基于转录组测序miRNA调控银杏年龄途径开花机理研究

发布时间：2023-03-22 20:19

　　银杏童期及花芽分化阶段过长,极大的阻碍了对其开花调控的研究,因此从分子层面揭示银杏年龄途径调控开花的机理尤为重要。本研究以银杏幼年、开花一年、开花多年的茎端/花芽为实验材料,利用高通量测序技术与生物信息学技术相结合的方法,鉴定和分析了银杏三个年龄阶段调控开花的重要基因和miRNA,并构建了银杏年龄途径调控开花网络预测图。主要研究结果如下:(1)利用高通量测序技术,构建了 9个小RNA文库,共得到151.46M Clean Reads,各样品不少于13.34MClean Reads,Q30均在98%左右。从小RNA文库中共鉴定出了 594个miRNA,已知miRNA89个,新预测miRNA505个,其中286个miRNA鉴定到隶属于97个miRNA家族。使用TargetFinder软件对miRNA进行靶基因预测,结果显示,共预测到12762个靶基因,其中11210个靶基因从数据库中获得注释信息。(2)对miRNA的差异表达进行分析,共筛选出30个具有显著表达差异的miRNA。利用 GO(Gene Ontology)富集分析以及 KEGG(Kyoto Encyclopediaof Gene...

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【学位级别】：硕士

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摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
    1.1 银杏
        1.1.1 银杏的起源与演化
        1.1.2 银杏雌雄花芽分化
        1.1.3 银杏开花研究进展
    1.2 转录组测序的发展及应用
        1.2.1 转录组学的发展历程
        1.2.2 转录组测序的应用
    1.3 植物microRNA
        1.3.1 植物miRNA的发现及其分布
        1.3.2 植物miRNA的生物学合成机制
        1.3.3 植物miRNA作用机理
        1.3.4 miRNA的分离及靶基因预测
        1.3.5 miRNA在植物中的调控作用
    1.4 研究目的及意义
第二章 银杏年龄途径调控开花的miRNA测序分析
    2.1 材料
        2.1.1 植物材料与处理
        2.1.2 实验主要仪器与试剂
    2.2 方法
        2.2.1 小RNA的提取
        2.2.2 small RNA文库构建及质控
        2.2.3 small RNA测序
        2.2.4 small RNA测序数据分析
        2.2.5 荧光定量验证
    2.3 结果与分析
        2.3.1 测序基本数据分析
        2.3.2 miRNA的鉴定及靶基因预测
        2.3.3 miRNA家族分析
        2.3.4 miRNA差异表达分析
        2.3.5 差异表达miRNA靶基因的预测及其功能注释分析
        2.3.6 参与开花调控的miRNA及靶基因分析
        2.3.7 差异表达miRNA荧光定量验证
    2.4 小结
第三章 银杏年龄途径调控开花的转录组测序分析
    3.1 材料
        3.1.1 植物材料与处理
        3.1.2 实验主要仪器与试剂
    3.2 方法
        3.2.1 总RNA提取
        3.2.2 cDNA文库构建及质控
        3.2.3 转录组测序
        3.2.4 转录组测序数据分析
    3.3 结果与分析
        3.3.1 银杏茎端/花芽转录组分析概况
        3.3.2 银杏Unigene功能注释
        3.3.3 银杏Unigene的GO富集分析
        3.3.4 银杏开花调控年龄途径差异表达基因筛选
        3.3.5 参与银杏年龄途径开花调控的转录因子分析
    3.4 银杏开花年龄途径调控网络
    3.5 小结
第四章 结论和展望
    4.1 结论
    4.2 创新点
    4.3 展望
参考文献
附录A 攻读学位期间发表的学术论文
致谢



本文编号：3767519