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基于RNA-Seq的蒙古柳(Salix linearistipularis)雌雄花芽萌动期特异表达基因解析

发布时间:2023-04-28 16:33
  蒙古柳,为杨柳科柳属落叶丛生灌木或小乔木,小枝细长,是严格的雌雄异株单性花植物,与大多数木本植物相比,蒙古柳个体较小、童期较短,易开花,是研究木本植物雌雄花发育、开花机理等重要的实验材料,对其繁殖和育种研究有重要意义。蒙古柳的抗性强、耐高温、耐寒、耐盐碱,还具有防风固沙的作用,同时也是良好的用于园林绿化的材料。雌雄株具有不同的经济价值,因此性别鉴定尤其是早期性别鉴定,对于蒙古柳的应用具有重要的意义。本研究采用前一年从春天到秋天发育完成并经过冬季休眠的4月初处于萌动期的雌花芽、雄花芽、雌株叶芽、雄株叶芽作为实验材料,对蒙古柳的雌花芽、雄花芽、雌株叶芽、雄株叶芽进行了转录组测序,探讨雌雄花芽及雌雄株基因表达特征,为蒙古柳开花机理及早期雌雄鉴别研究奠定基础。结果如下:1.转录组数据评价:拼接组装后获得了41095个Unigene、44835个转录本。应用BLAST软件对构建好的转录组与NR等数据库做比对,对转录组做了初步的生物信息学分析。结果有28457个Unigene注释到GO term上,其中细胞组分、分子功能、生物过程分别为14、15、23个类别;有15411 unigenes显示与C...

【文章页数】:68 页

【学位级别】:硕士

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摘要
Abstract
1 绪论
2 材料与方法
    2.1 实验材料
    2.2 实验方法
        2.2.1 cDNA文库制备与测序
        2.2.2 数据评估及组装
        2.2.3 Unigene功能注释
        2.2.4 差异表达基因分析
        2.2.5 雌雄花芽萌动期共有基因分析策略
        2.2.6 雌雄花芽特异基因分析策略
        2.2.7 雌雄个体特异表达基因分析策略
        2.2.8 实时定量PCR分析
3 结果与分析
    3.1 数据组装与评估
        3.1.1 样本相关性检验
        3.1.2 数据组装结果
        3.1.3 Unigene功能注释分析
    3.2 雌雄花芽共有基因的解析
        3.2.1 雌雄花芽共有基因
        3.2.2 雌雄花芽共有基因富集分析
    3.3 雌花芽萌动期特异表达基因解析
        3.3.1 雌花芽萌动期特异基因
        3.3.2 雌花芽萌动期特异基因富集分析
        3.3.3 雌花芽萌动期高表达高倍数特异基因分析
    3.4 雄花芽萌动期特异表达的基因解析
        3.4.1 雄花芽萌动期特异基因
        3.4.2 雄花芽萌动期特异基因富集分析
        3.4.3 雄花芽萌动期高表达高倍数特异基因分析
    3.5 雌雄个体特异表达基因筛选
    3.6 实时定量PCR验证
结论与讨论
参考文献
附录
攻读学位期间发表的学术论文
致谢



本文编号:3804077

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