银杏叶片长链非编码RNA的鉴定和分析
发布时间：2022-10-03 16:38
银杏（Ginkgo biloba L.）,裸子植物,叶片秋季变为金黄色,是重要的园林观赏树种。此外,银杏叶片还含有多种有效成分,又是重要的经济树种。长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）是广泛存在的一类长度大于200个核苷酸且不具备编码蛋白功能的非编码RNA调控分子,在生长发育、育性、生物和非生物逆境响应和其他生物过程中起重要作用。lncRNA在多个层面上通过目标模仿、转录干扰、甲基化等机制调控真核生物基因表达。随着高通量测序技术发展,越来越多的植物lncRNA被鉴定,并发现在植物生长发育等方面发挥重要作用,已成为新的研究热点。然而迄今为止在裸子植物银杏中lncRNA还未有报道。本研究以银杏7个发育时期的叶片为试验材料,通过链特异性建库、双端高通量测序、基因组比对和拼接、lncRNA筛选等技术,鉴定和分析了银杏叶片中lncRNA的长度、表达量、外显子等基本特征以及靶基因功能分析。尤其进一步比较和分析了叶色转变期的差异lncRNA及其靶基因功能。主要取得结果如下:（1）将7个不同发育阶段的银杏叶片总RNA等量混合,RNA样品检测合格后,通过去除样品rRN...
【文章页数】：73 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
英文缩写及中英文对照表
第一章 文献综述
1.1 长链非编码RNA的发现、来源及研究现状
1.2 LncRNA的定义及特征
1.3 LncRNA的作用方式
1.4 LncRNA在植物中的功能
1.4.1 LncRNA参与调控植物的生长发育和生殖发育
1.4.2 LncRNA参与调控植物激素信号转导
1.4.3 LncRNA参与调控植株响应外界胁迫
1.5 LncRNA的研究方法
1.5.1 基于EST鉴定lncRNA
1.5.2 基于cDNA测序方法鉴定lncRNA
1.5.3 RNA-seq测序鉴定lncRNA
1.5.4 基于特征的计算机预测
1.6 LncRNA数据库
1.7 银杏叶片非编码RNA的研究情况
1.8 本研究的目的与意义
第二章 银杏叶片发育长链非编码RNA的鉴定和分析
2.1 材料与方法
2.1.1植物材料
2.1.2 主要试剂和仪器
2.1.3 RNA提取和检测
2.1.4 文库制备与基因组测序及质控
2.1.5 拼接组装、注释
2.1.6 候选lncRNA的筛选
2.1.7 功能分析
2.1.8 LncRNA-miRNA- mRNA网络的构建相互作用研究
2.1.9 序列验证实验方法
2.1.10 实时荧光定量PCR
2.2 结果与分析
2.2.1 新的lncRNA的鉴定
2.2.2 LncRNA的筛选
2.2.3 LncRNA基本特征分析
2.2.4 LncRNA功能注释分析
2.2.5 LncRNA作为miRNA靶基因或前体
2.2.6 LncRNA组织和发育阶段特异性
2.3 讨论
2.3.1 LncRNA预测流程的可行性分析
2.3.2 LncRNA特征分析
2.3.3 LncRNA功能分析
2.3.4 LncRNA组织特异性
第三章 银杏叶色变化过程中的长链非编码RNA的鉴定和分析
3.1 材料与方法
3.1.1 转录组测序和数据处理
3.1.2 利用生物信息学方法进行lncRNA筛选
3.1.3 银杏lncRNA的特征分析
3.1.4 LncRNA的靶基因预测
3.1.5 差异lncRNA的鉴定、功能分析
3.2 结果与分析
3.2.1 银杏叶片转色期lncRNA的筛选
3.2.2 LncRNA的长度和外显子个数分布
3.2.3 差异lncRNA的表达特点
3.2.4 差异lncRNA靶基因KEGG富集分析
3.2.5 银杏lncRNA的靶基因预测、GO功能注释
3.3 讨论
3.3.1 基于转录组数据进行lncRNA鉴定
3.3.2 测序获得的lncRNA的可信度
3.3.3 LncRNA参与银杏叶片的生长发育
参考文献
致谢
在学期间发表的学术论文
【参考文献】：
期刊论文
[1]拟南芥lncRNA-At5NC056820过表达载体构建及其转基因植株的抗旱性研究[J]. 毋若楠,王红,杨成成,王争艳,武永军. 西北植物学报. 2017(10)
[2]A long noncoding RNA involved in rice reproductive development by negatively regulating osa-miR160[J]. Meng Wang,Hua-Jun Wu,Jun Fang,Chengcai Chu,Xiu-Jie Wang. Science Bulletin. 2017(07)
[3]长非编码RNA研究进展及其在油棕环境适应中的调控作用[J]. 周丽霞,肖勇. 安徽农业科学. 2016(27)
[4]棉花茎端发育长链非编码RNA的鉴定及功能预测[J]. 王芙蓉,乔清华,陈鹏云,袁哲诚,陈煜,樊守金,张军. 棉花学报. 2016(05)
[5]Transcriptome analysis reveals long noncoding RNAs involved in fiber development in cotton （Gossypium arboreum）[J]. Changsong Zou,Qiaolian Wang,Cairui Lu,Wencui Yang,Youping Zhang,Hailiang Cheng,Xiaoxu Feng,Mtawa Andrew Prosper,Guoli Song. Science China（Life Sciences）. 2016(02)
硕士论文
[1]莱茵衣藻光合产氢过程中非编码RNA的调控机理研究[D]. 陈美容.深圳大学 2016
本文编号：3684428
【文章页数】：73 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
英文缩写及中英文对照表
第一章 文献综述
1.1 长链非编码RNA的发现、来源及研究现状
1.2 LncRNA的定义及特征
1.3 LncRNA的作用方式
1.4 LncRNA在植物中的功能
1.4.1 LncRNA参与调控植物的生长发育和生殖发育
1.4.2 LncRNA参与调控植物激素信号转导
1.4.3 LncRNA参与调控植株响应外界胁迫
1.5 LncRNA的研究方法
1.5.1 基于EST鉴定lncRNA
1.5.2 基于cDNA测序方法鉴定lncRNA
1.5.3 RNA-seq测序鉴定lncRNA
1.5.4 基于特征的计算机预测
1.6 LncRNA数据库
1.7 银杏叶片非编码RNA的研究情况
1.8 本研究的目的与意义
第二章 银杏叶片发育长链非编码RNA的鉴定和分析
2.1 材料与方法
2.1.1植物材料
2.1.2 主要试剂和仪器
2.1.3 RNA提取和检测
2.1.4 文库制备与基因组测序及质控
2.1.5 拼接组装、注释
2.1.6 候选lncRNA的筛选
2.1.7 功能分析
2.1.8 LncRNA-miRNA- mRNA网络的构建相互作用研究
2.1.9 序列验证实验方法
2.1.10 实时荧光定量PCR
2.2 结果与分析
2.2.1 新的lncRNA的鉴定
2.2.2 LncRNA的筛选
2.2.3 LncRNA基本特征分析
2.2.4 LncRNA功能注释分析
2.2.5 LncRNA作为miRNA靶基因或前体
2.2.6 LncRNA组织和发育阶段特异性
2.3 讨论
2.3.1 LncRNA预测流程的可行性分析
2.3.2 LncRNA特征分析
2.3.3 LncRNA功能分析
2.3.4 LncRNA组织特异性
第三章 银杏叶色变化过程中的长链非编码RNA的鉴定和分析
3.1 材料与方法
3.1.1 转录组测序和数据处理
3.1.2 利用生物信息学方法进行lncRNA筛选
3.1.3 银杏lncRNA的特征分析
3.1.4 LncRNA的靶基因预测
3.1.5 差异lncRNA的鉴定、功能分析
3.2 结果与分析
3.2.1 银杏叶片转色期lncRNA的筛选
3.2.2 LncRNA的长度和外显子个数分布
3.2.3 差异lncRNA的表达特点
3.2.4 差异lncRNA靶基因KEGG富集分析
3.2.5 银杏lncRNA的靶基因预测、GO功能注释
3.3 讨论
3.3.1 基于转录组数据进行lncRNA鉴定
3.3.2 测序获得的lncRNA的可信度
3.3.3 LncRNA参与银杏叶片的生长发育
参考文献
致谢
在学期间发表的学术论文
【参考文献】：
期刊论文
[1]拟南芥lncRNA-At5NC056820过表达载体构建及其转基因植株的抗旱性研究[J]. 毋若楠,王红,杨成成,王争艳,武永军. 西北植物学报. 2017(10)
[2]A long noncoding RNA involved in rice reproductive development by negatively regulating osa-miR160[J]. Meng Wang,Hua-Jun Wu,Jun Fang,Chengcai Chu,Xiu-Jie Wang. Science Bulletin. 2017(07)
[3]长非编码RNA研究进展及其在油棕环境适应中的调控作用[J]. 周丽霞,肖勇. 安徽农业科学. 2016(27)
[4]棉花茎端发育长链非编码RNA的鉴定及功能预测[J]. 王芙蓉,乔清华,陈鹏云,袁哲诚,陈煜,樊守金,张军. 棉花学报. 2016(05)
[5]Transcriptome analysis reveals long noncoding RNAs involved in fiber development in cotton （Gossypium arboreum）[J]. Changsong Zou,Qiaolian Wang,Cairui Lu,Wencui Yang,Youping Zhang,Hailiang Cheng,Xiaoxu Feng,Mtawa Andrew Prosper,Guoli Song. Science China（Life Sciences）. 2016(02)
硕士论文
[1]莱茵衣藻光合产氢过程中非编码RNA的调控机理研究[D]. 陈美容.深圳大学 2016
本文编号：3684428
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/lylw/3684428.html
