,在15个竹种的750个个体共检测到103个等位基因,14个微卫星位点的平均多态性... 

【文章来源】：陕西师范大学陕西省211工程院校教育部直属院校

【文章页数】：96 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第1章 前言
    1.1 箭竹属的研究背景
        1.1.1 箭竹属的分类
        1.1.2 箭竹物种复合体
    1.2 遗传多样性与遗传结构
        1.2.1 遗传多样性
        1.2.2 遗传结构
        1.2.3 植物遗传多样性的研究方法
    1.3 遗传多样性和遗传分化的基本参数
    1.4 SSR分子标记
        1.4.1 SSR分子标记的相关概念及原理
        1.4.2 SSR分子标记开发方法
        1.4.3 SSR标记的特点及应用
        1.4.4 SSR分子标记在竹类植物中的应用
    1.5 研究目的与意义
第2章 材料与方法
    2.1 微卫星序列筛选
        2.1.2 序列组装
        2.1.3 微卫星位点的查找与引物设计
    2.2 材料与方法
        2.2.1 DNA样品采集
        2.2.2 试剂与仪器
    2.3 总DNA提取与PCR扩增
        2.3.1 总DNA的提取
        2.3.2 DNA的质量检测
        2.3.3 PCR引物的合成
        2.3.4 PCR扩增
    2.4 数据分析
        2.4.1 数据整理
        2.4.2 哈迪-温伯格平衡检测
        2.4.3 连锁不平衡分析
        2.4.4 遗传多样性参数计算
        2.4.5 居群遗传分化分析
        2.4.6 居群遗传结构分析
        2.4.7 空间遗传结构分析
第3章 结果
    3.1 箭竹复合体居群水平的哈迪温-伯格平衡
    3.2 微卫星序列的连锁不平衡检测
    3.3 箭竹物种复合体遗传多样性的结果
    3.4 遗传距离和遗传一致性
    3.5 微卫星水平的遗传多样性
    3.6 箭竹物种复合体遗传结构分析
        3.6.1 系统聚类分析
        3.6.2 主坐标分析
        3.6.3 贝叶斯遗传结构聚类分析
    3.7 分子方差分析
    3.8 箭竹物种复合体形态学性状演化分析
    3.9 箭竹物种复合体群体动态历史
        3.9.1 地理隔离效应(IBD)检测
        3.9.2 瓶颈效应的检测
第4章 讨论
    4.1 微卫星位点遗传多样性
    4.2 箭竹物种复合体遗传多样性
    4.3 箭竹物种复合体的遗传结构分析
    4.4 箭竹物种复合体物种重新划分
参考文献
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]竹子叶绿体基因组SSR分子标记的开发及其应用[J]. 杨丽,赵韩生,彭镇华,董丽莉,高志民.  热带亚热带植物学报. 2014(03)
[2]筛选微卫星位点的改进方法[J]. 谭春敏,徐永涛,周智红.  科技信息. 2014(13)
[3]中国新疆灰叶胡杨群体遗传多样性的SSR分析[J]. 张玲,焦培培,李志军.  生态学杂志. 2012(11)
[4]微卫星位点获取方法的研究进展[J]. 孙波,鲍毅新,赵庆洋,张龙龙,胡知渊.  生态学杂志. 2009(10)
[5]毛竹基因组大小测定[J]. 李潞滨,武静宇,胡陶,杨学文,彭镇华.  植物学通报. 2008(05)
[6]毛竹种源遗传多样性的AFLP和ISSR分析[J]. 阮晓赛,林新春,娄永峰,郭小勤,方伟,陈存及.  浙江林业科技. 2008(02)
[7]植物基因组中的连锁不平衡[J]. 王荣焕,王天宇,黎裕.  遗传. 2007(11)
[8]微卫星位点筛选方法综述[J]. 曾庆国,陈艺燕.  生态科学. 2005(04)
[9]植物不同种属间共用微卫星引物的研究[J]. 王丽,赵桂仿.  西北植物学报. 2005(08)
[10]用水稻微卫星引物进行竹子分子系统学研究初探[J]. 李淑娴,尹佟明,邹惠渝,丁雨龙,黄敏仁.  林业科学. 2002(03)

博士论文
[1]箭竹属（禾本科：竹亚科）分子系统学研究[D]. 张雨曲.陕西师范大学 2016
[2]中国特有属植物——马蹄香（Saruma henryi Oliv.）的分子谱系地理学与遗传多样性研究[D]. 周天华.西北大学 2010
[3]孝顺竹遗传多样性、再生体系构建及杂交育种研究[D]. 袁金玲.中国林业科学研究院 2010

硕士论文
[1]长白耧斗菜复合体的遗传结构研究[D]. 庞迪.东北师范大学 2013
[2]毛竹EST-SSR标记的开发和利用[D]. 吴妙丹.浙江农林大学 2010
[3]毛竹微卫星标记的开发及其在竹类植物基因组分析中的应用[D]. 卢江杰.浙江林学院 2009
[4]糙花少穗竹天然居群遗传多样性研究[D]. 杨志坚.福建农林大学 2006
[5]毛竹（Phyllostachys edulis）遗传多样性研究[D]. 张守锋.南京林业大学 2005



本文编号：3628980