毛竹三个全长LTR转座子的分布、进化模式分析及PHRE5的克隆与功能鉴定

发布时间：2024-03-08 05:44

　　LTR转座子以高拷贝在植物中广泛存在,对植物基因组的结构、功能和进化起着重要的作用。本研究通过生物信息学技术,分析和鉴定了毛竹中的3个LTR(long terminal repeat,LTR)转座子,分别命名为PHRE3(Phyllostachys edulis retrotransposons 3)、PHRE4(Ph.edulis retrotransposons 4)和PHRE5(Ph.edulis retrotransposons 5)。选取PHRE5为对象,研究了不同胁迫处理对PHRE5转座子拷贝数变化的影响及插入多态性。1.利用公布的毛竹基因组数据库,通过LTR-STRUC软件查找基因组中具有完整结构的LTR转座子,选取了三个结构完整的LTR转座子(PHRE3、PHRE4和PHRE5)为研究对象。通过生物信息学技术手段系统分析了这三个转座子的结构、在基因组的分布及进化模式。PHRE3转座子在毛竹基因组中全长13160 bp,有全长序列37个,solo-LTR 21个,截断分子5237个,具备转座需要的5种酶基因,分别是GAG(Group-specific antigen)、P...

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【部分图文】：

图2.1PHRE3转座子序列全长Figure2.1sequenceofthePHRE3

24图2.1PHRE3转座子序列全长Figure2.1sequenceofthePHRE3图2.2PHRE3转座子结构Figure2.2StructureofthePHRE32.3.1.2PHRE4结构特征PHRE4全长5417bp，LT....

图2.2PHRE3转座子结构

24图2.2PHRE3转座子结构Figure2.2StructureofthePHRE32.3.1.2PHRE4结构特征PHRE4全长5417bp，LTR长度为363bp，含有转座所需的5种酶，在编码

图2.3PHRE4转座子序列全长Figure2.3sequenceofthePHRE4

图2.3PHRE4转座子序列全长Figure2.3sequenceofthePHRE4图2.4PHRE4转座子结构Figure2.4StructureofthePHRE42.3.1.3PHRE5结构特征PHRE5全长5774bp，LTR....

图2.4PHRE4转座子结构

图2.4PHRE4转座子结构Figure2.4StructureofthePHRE42.3.1.3PHRE5结构特征PHRE5全长5774bp，LTR长404bp，编码区含有4200bp的开放阅读框，共编码1400个氨基酸，编码区5种....

本文编号：3922097