巴西橡胶树遗传图谱第5、10号连锁群15个遗传标记的物理定位
发布时间：2023-01-06 09:02
本研究利用荧光原位杂交技术和原位PCR技术对Lespinasse等构建的巴西橡胶树分子遗传图谱中2个连锁群上的15个标记位点进行了物理定位,并将这些标记位点所在的连锁群与橡胶树核型图进行对应整合,直接将分子遗传学和染色体的细胞学特征联系起来应用于巴西橡胶树染色体的一些结构功能特征与分子细胞遗传学研究中。这不仅为构建橡胶树分子细胞遗传图谱奠定了基础,还为橡胶树分子辅助育种、种质资源鉴定、比较基因组学等研究提供了有力的科学依据。本研究所得的具体结果如下:（1）对Lespinasse等（2000）构建的巴西橡胶树遗传图谱的5号和10号两个连锁群上选取的14个RFLP标记位点和1个SSR标记位点设计了特异引物。其中第5号连锁群有8个遗传标记位点,分别为gHbCIR 637、gHbCIR240、gHbCIR486、gHbCIR208、gHbCIR495、gHbCIR657、gHbCIR461 和 gHbCIR566,第 10 号连锁群有 7 个标记位点,分别为 gHbCIR113、gHbCIR347、gHbCIR168、M338、gHbCIR 570、gHbCIR36和gHbCIR82。共设计合...
【文章页数】：112 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
1. 前言
1.1 橡胶树种质资源概述
1.2 巴西橡胶树分子遗传图谱的研究进展
1.2.1 遗传图谱概述
1.2.2 分子遗传图谱的构建
1.2.3 橡胶树分子遗传图谱的研究现状
1.3 细胞遗传图谱的研究进展
1.3.1 细胞遗传图谱概述
1.3.2 细胞遗传图谱的构建
1.3.3 细胞遗传图谱在植物中的研究进展
1.4 巴西橡胶树细胞遗传图谱的研究进展
1.5 原位杂交在植物上的研究进展
1.5.1 原位杂交的概念及原理
1.5.2 原位杂交应用
1.6 原位PCR在植物上的研究进展
1.6.1 原位PCR概述
1.6.2 原位PCR应用
1.7 本研究的目的意义与及技术路线
1.7.1 目的意义
1.7.2 技术路线
2. 材料与方法
2.1 材料与试剂
2.1.1 实验材料
2.1.2 生化试剂
2.1.3 主要器材
2.2 实验方法
2.2.1 橡胶树染色体标本的制备
2.2.2 橡胶树基因组DNA的提取及检测
2.2.3 特异性引物的合成和筛选
2.2.4 特异性引物的PCR反应体系和扩增程序
2.2.5 特异性条带回收纯化
2.2.6 序列比对
2.2.7 荧光原位杂交探针的制备
2.2.8 原位PCR操作流程
2.2.9 荧光原位杂交操作流程
2.2.10 染色体上信号位点的位置计算
3. 结果与分析
3.1 基因组DNA的提取
3.2 遗传标记特异DNA序列的PCR扩增与测序比对结果
3.3 巴西橡胶树5号连锁群的8个遗传标记的物理定位分析
3.3.1 gHbCIR637遗传标记的物理定位结果
3.3.2 gHbCIR486遗传标记的物理定位结果
3.3.3 gHbCIR208遗传标记的物理定位结果
3.3.4 gHbCIR495遗传标记的物理定位结果
3.3.5 gHbCIR657遗传标记的物理定位结果
3.3.6 gHbCIR566遗传标记的物理定位结果
3.3.7 gHbCIR461遗传标记的物理定位结果
3.3.8 gHbCIR240遗传标记的物理定位结果
3.4 巴西橡胶树10号连锁群4个遗传标记的物理定位分析
3.4.1 gHbCIR113遗传标记的物理定位结果
3.4.2 gHbCIR347遗传标记的物理定位结果
3.4.3 gHbCIR570遗传标记的物理定位结果
3.4.4 M338遗传标记的物理定位结果
3.5 巴西橡胶树部分遗传标记的双探针原位杂交结果与分析
3.5.1 第5连锁群的gHbCIR240和第10连锁群的gHbCIR82遗传标记的双探针原位杂交结果
3.5.2 第10连锁群的gHbCIR347和gHbCIR168遗传标记的双探针原位杂交结果
3.5.3 第10连锁群的gHbCIR36和gHbCIR82遗传标记的双探针原位杂交结果
3.6 巴西橡胶树连锁群的物理定位与其对应染色体的整合
4. 讨论
4.1 染色体标本制备过程中的优化
4.2 原位PCR和原位杂交中信号检出率和信号点个数
4.3 关于遗传标记与已定位的基因之间的连锁关系的讨论
4.4 关于含有已定位遗传标记的基因组scaffold的染色体归属
5. 结论
参考文献
附图1
附图2
附图3
附图4
附图5
附图6
附图7
附图8
附图9
附图10
附图11
附图12
附图13
附图14
附图15
附录1:试剂的配制
附录2:缩略语
本研究资金来源
硕士期间发表论文
致谢
本文编号：3728052
【文章页数】：112 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
1. 前言
1.1 橡胶树种质资源概述
1.2 巴西橡胶树分子遗传图谱的研究进展
1.2.1 遗传图谱概述
1.2.2 分子遗传图谱的构建
1.2.3 橡胶树分子遗传图谱的研究现状
1.3 细胞遗传图谱的研究进展
1.3.1 细胞遗传图谱概述
1.3.2 细胞遗传图谱的构建
1.3.3 细胞遗传图谱在植物中的研究进展
1.4 巴西橡胶树细胞遗传图谱的研究进展
1.5 原位杂交在植物上的研究进展
1.5.1 原位杂交的概念及原理
1.5.2 原位杂交应用
1.6 原位PCR在植物上的研究进展
1.6.1 原位PCR概述
1.6.2 原位PCR应用
1.7 本研究的目的意义与及技术路线
1.7.1 目的意义
1.7.2 技术路线
2. 材料与方法
2.1 材料与试剂
2.1.1 实验材料
2.1.2 生化试剂
2.1.3 主要器材
2.2 实验方法
2.2.1 橡胶树染色体标本的制备
2.2.2 橡胶树基因组DNA的提取及检测
2.2.3 特异性引物的合成和筛选
2.2.4 特异性引物的PCR反应体系和扩增程序
2.2.5 特异性条带回收纯化
2.2.6 序列比对
2.2.7 荧光原位杂交探针的制备
2.2.8 原位PCR操作流程
2.2.9 荧光原位杂交操作流程
2.2.10 染色体上信号位点的位置计算
3. 结果与分析
3.1 基因组DNA的提取
3.2 遗传标记特异DNA序列的PCR扩增与测序比对结果
3.3 巴西橡胶树5号连锁群的8个遗传标记的物理定位分析
3.3.1 gHbCIR637遗传标记的物理定位结果
3.3.2 gHbCIR486遗传标记的物理定位结果
3.3.3 gHbCIR208遗传标记的物理定位结果
3.3.4 gHbCIR495遗传标记的物理定位结果
3.3.5 gHbCIR657遗传标记的物理定位结果
3.3.6 gHbCIR566遗传标记的物理定位结果
3.3.7 gHbCIR461遗传标记的物理定位结果
3.3.8 gHbCIR240遗传标记的物理定位结果
3.4 巴西橡胶树10号连锁群4个遗传标记的物理定位分析
3.4.1 gHbCIR113遗传标记的物理定位结果
3.4.2 gHbCIR347遗传标记的物理定位结果
3.4.3 gHbCIR570遗传标记的物理定位结果
3.4.4 M338遗传标记的物理定位结果
3.5 巴西橡胶树部分遗传标记的双探针原位杂交结果与分析
3.5.1 第5连锁群的gHbCIR240和第10连锁群的gHbCIR82遗传标记的双探针原位杂交结果
3.5.2 第10连锁群的gHbCIR347和gHbCIR168遗传标记的双探针原位杂交结果
3.5.3 第10连锁群的gHbCIR36和gHbCIR82遗传标记的双探针原位杂交结果
3.6 巴西橡胶树连锁群的物理定位与其对应染色体的整合
4. 讨论
4.1 染色体标本制备过程中的优化
4.2 原位PCR和原位杂交中信号检出率和信号点个数
4.3 关于遗传标记与已定位的基因之间的连锁关系的讨论
4.4 关于含有已定位遗传标记的基因组scaffold的染色体归属
5. 结论
参考文献
附图1
附图2
附图3
附图4
附图5
附图6
附图7
附图8
附图9
附图10
附图11
附图12
附图13
附图14
附图15
附录1:试剂的配制
附录2:缩略语
本研究资金来源
硕士期间发表论文
致谢
本文编号：3728052
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